臺灣的情報單位絕大多數源於國民黨在大陸時期的“軍統”與“中統”。“軍統”與“中統”撤退到臺灣後進行了重組，職能不斷擴大，觸角深入到社會的各個角落，使臺灣島內長期充斥著一股神秘、恐怖的氛圍。經過演變，目前臺灣當局的情報機構主要有：“國家安全局”、“軍事情報局”、“法務部調查局”、“內政部警政署”、“總政治作戰部”等，而“海岸巡防司令部”、“憲兵司令部”仍擔負部分情報蒐集任務，也協助情報部門展開各項工作。臺灣的情報機構不但成為統治者獨攬大權、統治社會的工具，而且成為臺獨勢力的頑固堡壘和強力後盾。
“國家安全局”簡稱“國安局”，是臺灣當局特工情報活動最高督導、協調機關。其主要職能是督導和協調“國防部軍事情報局”、“法務部調查局”等特務機關的特工情報、反間業務活動，以及他們與“海岸巡防總司令部”等治安單位有關業務活動的配合協調工作。
“國安局”內部共設五個處：一處負責大陸、二處負責海外、三處負責島內、四處負責戰略情報、五處負責電訊。此外，還有其資助的國際關係研究中心和亞洲與世界社。在臺灣島內各重要城鎮與港口、要塞都設有工作站，並在美國、日本等海外地區設有督導組。以前，在內工作人員除了必須都是國民黨黨員外，仍以軍人為主體，也有一些由警官和國民黨黨務人員充任的。政治大學的東亞研究所、文化大學的大陸研究所、淡江大學的戰略研究所等也有“國安局”的介入。
“軍事情報局”簡稱“軍情局”，隸屬於“國防部”參謀本部。其前身為臭名昭著的“國民政府軍事委員會調查統計局”，就是“軍統”，直接由“總統”掌管指揮，權力極大。1984年10月，撰寫《蔣經國傳》的華裔作家江南在美國居所被“情報局”指使的黑道人員殺害，當時的局長汪希岑及副局長等人涉案，使得“軍情局”過度膨脹及濫用職權的形象完全暴露于社會。受美國及社會輿論的壓力，蔣經國對“軍情局”進行了改組，將它與特種軍事情報室合併，成立“軍事情報局”隸屬於“參謀本部”，受“參謀總長”直接指揮，主要從事蒐集大陸及海外的軍事情報工作。也從這時起，“軍事情報局”才開始受“國安局”的督導、考核。
“海岸巡防司令部”其前身為1958年5月成立的臺灣“警備總司令部”。它是國民黨當局在臺灣實施戒嚴統治的産物，在戒嚴時期“警總”是執行戒嚴任務權力最大的情治機關，充滿陰暗、恐怖、神秘的色彩。1992年8月1日，臺灣當局宣佈裁撤“警總”，其業務移交相關單位，其組織成員一部改編為“海岸巡防司令部”，直屬“參謀本部”管轄。換名後的“海岸巡防司令部”，將出入境案件審核審理、文化審查等職責分別移交“內政部警政署”和“新聞局”，但仍負責在臺灣地區實行武裝警備、安全檢查、“檢肅叛亂及匪諜滲透破壞活動”，仍然充當警察、特務的角色。
“參謀總長情報次長室”原為大陸時期的國防部第二廳，故又通稱“聯二”，其職能以蒐集軍事情報為主。“聯二”與大陸時期的“軍統”有傳統關係，但組織結構與工作方式迥異，其業務與“軍事情報局”有直接關係，基本屬於純軍事範圍，並不涉及島內治安工作。
“憲兵司令部”是臺灣當局主管軍隊紀律、協助治安的警察、特工組織。其職權為：主管憲兵勤務，統一指揮臺灣地區憲兵，協調督導軍中憲兵執行聯合勤務、軍事和軍中司法警察勤務，協助治安，支援作戰。
臺灣情報系統的變化
陳水扁上臺後，為鞏固自己的權力基礎，同時為推動“臺獨”戰略的需要，對臺灣情報系統進行了一系列的整頓，使得臺灣情報系統的職能呈現以下兩個方面的變化：
