1月
1日，陳水扁核定晉陞一批中、少將，包括“海巡署海岸總局長”賀湘臺少將等11人晉任中將，“國防部政戰總隊長”王光遠等30人晉任少將。
3日，“國防部副部長”蔡明憲表示，為因應臺灣多鹽氣候，延長戰機壽命、節省維修成本，臺灣空軍正與法國達梭公司研究以密封袋方式封存部分戰機。
4日，美國軍火商洛克希德 馬丁公司發表聲明，將生産美軍承諾出售給臺灣的400余枚地獄火導彈，總價約5000萬美元。
5日，“國防部”官員透露，“中科院”按“天鏢計劃”研發的“防空40快炮”，2007年計劃以“臺灣製造”名義，採用“政府對政府”軍售形式或委託合作生産的新加坡代為銷售，拓展國際市場。
6日，“立法院”通過“臺聯黨”提案，未來臺軍艦艇名稱要以“臺灣人”、“臺灣地”命名。此舉得到臺灣當局積極響應，趁機加速推動臺軍“去中國化”。
7日，臺灣媒體披露，“中科院”研發的“雄風3型”反艦導彈，已經正式試射成功。該型導彈是長程超音速導彈，性能類似于短程巡航導彈，可對大陸沿岸水面目標構成威脅，將來可能部署在外島和本島東岸。
11日，臺軍自行研發的八輪裝甲車正式亮相，陳水扁以臺灣稀有動物“雲豹”命名，臺軍方聲稱明年起將陸續生産852輛，未來還將研發搭配105毫米炮與120毫米炮的構型。
21日，臺灣首支機械化步兵旅“萬金機械化步兵旅”（即機械化步兵298旅）亮相，象徵臺灣陸軍編制朝向火力強大、機動性高的方向發展。該旅成立於2004年6月25日，是臺軍實施“精進案”後，由摩步298旅與裝甲395旅合併而成。
24日，“行政院”通過“兵役改革方案”，計劃到2008年，臺軍總兵力縮減為27.5萬人，募兵制員額達60%，徵兵制比例降為40%。此外，自2005年7月起，義務役期將縮短為1年6個月，到2008年將縮短為1年，士兵除役年限也將由40歲降低到35歲。
26日，臺灣陸軍586裝甲步兵旅在屏東桓春基地進行“聯勇94-1號操演”。同日，在美國接收紀德艦的一名臺灣海軍士兵在艦上自殺。臺灣媒體稱，這是由於接艦壓力太大所致。
27日，臺灣空軍臺東志航基地一架F5F雙人座戰機在準備起飛時偏離跑道，飛機起火燃燒，但未造成人員傷亡。臺灣空軍隨機將機上配備的2枚響尾蛇導彈引爆。同日，臺灣“陸軍官校”20名學生啟程赴美國西點軍校等4所軍校，進行為期3周的參觀學習。
28日，“國防部”宣佈，經陳水扁核定，“國防部總政戰局長”陳邦治上將調任海軍“總司令”，遺缺由“國防部常務次長”胡鎮埔中將接任，衚同時晉陞陸軍二級上將，此項任命從2月1日起生效。
30日，臺中縣刑警隊宣佈破獲一個軍中暴力討債集團，逮捕25名嫌疑犯，受害軍人達數百人，涵蓋陸、海、空三軍。警方表示，這一軍中地下錢莊兼暴力討債集團成立已2年，總部設在嘉義市。該集團頭目是41歲的退役軍人離永明，成員主要是退役軍官。
2月
7日，臺灣媒體披露，原駐嘉義基地的第23作戰中隊的F16戰機，已于日前進駐花蓮佳山基地，並首次挂載“探路者神射手”低空導航和標定莢艙，進行低空滲透精準攻擊訓練。
8日，駐守清泉崗的空軍427聯隊舉行戰備示範操演。同日，陸軍第542裝甲旅舉行反空降實兵操演，海軍左營基地的海陸兩棲偵搜營與海軍“艦隊司令部”舉行戰備演練，駐防花蓮的空軍401聯隊F16戰鬥機群，甚至首次在春節戰備任務中，挂載AIM-120先進中程導彈實施戰備巡航任務，海軍航空指揮部則出動各型反潛機，密集巡弋臺灣周邊海域。
