一月
1日，臺灣新兵役制度正式實施，包括兵役役期縮短為1年4個月、年滿19歲役男可提早1年入營服役等。
同日，從該日起，全臺10個空軍警衛營依據臺軍“精進案”第二階段規劃，陸續移編憲兵部隊，改編為10個憲兵營。空軍警衛部隊移編後將結合地區憲兵隊，確保機場平、戰時安全。
3日，“三項重大軍購案”在“立法院程式委員會”第44度遭到擱置。
同日 “立法院”三讀通過“陸海空軍服制條例”，原“陸軍服制條例”、“海軍服制條例”、“空軍服制條例”同時廢止。
同日，有臺軍人士向媒體爆料，由於臺軍新兵役制度實施，提前退伍的士兵高達2萬人，而志願役士兵多數還在訓練期，臺軍部分部隊已出現勤務難調配情況，致使軍官得去站崗放哨。
4日，“國防部副部長”蔡明憲由主持中正預校校長任職交接典禮，原任校長洪廷舉少將，調任“國防部參謀本部”人事次長室助理次長，新任校長由“國防部”人力司軍事教育處處長夏玉人少將接任。
同日，政戰學校“國防語文中心”舉行移編編成典禮，改隸“國防部參謀本部”，此舉表明臺軍對外語人才培育的重視。
5日，臺灣軍方權威管道透露，臺軍之所以決定在南海太平島建機場跑道，主要是基於戰略考慮，以因應將來國際間有關南海談判。為此，“國防部”還在南海海域規劃兩個潛艦“伏擊區”，以備用兵不時之需。
6日，政治作戰學校舉行建校54周校慶，一名該校校友突然衝下觀禮臺，企圖去搶臺軍“政戰局長”胡鎮埔的帽子，但被在場安全人員阻止並架走。該名自稱吳覺民的男子被帶走時，還不斷高聲呼喊：“可恥政黨！全民刺扁！”
11日，臺軍澎防部用於兵棋推演的手提電腦失竊。
12日，“立法院”審查2006年度“中央政府總預算”，臺軍“三項重大軍購案預算”配合款112.3億元新台幣全數遭到刪除。
同日，“國防部政治作戰局”文宣政教處副處長聞振國上校在“立法院”表示，現行臺軍各官校校歌有許多地方不合時宜，“國防部”已經要求各官校與軍種，針對不合時宜的軍歌做一些修訂。
13日，陳水扁在接見亞太議聯（APPU）日本國會議員訪問團時表示，美日安保對話將臺海納入“安保”範圍，是美日臺三方共同利益所在，臺灣與日本雖無正式“外交”關係，但雙方可透過建立準軍事同盟，進一步提升臺日實質關係。
14日，島內媒體報道，臺軍計劃在2010年前淘汰服役超過30年的美制F5E戰機，而據“國防部”人士指出，根據美方建議，臺已在2005年10月的“臺美空軍會議”上提出斥資600億元新台幣購買44架F16C/DBlock52戰機。
15日，空軍通信航管資訊聯隊舉行成立59週年隊慶活動。
16日，憲兵司令部在忠貞營區舉行74週年慶。
19日，“國防部”在“2006年春節媒體軍事記者聯誼餐會”前，特別舉行大陸軍力情資説明會，首度公佈20幅大陸衛星偵照圖，説明大陸陸軍二炮部隊、空軍重要基地、海軍主要艦隊基地以及各大軍區所設置的“戰術訓練基地”，希望民眾支援“軍購案”。
20日，“立法院”三讀通過“陸海空軍服制條例”修正案，將過去未納入規定的憲兵、海軍陸戰隊制服一併納入規定，建立臺軍統一完整的三軍服制體系。
23日，“國安會副秘書長”柯承亨轉任“國防部副部長”，“國安局副局長”王進旺轉任“海巡署長”。
24日，臺軍自行研製、自行測試的第一套“Ｔ９１步槍射擊訓練輔助倣真系統”在陸軍步兵學校正式啟用。
同日，臺空軍第四○一聯隊士官長李明儒一家4人，因債務問題在軍中宿舍打開煤氣自殺而被送往醫院急救。
25日，為強化基層心輔工作，防杜意外事件，金防部心衛中心舉辦心理衛生專題講座。
二月
2日，“全民國防教育法”正式施行，“國防部”訂定“推動全民國防教育傑出貢獻獎勵辦法”，並自“全民國防教育法”施行之日起施行。