對內、對外情報職能進一步分離。臺灣現在已初步建立起了類似美國的情報工作體制。“國家安全局”等同於美國的中央情報局，負責情報工作的總體規劃與指導，同時擔負對外的情報活動；“法務部調查局”相當於美國的聯邦調查局，工作職能以對內為主；“軍事情報局”則相當於美國的國防情報局，主要負責領導各軍兵種具體情報工作的開展。根據臺灣“立法院”通過的《“國防”法》和《“國防部”組織法修正案》，原來職權相當籠統和寬泛的政戰系統進行了調整，將總政治作戰部一分為二；在“國防部”設總政治作戰局，掌理政戰日常事務；在“參謀本部”設立“政戰參謀次長室”，負責政治作戰任務，最終建立起跟美國一體化的情報體系。
以高科技裝備為手段，大幅度增強軍事情報機構的情報蒐集與處理能力。未來作戰中情報機構的作用將比以往任何時期都更重要，不僅是因為資訊戰需要強大的情報能力作支撐，而且提高和獲取導彈預警和攔截能力將成為臺灣情報工作的重中之重。為此，臺灣當局不惜花費大量金錢，購買可用於情報作戰的裝備。僅以2000年為例，3月8日，美向臺出售一批雷達偵測設備，價值2.02億美元；4月18日，美在向臺出售AIM—120中程空對空導彈、改進型“小牛”導彈時，還出售了美軍仍處於列裝初期的“鋪路爪”長程預警雷達；9月28日，美又宣佈向臺出售160具AN／PHVS—TB夜視系統及相關設備、改良型機動電子通訊系統及相關設備。
軍情局：臺最神密的情報單位
在臺灣的五大情報系統中，最神秘的是“軍事情報局”。臺灣軍情局的前身是蔣介石獨裁統治時期“赫赫有名”的“軍統局”。1946年，“軍統局”改名為“國防部保密局”，後又改名“國防部第二廳”。1954年臺灣當局對情報部門進行調整時，又將其名稱改為“國防部情報局”。到了20世紀60年代，“國防部情報局”與“國防部特勤室”才合併為現在的“軍事情報局”，由臺軍“參謀總長”直接指揮，其所蒐集的情報主要供臺“國防部”及“參謀部”用作決策參考。
軍情局下設七個處、一個“情報研究中心”和一個“秘密交通中心”，其活動主要是收集大陸政治、軍事情報，情況需要時還可以策劃破壞、暗殺，對大陸沿海地區進行襲擊、騷擾、心戰等活動。除此之外，臺灣“軍情局”的主要任務還包括：適時在大陸建立和發展“敵後武力”，對大陸軍隊進行策反和軍事“攻心”，配合臺軍的戰略性行動等。
上世紀50年代，臺灣“軍情局”曾通過空投和迂迴等方式向中國大陸派遣了大批間諜人員。1962年前後，軍情局又利用中蘇交惡之機夥同美國中央情報局，設立了大量間諜培訓班，甚至準備在中國沿海地區建立“遊擊走廊”。近年來，隨著大陸的改革開放，海峽兩岸交往日益增多，臺灣軍情局亦不失時機地制訂計劃，選派人員赴大陸以參觀、旅遊、探親以及投資開工廠等名義，蒐集中共情報、物色工作物件，發展間諜網路。
50年來，臺灣的情治系統始終把目標對準大陸地區，對大陸的諜報活動從未間斷過，只是具體做法因不同時期有所不同罷了。在新中國建國初期，他們派遣大量間諜特務到大陸搞情報、搞策反、發展“敵後組織”、搞“心戰”宣傳，進行陰謀爆破和暗殺活動，對大型建設項目進行破壞。自大陸實行改革開放以來，臺灣情治機構抓緊利用這個“良好機會”，進一步加強了間諜派遣活動，力圖廣泛蒐集中國政治、經濟、軍事情報，在沿海邊防地區的活動尤為突出。
