陳水扁上臺以來，為了控制臺灣軍隊，使臺軍快速演變成其推行“臺獨”政治主張的工具，不斷走出狠棋，可謂煞費苦心。主要的政治策略有三個：
第一個政治策略是大抓人事調整，刻意培植親信。
陳水扁執政後，先是確定將官定期晉陞由每年一次改為每年兩次，這種改變既迎合了軍官渴望升遷的心理，又加快了軍隊高層官員的流動，以便在快速流動中排除異己，安插親信。他就職一個月，就先後分三次任命調用了70多名將官。這些任用官員中，既有高中的校友，又有兒時的夥伴。上臺執政近三年，陳水扁已10多次進行了臺軍高層人事調整，大力培植忠於自己的親信和將領。
本土籍的將領從上臺時不到20%迅速擴大到目前的40%以上。尤以去年臺灣所謂“國防部長”、參謀總長、陸海空三軍總司令等軍隊高層人事調整引人注目。臺灣媒體稱這次軍隊高層的人事調整，是陳水扁打造“陳家軍”邁出的關鍵一步，因此，具有兩個明顯的指標意義：
其一，這是臺軍50多年來高層人事調整幅度最大的一次，體現陳水扁利用人事洗牌，收攬軍權，控制要害部門的用心；
其二，這次高層人事異動是陳水扁對軍事、情報、治安三大系統同時進行脫胎換骨的“本土化”改造。由於臺灣實施所謂“國防二法”，所謂“國防部長”開始真正掌握軍權，將“軍政”、“軍令”大權集于一身，以往掌握軍權的參謀總長只是其“幕僚長”，而本省籍的湯曜明出任該職位，再加上所謂“國安局長”蔡朝明、所謂“法務部”調查局長葉盛茂和憲兵司令邱宗男也是本省人，這就使攸關陳水扁能否牢牢控制“國家機器”的軍、情、治三大系統，基本完成了“人事本土化”的佈局。
陳水扁在軍中玩弄的第二個政治策略是灌輸臺獨理念，進行思想滲透。
長期以來，臺灣軍隊一直是在國民黨控制之下，國民黨政工系統遍佈軍內。陳水扁也深知對軍隊思想控制的重要性，巧妙“借鑒”政戰工作為己所用，以消除國民黨的影響，灌輸民進黨的理念。
他執政後，不滿足於出入軍營，校閱三軍，而是想方設法地對臺灣軍隊進行思想滲透。先是將其編寫的宣傳個人奮鬥經歷的傳記《臺灣之子》下發到臺軍基層部隊，試圖在臺灣軍隊的青年官兵中樹立起個人形象，為其號令臺灣三軍奠定基礎。接著又急不可待地拋出了所謂“決戰境外”的戰略構想，對臺軍原有的戰略構想進行重新規範。
隨後，又出籠新版的所謂“國防報告書”，公然拋棄過去一直強調的“追求中國之和平統一”的目標，提出處理未來“一個中國”的問題。陳水扁執政一週年之時，臺軍方還特別編印了所謂“陳總統對國軍講話”文集下發部隊，並稱之為“國防官兵捍衛疆土志業上可相互惕歷的讀本”，要求官兵認真學習。
為了在軍中落實“去中國化”，陳水扁公然在軍中取消了追求統一的宣傳教育，取消了軍中嚴肅場合呼喊“統一中國”的口號。臺軍方還兩次發文，明確要求臺軍拆除營區內外有關宣傳國家統一、復興中華文化以及反對“臺獨”的標語，不斷強化對大陸的敵對意識。陳水扁過去常指責軍警加入政黨，有違中立，擔任民進黨主席後卻公開拉攏高階軍、警官員入黨，企圖通過思想和組織雙管齊下的滲透，達到徹底改變臺灣軍隊的性質和趨向之目的。
陳水扁在軍中玩弄的第三個政治策略是利用掃黑之手，整肅軍方高層。
臺灣政商各界黑幕重重，黑金遍地，就連自我標榜清政廉潔的民進黨縣市官員們的弊案也被屢屢曝光。然而，陳水扁卻有意避開這些，偏偏圈定了已冷卻多年的尹清楓案作為掃黑的重點，並且發下狠話，一定要徹查到底，決不姑息。明眼人不難看出，尹清楓案是因臺灣軍方高層涉足軍火交易而引發的命案，徹查尹清楓案，對陳水扁來説可以一石三鳥。
一則可通過清查此案，在臺灣民眾中樹立清政廉明的形象；
二則因民進黨在臺灣軍隊高層沒有歷史包袱，徹查尹清楓案可進一步敗壞國民黨形象，而不會更多地牽扯到民進黨；
三則可達到徹底整肅臺灣軍方高層的目的，所涉及的臺灣軍方高層和對手會因此落馬，以震懾陳水扁的政敵。
儘管陳水扁不擇手段玩弄政治策略，也在一定程度上達到了掌控軍隊的目的，但有一點可以肯定，由於臺灣軍隊過去長期反“臺獨”的原則，以及“超個人、地域、黨派立場”等錯綜複雜的關係，加上立法機構的干預，特別是絕大多數中國人包括臺灣軍人反對分裂，希望統一的心願，陳水扁要隨心所欲利用臺灣軍隊來實現其“臺獨”夢想恐怕是永遠辦不到的。(小鵬)