3日，為配合即將於2006年2月起實施的“全民國防教育法”，臺“教育部”公佈中、小學“全民國防教育”課程綱要草案，綱要核心內容包括“國防軍事”、“全民防衛”、“國防相關事務”三大主軸。
同日，為便利臺軍使用高速公路戰備跑道作業順遂與安全，“國防部”修頒“臺軍使用高速公路戰備跑道作業程式”，以作為相關單位作業的依據。依據作業程式的規定，未來臺軍可使用的路段包括花壇、民雄、麻豆、仁德及佳冬等五段戰備跑道。
同日，臺軍方證實，防衛部門反情報工作總隊少校副組長陳明陽與其情人張秀美，1日晚上在屏東市的租屋內燒炭自殺，陳明陽死亡，張秀美重度昏迷。
6日，“國防部”高層透露，“漢光22號”演習已規劃加入美軍“馳援”兩岸發生戰事的兵棋推演軍事想定。
同日，歐復興中將接任政戰學校校長。歐復興，中將，政戰學校十六期、陸軍指參學院1983年班畢業，歷任臺陸軍第十軍團政戰主任、“金防部政戰主任”、“中科院政戰主任”等職。
7日，臺軍“軍事新聞網”報導，臺軍“專業志願士兵暨儲備士官”今年將首度招收100名女兵。
同日，蔣金城少將接任聯勤政戰主任。
同日，為讓民眾更了解臺軍戰備需求，“國防部”首度對外公開“聯合作戰演訓中心”電腦兵棋系統（JTLS）。
同日，“國防部”公開多項建軍規劃與戰備需求簡報。根據“國防部”整合評估室分析，預判大陸至2010年，將可部署戰術與戰略導彈逾1800枚。
8日，一架隸屬臺軍花蓮空軍基地401聯隊的F16戰鬥機因燃油外泄迫降清泉崗基地。
同日，澎湖縣傳出因為臺軍士兵煮麵不合上司口味而被關禁閉的事件。
10日，臺灣軍方宣佈新一波人事調整，陸海空三軍（總）司令及（總）政戰局長、高階政戰主管同時異動。朱凱生、陳邦治、劉貴立三位陸海空軍“司令”調任“總統府”戰略顧問，新任陸海空軍“司令”分別由“政治作戰局局長”胡鎮埔上將、“副參謀總長”林鎮夷上將、“空軍副司令”沈國禎中將升任，沈國禎並晉陞空軍二級上將。此外，新任“政戰局長”由“金防部司令”吳達澎中將升任，並晉陞陸軍二級上將；“國防部參謀本部陸軍副參謀總長”職缺由“陸軍司令部副司令”趙世璋中將接任，並晉陞陸軍二級上將……新人事自2月16日生效。
同日，“國防部”訂頒“國軍人員性騷擾處理實施規定”，延續過去既有的“國軍人員兩性營規管理規範暨懲處原則”，訂定出具體作法、懲處規定，防止“性騷擾”事件發生。
11日，美國在臺協會宣佈，職業外交官楊蘇棣將於3月份出任其臺北辦事處新任處長，接替已經去職的包道格。
13日，國民黨主席馬英九在訪問歐盟時表示，若2008年國民黨執政，將與大陸協商兩岸和平協議的架構，進而與大陸建立軍事互信機制，形成兩岸共同市場，並討論臺灣爭取國際空間的問題。
14日， 李傑主持“國防大學”原任校長費鴻波上將、新任校長曾金陵上將交接暨授勳典禮。
15日，陳水扁在“總統府”親自主持“空軍司令部司令”沈國禎、“聯合後勤司令部司令”季麟連、“政治作戰局局長”吳達澎、“參謀本部陸軍副參謀總長”趙世璋、“參謀本部海軍副參謀總長”王立申等5位晉陞二級上將的授階儀式。
20日，“參謀總長”李天羽一級上將代表“國防部長”李傑，頒贈二等雲麾大綬勳章給薩爾瓦多參謀總長卡塞雷斯中將，表彰他對促進“中薩兩國”傳統軍誼的卓越貢獻。
同日，東森新聞報道，“漢光22號”演習電腦兵棋推演，是以北京2008年後舉兵攻臺為假設。同時，此次演習重點置於解放軍“佔臺”而非往年的“攻臺”；整個戰場也遍及臺灣本島，非僅局限于臺海作戰。
21日，“國防部”公佈臺軍2006年度部隊訓練流程規劃，稱今年將由各作戰區（防衛部）整合運用責任區內三軍部隊，採取“全面、全裝、實兵、實作”方式實施演練。
同日，“三項重大軍購案”及監察院人事同意權行使案等，在“立法院程式委員會”再次遭泛藍封殺。