18日，為加強臺北市反擊大陸可能採取的“斬首行動”，以及因應包機直航等開放兩岸交流措施，“國防部”下令，自3月1日起，原駐守臺中的海軍陸戰隊陸戰第66旅，將分批進駐臺北林口，以協防臺北市。
21日，陸軍“總司令”朱凱生提出“陸軍新防衛作戰計劃”，對臺灣陸軍防衛戰略進行調整。該計劃主要內容包括：一是組建“快速反應機動作戰群”，二是大力強化陸軍防空作戰能力，三是調整金、馬、澎外島的戰術部署。
3月
1日，臺軍再次進行人事調動，陸軍第8軍團“司令”趙世璋中將升任陸軍“副司令”，遺缺由“國防部人力司司長”吳達澎中將調任；原“國防部常務次長”胡鎮埔任“總政戰局長”後的遺缺，由炮兵學校校長廖鐵鳴中將接任。
3月至6月，被稱為“敦睦艦隊”的臺灣海軍“九四遠航訓練支隊”將進行臺海軍史上首次“環球遠航訓練”。該艦由“武夷”號補給艦、“康定”號及“繼光”號導彈護衛艦組成，共有850名海軍官兵，海軍“教準部副司令”范寶華少將任艦隊長。
8日，“國防部”公佈臺軍2005年度重大演訓規劃期程。演習分為作戰（“漢光”）、動員（“萬安”、“同心”、“自強”等）、核化（“核安”、“化安”等）、訓練（軍種聯合作戰、三軍聯合作戰）4大類，訓練重點是“聯合作戰兵棋推演”、“反恐”、“反超限戰”、“城鎮戰”、“支援救災訓練”，“城鎮戰”和“反恐”更是重中之重。演習項目共計17項50次，比去年多8次。
俗稱“陸戰旅”的海軍陸戰隊66旅旅部及步兵營部隊，從清泉崗基地移防到“臺北衛戍部隊”駐防的臺北縣林口基地，正式承擔起臺北市“反斬首、反特攻與衛戍”任務。該旅共有7個營，3500多名官兵，具有步炮協同作戰能力。
同日，“國防部長”李傑在接受“立委”質詢時表示，他不當“臺灣共和國的國防部長”。
9日，“國防部長”李傑在“立法院”首度公開表示，大陸如果攻打臺灣，臺軍可以撐兩周，美軍一週內可抵臺。
12日，陳水扁到臺南空軍基地視察。為奉迎陳水扁，基地433聯隊竟挂出以電腦合成的陳水扁身穿五星上將制服的巨幅照片。消息傳出，臺軍大拍陳水扁馬屁的無聊行徑遭到各界痛批。
13日，臺軍舉行首次志願役士兵暨儲備士官募兵考試。
14日，“國安局長”薛石民在“立法院”公開表示，“民眾應勇於站上街頭抗議中共通過反分裂法”，並稱“自己如果沒有任務在身，也會走上街頭”。薛的表態遭到各界痛批。
15日，臺灣媒體披露，參與“漢光21號”演習的外軍顧問團人數將首次超過100人。參與者除美國、新加坡相關人員外，可能還有來自日本軍事基地的軍事顧問。
16日，“國防部”向“立法院國防委員會”提交“國防組織調整進度”專案報告，再次對臺軍編制進行大幅改編。報告指出，根據“國防部組織法”規定，臺軍必須在2006年3月底前將現有陸、海、空三軍“總部”的銜稱從“總司令部”改為“司令部”，“總司令”改稱“司令”；戰區縮減方面，計劃將本島4個作戰區簡併為3個作戰區，金門、馬祖、澎湖等外島“防衛司令部”將隨駐軍縮減降為指揮部。
20日，《中國時報》披露，臺軍應對大陸潛艇封鎖臺灣的6大方案：反製作戰、監偵作戰、特種作戰、截擊作戰、佈雷作戰和反封鎖作戰。