臺“軍情局”規定，今後對大陸工作的任務，一是發展地下潛伏組織，並強調注意品質；二是加速建立反對的力量，發展對像是對現實不滿的知識分子和違法幹部；三是在香港和海外物色青年學生報考大陸大專院校，畢業後試圖鑽進中共黨政機關內部長期潛伏，並爭取在大陸的大學建立小組。臺灣各情報系統經常向下屬單位制發內容廣泛的情報蒐集提綱，蒐集的重點是中央文件、內部機密資料、體制改革、政治動向、軍事部署、軍事裝備及調動、沿海軍事情報、以及國家安全機構的設置、任務等等。
香港是著名的國際情報中心，有“東方諜都”之稱。臺當局充分認識到香港的特殊地位，竭力在香港擴充情報機構，以香港為基地對中國大肆進行情報活動。在香港活動的臺灣情報機構主要有“國安局”駐港機構、“香港政治作戰小組”、“法務部港澳調查處”、“軍情局”駐港情報組、“警備總部”駐港機構等，其中“軍情局”駐港情報組最為龐大。據海外媒體報道，該情報組下設26個情報單位，編有總聯絡官一名，專職及週邊特工在香港1997年回歸之前達到了2000多人。這些情報機構不但重視對中國國內情況的蒐集和研究，還直接配合西方的反華勢力對大陸進行顛覆活動，積極派遣人員潛入國內，還抓緊一切機會對國內人員進行策反。
泰國是臺灣情報蒐集情報的第二個重要窩點，是臺灣在東南亞最大的情報交流中心，目前則由軍情局派駐一名曾在臺灣情報單位擔任過處長的少將駐守該地。走的則是傳統“布建”路線，最常見的就是在該地設置情報點，以某些餐廳、酒店為根據地，再不然即以“公司行號”的形態落腳泰國，以商業交流掩護情報交流。
據報道，臺灣目前對大陸的情報工作，由駐泰國的軍情局人員，透過管道與中國的“線民”聯繫，彼此都是單線作業。軍情局人員找得到“線民”，“線民”則無法主動聯絡到軍情局人員，而且真正有“編號”的諜報人員，已甚少直接進入大陸內地，而是培養“線民”，透過這些人得知所需資訊。“線民”彼此間不相識，甚至“線民”自己可能都不知道自己已經成為“線民”。“線民”提供匯款賬號給與他接頭的情報人員，事成之後，即可透過此賬戶拿到應得的“貨款”，彼此間的賬務往來，全都是以“商業買賣”為幌子。
還有報道稱，臺灣透過“線民”對大陸的情資蒐集，目前已著重在“商業情報”，而非“軍事情報”，因為臺灣在乎大陸的經濟威脅更甚于武力威脅，甚至當地有什麼重大開發，或是哪位重要企業界人士，帶了多少資金過去對岸，準備投入多少人力發展什麼事業，是這些情報人員週邊再週邊的“線民”情報蒐集的重點。
前不久，臺灣針對大陸的情報工作進行了調整，“國安局”等情報單位已決定縮減六項重要的具攻勢作為的項目計劃，這6項項目分別是“夏陽”、“黎明”、“先基”、“晨曦”、“春風”、“復華”計劃，部分是情報單位策劃執行了多年，部分是近年才積極推動的工作。其中，“春風”計劃是到大陸做策反工作，對象包括解放軍官兵、宗教人士、少數民族人士等；“復華”計劃是派遣情報人員的項目計劃，其他四項計劃則是重點計劃，主要內容是：
“夏陽”計劃是針對大陸90處戰略目標積極發展情報組織，其中20處定為優先、一級發展目標，除北京、天津、瀋陽、南京、廣州等大城市外，還包括蕪湖、遂溪、湛江等重要海、空軍基地。明眼人一看便知，這些城市要麼是大陸的政治、經濟和科技中心，要麼部署有解放軍先進的戰鬥機、導彈或者新型軍用艦艇，軍事意義十分重要。
