臺灣軍隊面臨被“綠化”和“獨化”的危險
民進黨上臺執政後，陳水扁為徹底將臺軍打造成“臺獨”勢力“以武拒統”的有力武器，以“改革”的名義，在為“國家生存發展及百姓安全福祉而戰”的旗號下，徹底切斷軍隊與國民黨的聯繫，否定臺灣駐軍是中國軍隊的定位，通過種種手段對臺軍進行“綠化”和“獨化”，臺灣軍隊有淪為“臺獨”工具的現實危險。
1．頻頻出入軍營，屢屢突出自己，加強其“三軍統帥”地位
陳水扁就職以來，先後視察了陸海空三軍“總司令部”、陸海空軍軍官學校等軍事機構，並親自主持了“漢光16”“漢光17”三軍聯合軍事演習。為從思想上保證臺軍接受陳水扁的領導，陳水扁強化了對臺軍的“擁扁”教育。在軍隊的“統獨”立場問題上，陳頻繁向部隊官兵灌輸“統一不是唯一選項”“兩岸無九二共識”等分裂思想，攻擊“中共依然是威脅臺灣安全的敵人”，強化軍隊官兵的“反共意識”和“憂患意識”。
2．全面更改臺軍具有中國色彩的各種名稱，推進臺軍的“去中國化”進程
臺軍各軍事單位的總機以往都以大陸地名為代號，如“國防部”總機為“江蘇一號”“上海總機”。2005年元旦，“國防部”正式宣佈，將所屬軍中使用大陸地名的總機代號全部廢除，代之以域代碼。此外，臺灣軍艦的命名原來是按照世界各國的命名規則取名，即用該國的省（州）、河、山及偉人為其軍艦命名。臺“立法院”于2005年1月6日協商通過“臺聯”黨團提案，決意未來軍（潛）艦名稱要以臺灣人、地名命名。臺海軍為避免不必要的麻煩，對新從美國採購的基德艦命名不再以中國大陸地名或中國歷史偉人為命名標準，而是使用臺灣相關人名、地名命名，因此4艘基德艦將依序命名為基隆艦、蘇澳艦、左營艦與馬公艦。
2005年以來，臺“國防部”加緊落實一連串新舉措，要將臺軍徹底“去中國化”。如，全部終結“國軍”部隊大陸時期的有關傳承，廢除了沿用近百年的“國軍”名稱，更名為“國防軍”；陸軍徹底從“國軍”改為“臺軍”；空軍取消原大陸時期的飛行大隊；臺軍軍銜“去中國化”，改走美軍路線。
3．頻繁調整高層人事，進一步加強對軍隊的掌控
陳水扁為加強其對軍隊的掌控力度，大力提拔臺籍將領。陳水扁還一改軍方高層人事每年調整一次的慣例，每年調整兩次。為加緊對軍隊的思想控制，2005年4月，臺“國防部”召開大規模“政戰工作檢討會”，對政戰系統開刀。臺軍“總政戰部”屢屢遭到裁編，同時把臺軍政戰體系最有權力的監察系統併入其他系統，以此消除國民黨長期對軍隊的影響。
4．改變職能教育，為打造“護獨”臺軍製造輿論
2001年2月，臺灣軍隊中“政戰教育”取消了長期以來堅持的反“臺獨”教育。此外，臺灣當局還將“國史館”新編的《臺灣奮鬥史》加進了軍隊內部電視教學教程內，將這段歷史列為各軍事院校的必修課程，目的是要讓臺軍官兵能認識到所謂“為臺灣而戰”“為主權而戰”的重要性。
2004年9月1日，臺灣“國防部”正式宣佈，依據臺“立法院”“第五屆第四會期審查九十三年度國防預算所提決議事項”，臺軍即日起取消慶典、儀式及各部隊、學校、單位早晚點名“呼口號”及宣讀“中華民國陸海空軍軍人讀訓”的程式。這標誌著今後臺軍在公開集會或早晚點名時，將不再聽到在臺軍中喊了幾十年的有關完成“統一大業”的口號聲。