21日，“國防部”在“立法院”首次公開所謂“敵情威脅想定”。軍方聲稱，未來大陸若發動“斬首行動”，將會以12枚巡航導彈攻擊“總統府”。軍方強調，為確保北中南三個都會的重點目標安全，最少必須建立9個愛國者導彈連，因此軍方準備再採購6套愛國者三型導彈，以此為由爭取愛國者三型導彈1300多億特別預算。
25日，“國防部”緊急召回 “金防部司令”查臺傳，其職務暫由陸軍“副司令”賈輔義代理。臺灣媒體披露，查臺傳之所以被陣前撤換，實際上是臺軍內鬥的結果。
27日，駐高雄縣的陸軍第8軍團通訊營少校參謀官張守中與上尉連長李怡宏，因涉嫌在高雄市經營地下錢莊、應召站、買賣槍械，被臺南、高雄檢方收押。
4月
2日，民進黨“立委”薛淩、林進興表示，臺軍唱“中國一定強”、“四海都有中國人”、“中國父母心”等軍歌，等於是“為大陸加油”，要求“國防部”最遲于7月1日前，對180首指定教唱軍歌進行“正音”，刪除“保有中國意識的軍歌”，並“不得再列為軍中指定歌曲”。“國防部”表示願意審慎檢討軍歌教唱問題。
4日，“國防部”為進一步強化臺北政經中樞“反斬首”戰力，增設的憲兵第228炮兵營及第225裝甲營授旗成軍，駐防基隆河北岸大直地區，規劃配備曲射火炮及野戰防空導彈，在駐地即能火力支援大臺北、松山機場及基隆河防禦任務。
第8軍團“司令”吳達澎正式接任“金防部司令”，劉鴻鳴就任“金防部副司令”，第8軍團“司令”由步兵學校校長武劍剛接任。
6日，“國防部”就陸軍第8軍團軍官經營地下錢莊一案，公佈懲處名單，被懲處人數高達65人，其中包括12名將級軍官。
11日，原空軍軍官學校校長彭勝竹調任空軍“參謀長”。
13日至15日，臺軍舉行反恐演習，進行反恐電腦兵棋推演，重點演練暴力、生物、毒化物、放射性物質及資訊通訊等5大課目。此次演習屬於“漢光21號”演習的第一階段，由“行政院”主導。
18日，臺灣媒體披露，“中科院”耗時8年研發的反戰術導彈防空系統（簡稱ATBM）已經完成試射。
18日至22日，“漢光21號”演習進行電腦兵棋推演。第一天是“聯合戰力保存”和反特攻作戰，第二天是反封鎖作戰，第三天是聯合防空作戰，第四天是持續“聯合防空及聯合截擊作戰準備——海上機動、艦隊防空”，第五天是聯合截擊作戰。
29日，海軍陸戰隊陸戰66旅舉行編成典禮。陸戰隊編組由過去的13人班，調整為現在的7人班，人員雖然減少，但戰力卻增強，反映了臺軍“小而精、精而強”的建軍構想。該旅目前已移防到下湖營區，擔負大臺北地區的防衛任務。
5月
3日，“國防部長”李傑首度透露，臺軍正在發展“戰略型武器”，這種武器並非只是過去外傳的短程戰術導彈，而是“戰略的、遠端的”導彈。
10日，“總政戰局長”胡鎮埔宣佈，將把監察、保防部門從政戰體系分離，分別改隸于“國防部督察室”和情報部門，未來政戰工作重點將置於“心理作戰、心理輔導、文化宣教與民事服務”方面。
19日，臺灣向美國購買的2架“鷹眼2000”性能提升型E-2T預警機由陽明海運貨輪運抵高雄。與此同時，美軍還計劃協助臺灣空軍全面升級臺軍現有的4架現役E-2T空中預警機的電子系統。
23日，美國眾議院軍事委員會通過“2006會計年度國防預算授權法案”，法案要求國防部擴大美臺軍事交流的範圍與層級。
月底，臺軍再度進行高層人事調整，其中陳水扁首任“總統府侍衛長”、原“國防部軍情局長”余連發升任“國防部後備司令”，原海軍“副參謀總長”費鴻波升任“國防大學校長”，原“馬防部司令”程士瑜升任“作戰計劃次長”。