“黎明”計劃是選擇大陸東南沿海19處地點，包括舟山、汕頭、廈門等。計劃主要是針對在兩岸發生衝突時，如何為臺軍特種部隊發動反制攻擊提供目標情報服務，以及這些地區的陸地和水文資料，以備臺軍登陸作戰之需。
“先基”計劃是一旦兩岸關係緊張時，預先滲透大陸的地區，原則在沿海各省的60個目標區。計劃是指加強在大陸沿海的導彈陣地、雷達場站、指揮中心、通訊樞紐、軍港以及機場等六種主要軍事目標區蒐集“預警性軍事情報”的絕密計劃。
“晨曦”計劃重點是一旦兩岸戰事爆發，如何迅速將臺在大陸潛伏的情報組織啟動為具有“實際行動”能力的“敵後武工隊”，以便在大陸重點地區進行爆炸、投毒以及暗殺等破壞和顛覆性活動。
情報員的挑選與訓練
情報員的生活果真是多彩多姿，充滿醇酒、美女、冒險與刺激嗎？其實不論他的工作環境如何，一個經過選派的情報員，他都要接受一連串的情報訓練才行。據臺灣媒體報道，臺灣情報員最特殊的訓練課目，還是情報行業專屬的情報蒐集、情報辨證、文件製作、化裝與變身、技術情報等特殊技術。而文件製作、化裝與變身兩種技術是在情報圈以外學不到的技巧。
情報員的選訓是經過一連串的考核與集訓的，目前臺灣的情報訓練區分為文職系統、軍職系統與布建等三種。文職系統是以“國安局”、“法務部調查局”與“警政署”負責選訓。三者都有正式對外的招生管道，除了“警政署”的業務較為“內向”，也就是專以執行臺灣保安工作之外，不管是“國安局”還是“調查局”都有正式的駐外單位。這些駐外單位的工作人員，均以“聯絡員”的身份從事情報交流與情報蒐集的工作。由於他們是具有“名分”的正式情報員，所以除非所在地“未經報備”執行蒐集或從事高度機密工作遭到逮捕，否則一般的小錯都可以經由“外交”途徑解決。
至於軍職系統的情報員，則是以“國防部軍事情報局”為主的機密隊伍，由於這些人絕大多數都是現役軍官，因此不管他們到哪都是無法取得正式的“名分”。換言之，如果在國外蒐集情報而遭到不測，軍情局需經過“國安局”或臺當局出面才可以平息，避免由此引發的國際事件。因此，執行情報工作較為隱秘的，仍是屬於臺灣軍事體系的“國防部軍事情報局”。“國防部軍事情報局”的工作是以執行對大陸的情報蒐集為主，輔以臺灣周邊的戰略情報，以及較為特殊的“技術情報分析”。
臺灣軍事情報局的情報員在接受情報訓練的過程中，除了“情報專科班”必須先接受9周的基本入伍訓練之外，現役軍官都是直接到情報學校接受第一期13周的情報訓練。初期訓練結束後，再依據“個人能力與志向”，區分繼續接受專項培訓，或是直接在軍情局內擔任低層次的參謀工作。專項培訓的主要科目是間諜情報行業特有的情報蒐集、情報辦證、文檔製作、化裝與變身、技術情報等特殊技術。尤其是文檔製作和化裝與變身兩種技術更是在情報圈以外學不到的技巧。這方面，世界各國都是列為高度機密，臺灣情報界也不例外，絕對能算得上是“見不得人的技術”，包括以特殊的墨水、代號、代碼、書寫格式、信函等各種方法，讓自己所寄出的信完全沒有任何情報證據。
繼續接受專項培訓的學員，除了進行間諜專業的專項培訓外，還要進行各種特種作戰能力訓練。通常情況是要到陸軍特種作戰基地接受基本求生訓練，還要到屏東傘兵訓練基地完成至少三次以上的跳傘訓練。然後再到海軍陸戰隊的“蛙人”基地接受嚴格的水下特種作戰訓練。同時還要前往陸戰隊的特勤隊練習各種輕兵器的射擊。