22日，美國會軍隊、交通暨國土安全委員會眾議員羅伯席門斯前往臺北市政府拜會市長馬英九，交換兩岸、軍購等意見。
25日，“憲兵司令”沈世籍中將主持憲兵學校70週年慶。
三月
1日，“國防部情報次長”金乃傑中將調任空軍作戰指揮部（原為空軍作戰司令部，自3月1日起更名為作戰指揮部）指揮官；曾任“國防部臺北駐美代表處”軍事協調組長王明義少將升任“國防部情報參謀次長”。
同日，黃國良少將接任“政戰局副局長”。黃國良少將，政戰學校二十一期、戰爭學院1986年班，擁有“中華科技大學”科技管理研究所及政治大學事業經營研究所雙碩士學位，歷任陸軍109師主任、陸軍總部眷服處處長、澎防部主任、總政治作戰局眷服處處長、十軍團政戰主任、後備司令部政戰副主任、福利總處總處長等職。
6日，香港媒體報道，陳水扁“終統”引發兩岸關係緊張，臺灣“國安”與軍方高層已向陳水扁建議，由臺灣中南部抽調三個戰略師的編制護衛臺北。
7日，臺“國防部”首度公佈目前大陸對臺導彈部署現況，總計有6處主要陣地、784枚導彈。
13日，臺灣“海岸巡防署”的300多艘艦艇的艇身英文名稱，從“R.O.C. COAST GUARD”（“中華民國海岸巡防隊”）改成“R.O.C. TAIWAN COAST GUARD”（“中華民國臺灣海岸巡防隊”）。
15日，“行政院會”通過“陸海空軍懲罰法修正草案”，將在“軍事法院”設置懲罰法庭。同時修法後將比照公務人員，改為“刑懲並行”，由懲罰法庭裁定後即執行懲罰，不必等待刑事偵審結果。
同日，“國防部長”李傑針對“終統”後大陸可能對臺採取的行動向“立法院”作項目報告。
16日，聯勤南港彈藥整修所進行待報廢三五火箭彈彈尾傳爆藥拆卸作業時，其中一枚的“彈尾管”碎片突然彈出，造成3位下士受傷。
同日，“國防部副部長”柯承亨表示，臺軍近年來已將“斬首行動”列為“漢光演習”演練項目之一；同時陸續往大臺北地區增調陸戰旅，並強化後備部隊戰力，目的均在防制大陸對臺實施“斬首”行動。
同日，臺灣軍方發言人劉志堅表示，臺灣當局考慮在臺灣聲稱擁有主權的太平島和東沙島恢復派駐海軍陸戰隊，但這不是既定的政策，而且沒有時間表。
17日，“立法院國防委員會”針對“國防二法運作檢討與策進”，邀請“國防部副部長”柯承亨進行業務報告。柯承亨指出，“國防軍事事務”目前在“國防部長”統合指揮軍政、軍令、軍備下，總成負全責，另依“國防二法”規定，由陳水扁行使統帥權指揮軍隊，責成部長命令參謀總長辦理一切軍事事務，由此可看出“國防部”已貫徹“國防一元化”精神及“軍隊國家化”目標。
19日，“總統府”直接“國防部”下達命令，要求其拆除軍營中所有蔣中正、蔣經國的銅像。
22日、23日，臺灣南部地區2006年度“全民防衛動員演習”（即“萬安29號”演習），在臺南縣網寮南營區舉行。
27日、28日，金門地區2006年度“全民防衛動員演習”（即“萬安29號”演習），在金防部鑒潭會議室舉行。
28日，臺向美採購的54輛AAV7兩棲突擊車在左營海軍總部舉行成軍典禮。這54輛突擊車，分別為AAVP7A1人員運輸車48輛、AAVC7A1指揮車4輛及AAVR7A1救濟車2輛。AAV7兩棲突擊車將取代服役超過30年的號稱“水鴨子”的LVTP5兩棲登陸車，將在臺北林口與高屏地區部署各27輛。
29日，“國防部副部長”朱凱生上將在“立法院國防委員會”答詢指出，外島部署會根據兩岸情勢發展進行檢討與調整，若在大陸威脅排除前，撤除外島駐軍，這是“自廢武功”。
同日，臺“國防部”最新發佈一項人事調動消息表示，“國防部”發言人劉志堅將被撤換，由“艦隊司令部政戰部主任”吳季方接任，而劉志堅將接替吳季芳擔任“艦隊司令部政戰部主任”一職，4月4日起生效。