6月
3日，與臺軍互動密切的美國官方人士證實，臺北與華府的確已設立一條軍事熱線電話，這是美國與非“邦交國”僅有的官方熱線。
9日，陸軍機械化步兵旅——機步200旅，在臺中竹子坑營區舉行編成典禮。該旅是繼機步298旅後的第一支現代化機械步兵旅，由摩步200旅及裝步373旅並編而成，旅長為杜建興少將。
12日，為協助臺灣強化“國家安全”與情報體系的決策程式，美國政府委託前美國白宮國安會（NSC）亞洲主任、中央情報局（CIA）亞太情報官蘇葆立來到臺灣，與臺灣“國安會”、“國安局”、“軍情局”等相關單位密切互動，除提供美國國安單位的運作經驗外，也對建構臺灣的情報蒐集與研析流程提出具體建議。
13日，臺灣軍方低調證實網路上盛傳的臺灣輕兵器外銷傳言，稱約旦閱兵式上特種部隊手持的確實是臺灣生産的T86步槍。
13日至17日，臺軍“漢光21號”演習進行“精神戰力周”演練，在模擬戰場情況下，對臺軍官兵進行心理訓練，以強化官兵心理素質，提高戰場抗壓能力。
15日，“國防部”表示，護漁不是海軍的任務，且現正進行“漢光21號”演習，無法派軍艦赴東北海域執行單一任務；“作戰暨計劃參謀次長”程士瑜甚至説，臺、日若開戰，日本軍力較強，“我們打不贏日本”。此一事件引發“立委”及漁民強烈不滿。
16日，飽受漁民炮轟後，“國防部”宣佈，“海巡署”500噸級巡防艦，即日起每天前往蘇澳東方爭議海域就近護漁。
19日，臺灣海軍“敦睦第一支隊”經過長達105天航行，創下2.7萬海裏的新航海紀錄後，返回左營軍港。
21日，“國防部長”李傑、“立法院長”王金平及跨黨派朝野“立委”一行，登上海軍鳳陽軍艦出海護漁。
23日，美國國防部宣佈，將提供臺灣預警偵察雷達，美國雷神公司已取得美國空軍這筆總價7.52億美元的合約，將在2009年9月前提供臺灣這套預警雷達系統。
27日，“總政戰局長”胡鎮埔在接受媒體訪問時，公開強調臺軍的反“臺獨”立場。民進黨上臺以來，軍方人士多避談統“獨”，胡的罕見表態引起各界高度關注。
29日，臺軍舉行將官晉陞儀式，共有55名將領獲得晉陞。其中，王春江、劉復龍、陳永康等晉陞中將，張志漪、蕭樂同、白永成等晉陞少將。
7月
4日，島內媒體披露，臺灣研製的“雄風2E”巡航導彈，已于6月底完成最終作戰測評。該型導彈射程可達1000公里，若將其配置在紀德艦上，則可攻擊大陸導彈發射點。在臺灣軍方“先求有、再求全”的政策指導下，“國防部”已同意“中科院”展開第二階段任務，並進行“小批量先導生産”。
同日，“萬安28號”演習在臺中縣龍井鄉臺中火力發電廠舉行。
4日至8日，臺軍在第五作戰區（臺灣中部），以實兵、實物、實戰方式，進行年度“同心17號”後備動員演習，以驗證臺軍後備部隊兵力編組調整的適應性。演習內容包括“後備動員與組訓”、“城鎮作戰演練”和“灘岸守備作戰演練”。
11日，臺軍高層就“共軍艦艇頻繁出現于南沙太平島周邊海域”，表示關注並進行研判。
25日，《中國時報》透露，美國與“中華民國”“斷交”26年後，本月底將派遣首位現役上校武官駐臺。據了解，該軍官是美國陸軍現役上校威爾納，他將於8月正式擔任美國在臺協會臺北辦事處軍事技術聯絡事務組組長，同時還有另兩位校級軍官和國防部文職官員隨後也將陸續抵臺，象徵臺美軍事交流將走向正常化。
