陳水扁上臺後，為了加速掌控臺灣軍隊，把臺軍打造成維護“臺獨”路線的工具，在臺軍將領的升遷方面，有兩種人特別受到青睞，一種是本省籍人；另一種則是有留學美國經歷的人。尤其是臺灣當局把“留美”經歷做為臺軍官升遷的重要指標，引起了臺軍軍官的留美興趣，形成了臺灣軍營特有的“留洋”文化。
“本省籍”人在軍中受到當局的青睞，這種現象的出現好理解。在“臺獨”分裂勢力看來，外省籍將領不但與中國大陸有千絲萬縷的聯繫，而且反“臺獨”思想根深蒂固。因此，選拔重用“本省籍”將領是他們的首要任務。當年，李登輝早就想這麼做，只是“本省籍”人才青黃不接，加上軍方反“臺獨”力量的強大阻力，效果不理想。李登輝現在每當想起此事，還耿耿於懷，覺得很丟人。不過，讓李登輝倍感欣慰的是，他把政權和平轉移給了追求“臺獨”的民進黨，他培養的接班人陳水扁當政後，完成了李登輝沒能實現的願望。上臺不到一年的時間，在陳水扁的積極推動下，臺灣當局立法部門通過了所謂的“國防部組織法”確定軍政、軍令大權統歸所謂“國防部長”。改制後的首任所謂“國防部長”由湯耀明擔任，康寧祥、陳肇敏出任其副手，他們都是本省籍，這樣本省籍將領完全掌控軍權。
可是，陳水扁加速臺灣軍隊“本土化”，也付出了很大的代價，一大批優秀的外省籍將領由於受到排擠，得不到升遷，紛紛流失，由此影響了臺軍的素質和戰鬥力。但陳水扁認為，臺灣軍隊的戰鬥力目前並不是最重要的，要真正讓這支軍隊發揮作用，成為維護“臺獨”的工具，最重要的是山姆大叔美國的幫助。因此，陳水扁上臺後，基本上實行的是一邊倒的親美政策，説得貼切些是“媚美”政策，全方位加強了與美國的聯繫，尤其在與美國的軍事聯繫方面更為突出。
陳水扁上臺後，除了繼續引進美國的先進軍事裝備外，臺灣軍方還致力加強與美國的“軟體交流”，如引進美軍的軍事思想、定期召開美臺軍事合作會議、派相關人員赴美培訓等。2001年，赴美國留學、進修、受訓的臺軍校級以上軍官就高達1000多人，去年這個數字更高，並涵蓋了陸、海、空和軍情系統等各部門。據估計，美臺軍方今後還將進一步加強這方面的交流與合作。
美臺軍事交流的升溫，一方面是由於美國調整了對臺政策，不僅大幅增加接納臺灣軍官赴美軍事院校學習的名額，而且降低了對受訓軍官的級別要求，並把培訓臺灣軍官制度化；另一方面，臺灣當局把有否留學美國的經歷，作為軍官升遷的一項重要依據。在臺灣經濟不景氣，失業率居高不下的情況下，許多人希望留在軍中發展，他們為了獲得更多的升遷機會，則採取各種手段前往美國求取這份不成文的資格證書，從而，也就形成了臺灣軍中這種特有的“崇洋”文化。
説是“崇洋”，其實就是“崇美”，但一味“崇美”，其結果是很危險的。美國願意與臺灣加強軍事聯繫，除了在一定程度上要提高臺灣軍隊的戰鬥力外，更重要的是政治考量，賣武器也好，替臺灣培訓軍官也好，主要是借此控制臺軍，進而控制臺灣當局，主導兩岸關係的發展方向，從中漁利。而陳水扁這樣做的目的，是希望與美國形成實質上的“準軍事同盟關係”，把臺灣同美國綁在一起，讓美國成為“臺獨”的保護傘。臺灣島內就有專業人士針對臺灣軍官大批赴美受訓的問題指出，“此舉將使臺灣喪失作戰觀念，受美國政治課程的影響，導致不知為何而戰？為誰而戰？”。
中華民族最大的悲哀是，鴉片戰爭之後“家道中落”，統領世界風騷數千年的文明古國一度淪落為西方列強砧板上的肥肉。帝國主義為了達到長期控制中國的目的，除了對中國的炮艦政策外，就是扶持中華民族的敗類，採取“以華制華”的策略來維持在華的最大利益。現在的“臺獨”分裂勢力，不但將大把大把的鈔票奉送給美國的軍火商，還恨不得美國的導彈瞄準中國大陸，其實際上已經成為美國“以華制華”的工具，而臺灣軍隊如果也這樣長期受到“美國政治課程”的影響，也完全有可能迷失自己的方向。
當然，美臺關係的發展，不可能完全按“臺獨”分裂勢力所希望的那樣順利。因為和平與發展是當今世界的主流，弱肉強食的年代逐漸被世人所唾棄。這次美、英等國繞開聯合國對伊開戰，讓伊拉克人民飽受戰火之苦，世界人民對於美、英等少數國家公然踐踏國際法的行為給予了譴責，在包括美國在內的世界範圍內爆發了自二戰以來最大的反戰浪潮。美國反華勢力要逆歷史潮流，幫助“臺獨”，分裂他國，是助紂為虐，也照樣會受到世界人民的反對，絕大多數美國人民也不願意。據美國的資料統計，多數美國人反對美國政府出兵援助臺灣，反對美國青年奔赴海外為臺灣的所謂“安全”流血。
世易時移，滄海桑田，鋻於祖國大陸的綜合國力持續增強以及在世界範圍內越來越大的影響，美國對中國大陸這個複雜的“競爭對手”自然也會制定複雜的戰略。任何一屆美國政府決不會輕易讓“臺獨”勢力牽著鼻子走，把自已綁在“臺獨”的戰車上，這樣做顯然不符合美國的國家利益。從中美關係的長遠大局考慮，更為了美國自身的利益，在不遠的將來，臺灣將有可能成為美國全球戰略“棋盤”上的一顆被拋棄的“棋子”，到時臺灣當局也只能“自食苦果”了。(平飛)