當然，所有經過情報訓練的學員都要經過結業考核，成績合格後才可以正式接觸間諜情報業務。而且結業考核的科目每一年都不一樣，如果今年是要求有來無回的軍情局特工學員以跟蹤的方式進行特定人士的調查，明年可能就是進行範圍較大的社會調查工作，或是做情報資料的整理與研判的工作。
結業考核中最複雜、最特殊的一種形式被稱為“境外綜合考查”，就是通過島外旅遊方式來考核學員的綜合情報獲取能力。由於這種測驗方式存在一定的風險性，因而臺軍情報部門通常在經過上層機關的批准後，才可以實施。但從實際的考核效果看，很多軍情局的學員均難以順利地在境外進行調查和獲取情報，這也説明臺軍情報人員的培訓過程絕非“成效顯著”。
軍情局的人員在選訓之前，都是要先經過本人的同意才行，否則一般人對於“情報”兩個字還是存有好奇與恐懼參半的情結。軍職情報員的選訓過程首先重品德考核與安全調查兩大項，只要有一項不合格就不會列入選訓的名單中。軍情局之所以會有這種考慮，最主要的還是深怕會訓練出一個“變節”的情報員。
不管是屬於“情報專科班”所招收的高中(職)畢業生，還是由現役軍官選派，軍情局的訓練途徑仍然十分秘密。凡是學員都使用化名，連一起受訓的同學都在結訓之前不允許打聽同學的真正背景。幾乎每個人都在一種“見不得人”的猜疑世界中摸索。另外，依據臺軍情局的規定，接受情報訓練的學員不可講出自己的真實姓名，一切都是在完全保密的環境中進行，學員的思想壓力極大。而且即使是脫離了情報系統之後，依照規定在三年內也不準出島旅遊、探親，使得臺軍的情報事業真正成了“見不得人的事業”。
“001號”情報員想“叛敵”
張志鵬，臺灣軍情局潛伏大陸多年的情報員，編號“001"，現在已經撤離大陸。有一天，張志鵬來到臺灣中正機場，他準備搭乘飛機經香港赴大陸。對於此次大陸之行，張志鵬公開聲稱他打算“自首”。當然，在機場他以涉嫌“叛敵”為名被臺灣“高檢署”緊急限制出境。他在得知無法出境後氣憤地説，如果臺灣當局不解決他的問題，他將設法用各種方式出境，逃往大陸。
張志鵬為什麼要到大陸“自首”？據張志鵬自稱，李登輝在涉嫌1996年臺海導彈危機時，對外公開聲稱大陸試射飛彈是“啞巴彈”，造成泄密，結果臺方“001號”情報人員張志鵬被迫逃回臺灣。張志鵬説，他無處可住，這一兩年他都住在投資夥伴孫佩霞在桃園的家中，情報局每個月都派員跟他商討賠償事宜，但居然只給300萬台幣，還要他寫悔過書。他向“國防部軍事情報局”所提出的賠償為1億元，但被駁回，張志鵬認為臺當局“過河拆橋”，“不顧道義”。
臺“國防部軍事情報局”官員對此表示，自從1949年國民黨政府到臺之後，兩岸多年來的情報戰，總計有3000多名臺灣特工“殉職”。從早年的“神斧”、“班超”、“光武”、“三民”、“海狼”、“長風”至近年來的“威遠”及“定遠”等情報計劃，可以説“都是由一群願意為任務犧牲的情報特工所寫下的血淚史。這名官員稱：“這個數據是一個概數，因為有許多特工是屬於下游的‘佈線’，是屬於當地吸收或外地吸收的非專業特工，因此就情報的體系而言，都不能將賬算到情報局的頭上，不是只有我們這麼無情。”他解釋説，情報作業是屬於“單線作業”，所以情報局不會完全掌握下游特工的真實身份。所謂的“單線作業”，指的就是每一個情報特工，他只認得惟一的一名上線與唯一的一名下線，“這是避免萬一被識破而遭刑訊時，整個組織成員在短時間內全部被清查出來”。這名官員稱，張志鵬就屬於“下線”的，軍情局並不一定能確定他的身份。