27日，臺軍在臺中清泉崗基地，舉行“漢光演習”——“反特攻、反空降”作戰演練，陳水扁在呂秀蓮、謝長廷陪同下到場觀摩，並親自主持該項演習。此外，美國國防情報局官員及日本退役人員也出現在觀禮臺。
8月
3日，臺灣海軍出動近年罕見的最大規模各型艦艇，在高雄外海進行“漢光21號”演習——“海空聯合反封鎖”操演。當晚，海軍還首度公開夜間潛艇魚雷試射。
9日，《自由時報》披露，臺灣空軍為了避免軍機“出國”受到大陸干擾和阻撓，刻意將3架C-130H運輸機重新涂裝，將機身上“國徽”和機號涂掉。
11日至14日，“2005年臺北國際航太科技暨國防工業展”在臺北舉行，臺陸、海、空三軍“總部”、“聯合後勤司令部”和“軍備局”等單位參展。
12日，臺灣軍方權威消息透露，臺灣自行研製的“雄風2E”巡航導彈，已開始秘密部署于本島，編制正式名稱為“國防部導彈司令部第一中隊”。這是臺軍首支戰略部隊，其性質類似解放軍的二炮部隊。根據“國防部”規劃，未來“導彈司令部”將成立3個巡航導彈中隊，每個中隊配置部署18至24枚巡航導彈。
17日，配合“漢光21號”演習及陸戰66旅移防林口，臺軍在臺灣北部林口海岸，舉行“聯興94號”兩棲登陸操演，驗證臺北政經中樞近郊遭受大陸兩棲進攻時，臺軍的應變及反登陸能力。
25日，《自由時報》披露，因應新時代的作戰方式，“國防部”依據“精進案”持續裁減外島駐軍，金門、馬祖與澎湖等“防衛司令部”，都將降編為指揮部，三處總兵力將降至10000余人。2008年之後，金、馬、澎三地將取消旅級層級，由防區指揮官直接指揮各營級部隊。
26日，“國防部”宣佈撤回並重編“三項重大軍購預算案”，將採購愛國者3型的1300多億改列為年度預算，從而使“三項重大軍購預算案”降至3400億。
“國防部副部長”蔡明憲接受“中央社”專訪：一是表示，“三項軍購案”的調整，已充分展現政府的誠意與善意；二是聲稱，防衛臺灣不只是臺灣個別的責任，臺灣願意與美、日或東南亞國家形成區域聯防合作，以確保臺灣海峽航線自由通航；三是強調，雖然俄國説中俄軍演並非針對臺灣，但海上封鎖、兩棲登陸、傘兵空降等項目，都是大陸攻臺的眾多模式之一。
31日，“行政院”通過“國防部”重新編列的“重大軍事採購條例”，預算上限降為3400億。
9月
7日，聯勤馬祖地區支援指揮部彈藥分庫發生彈藥爆炸，引發大火。
9日，臺灣高雄縣大樹鄉軍備局生産製造中心203廠發生爆炸，造成2死1重傷。
19日，第4屆“美臺國防工業會議”在美國加州召開，美臺主要是針對臺灣遲遲未能通過“軍購案”進行磋商。美國國防部官員羅斯在會中向臺灣釋出重話，“臺灣的自衛是臺灣的責任，不是美國的責任”，“如果你們無法防衛自己，我們也無法幫忙防衛你們”。
20日，“三項軍購案”第29次在“立法院”闖關失敗。
23日，“國防部”發表題為“國軍對全國同胞的報告和呼籲”的聲明，向民眾及“立委”闡述“國防部”堅持“三項重大軍購案”的原因，並呼籲“立法院”儘速讓軍購條例付委。
26日，“國防部長”李傑宣佈，臺灣現役兵役期將從2006年1月1日起縮短為1年4個月，到2008年7月1日再縮短為1年，所有現役與即將服役者一概適用。
27日，“國防部長”李傑在提交給“立法院國防委員會”的業務報告中表示，為提高軍隊人力素質，目前已完成“北部地區校院調並案”，規劃將政治作戰學校併入“國防大學”，“國防醫學院”恢復成為獨立學院，並直屬“國防部軍醫局”，全案預定於2006年9月1日前完成。
10月
12日，《聯合報》發表社論，批評美國企圖強行向臺灣出售武器。
18日，臺灣《商業週刊》披露，臺灣軍方採購“比奇”行政專機發動機過程有舞弊行為。
該月，臺灣《全球防衛》10月號，披露臺灣“國防預算”配置情況，2006年臺軍“國防預算”佔GDP2.42%,其中“人員維持”、“軍事投資”及“作業維持”分別佔54.16%、24.83%及19.20%，其他佔1.78%。
23日，“立法院”預算中心指出，由於“國防工業發展基金會”管控不佳，有100億新台幣經費不知去向。
該月，臺灣《鏡報》月刊10月號，透露臺軍正加緊秘密演練電子戰，企圖強化“以武拒統”能力。
25日，《自由時報》報道，（1）“國防部”經過4年研發成功的TAS（Tactics Analysis System）戰術分析系統，在空軍年度“戰術訓練總驗收”競賽中“大放異彩”，新一代戰機挂載莢艙後，所有的空中動作和戰術作為，清楚顯示在“任務顯控系統”熒幕上，這套系統將逐步取代美制的ACMI空練儀，並逐步發展成為三軍聯合作戰的整合平臺；
（2）空軍自7月份實施二階段“精進案”後，桃園指揮部所轄大隊和中隊、清泉崗基地8中隊等作戰中隊被裁撤或並編；
（3）空軍新一代擔任假想敵的機種確定由F16齣任，並由擔任戰術專精訓練的空軍401聯隊的17作戰隊擔綱。
11月
7日，《聯合報》報道，“立法院國防委員會”大砍“國防預算”，採購潛艇和反潛機的相關配合款全刪，紀德艦5億余元和光華號快艇6億余元遭凍結，並決定降低明年軍方參加“美臺商會國防研討會”層級和人數，刪減出差費並全刪報告費。
9日，《中國時報》報道，“立法院國防和預決算聯席委員會”審查總額達572億元的“國防部”機密預算，國親“立委”以愛國者3型導彈已遭“公投”否決，軍購條例草案也未通過為由，聯手擋下編列在2006年度陸軍“總部”109億元及P-3C反潛機配合款4000萬元，“國防部”今年編列有關三項軍購的一般預算110多億元也被刪除。
17日，臺灣《新新聞》週刊披露，隨著“精進案”推動，臺軍將領將逐年降編，至2008年臺軍將領將不足200人，不到目前臺軍將領的一半。而原訂2006年7月1日將縮編包括“總政戰局長”、“國防部後備司令”、“聯勤司令”等3位上將缺，卻在高層指示下，延後到2008年4月1日，下屆“總統”選出來之後才降編。
12月
8日，臺灣海軍歷史上“噸位最大、性能最優”的紀德級“基隆”號和“蘇澳”號軍艦，在歷經1個多月橫跨太平洋航行後，抵達臺灣蘇澳軍港。
15日，首艘由臺灣自行設計、製造的噴水推進系統船試航成功，號稱“船速比紀德艦還快”。
16日，香港《明報》報道，臺灣軍方日前在素有“東南亞火藥庫”之稱的南沙群島的太平島上秘密興建軍用機場，可供F16、幻影2000等戰機起降。
22日，臺軍方權威官員指出，美國近期向臺灣承諾，願意為臺灣希望獲得的8艘潛艇先進行公開招標，無論是通過第三國獲得，或是美國自己重開生産線，美國都一定會出售8艘傳統動力潛艇給臺灣，潛艇案絕對不會生變。
23日，“三項軍購案”連續第42次在“立法院”遭到封殺。（鄧允光）