31日，“國防部長”李傑表示，臺軍正在考慮撤回部分駐守在東沙島及太平島上的海巡署兵力，重新派出海軍陸戰隊進駐這兩個島嶼。
四月
1日，臺“軍事情報局局長“彭勝竹中將接任“空軍副參謀總長”，同時晉陞空軍二級上將。新任“空軍副參謀總長”彭勝竹係空軍官校1971年班畢業，美國戰院1983年班，歷任聯隊長、“侍衛長”、“空軍官校校長”、“空軍總部參謀長”、“軍情局局長”等職。
4日，“三項重大軍購案”第50次遭到“立法院程式委員會”封殺。
同日，臺灣軍方宣佈，臺軍將修改“兵役法”，涉及數十萬後備“士兵”的除役年限，將由現行的40歲除役，提前到35歲；未來臺灣士兵教召時間將從2.5天，增加為3.5天，幹部則維持不變。
10日-16日，由“國安會”主導、“行政院”參與的“玉山2號”政經兵棋推演展開，演練主要內容為“反斬首”，陳水扁親自主持、全程參與，以測試“府”“院”、“國安”高層的決策指揮應變能力。“玉山2號”演習共分2個階段、8種想定、170個狀況，4月10日至14日屬於第一階段，演練項目包括“預備開設”、“緊急開設”和“緊急集合”等；15日、16日則進入準戰爭狀況的第二階段推演，內容包含“大陸對臺海空封鎖”、“偽鈔攻臺”、“馬祖遭佔”、“美日撤僑”、“內部暴動”、“美國調停”、“對中宣戰”等7套劇本。
11日，“三項重大軍購案”第51次在“立法院程式委員會”遭到封殺。
同日，臺陸軍第十軍團所屬一張姓士兵在休假期間，持玩具手槍搶劫臺中縣新社鄉農會中興嶺分部160萬元新台幣後逃逸。
14日，臺灣“福衛三號”衛星在美國加州范登堡空軍基地發射。
15日，臺空軍2005年向美國購買的E2-K空中預警機，在屏東空軍基地舉行成軍典禮。陳水扁閱兵時臺軍軍旗突然折斷。
18日，臺“國防部”開放島內媒體參觀位於新竹湖口的臺軍裝甲兵學校，並首次對外公開由“中科院”研發的號稱是“亞洲唯一”的具備完整高階連網架構(HLA)功能的組合型戰車訓練倣真器，並由臺軍主力坦克車CM11在媒體面前進行全武裝演練。
22日，金門縣政府召開縣政發展研討會，與會的前“行政院長”郝柏村、福建省主席顏忠誠等，吁吁金門為非軍事區，由兩岸軍事對峙的第一線，變成兩岸交流的第一線。
24日，“國防部”軍事發言人室宣佈，“漢光２２號”演習于本日起實施電腦兵棋推演。
同日，臺灣軍方高層透露，陸軍裝甲、機步與衛戍等9個戰鬥部隊聯兵旅及“首都”憲兵衛戍部隊等重點部隊，都將在本月底完成換裝新式Ｔ91戰鬥步槍。
28日，臺灣智庫委託決策調查有限公司做的一項民調顯示，約76.9%的臺灣民眾贊成由臺美中三方會談，討論臺灣海峽的和平穩定；52%的臺灣民眾覺得如果中國大陸對臺動武，美國會出兵幫助臺灣。
五月
1日，島內媒體報道，“中科院”秘密研發多年的“機場遙攻武器”，性能類似空射型巡航導彈的“萬劍彈”，不久前在九鵬導彈基地試射成功。臺軍方人士稱，該型導彈射程超過600公里，內含子母彈，可破壞機場跑道、導彈陣地，戰時部署在 IDF、F16等戰機上，能對大陸東南沿海軍事基地進行有效反制。
1日-5日，臺“國防部”實施2006年“軍紀教育周”，區分5個教育單元對全軍官、士、兵及聘雇人員進行教育，以有效降低違法、傷亡案件。
6日，東森電視臺透露，為達到“決戰境外”的戰略構想，增加臺灣防禦縱深，臺海軍司令部已決定在東引島配置岸射型“雄風二型”反艦導彈。一旦完成部署，可有效扼制大陸閩江口，臺灣將佔有制海軍事優勢。
10日，聯勤南港彈藥庫編號B29庫房內過期待報廢的155彈發射藥包發生自燃引發氣爆，導致2名士兵死亡，4名士官兵遭不同程度燒灼傷。
12日，陸軍司令部在龍潭營區舉行“武裝衝突法軍官團巡迴教育”，由“副參謀長”趙克達少將主持。
13日，陸軍專科學校49週年校慶。
16日，臺灣遠端導彈監視雷達項目通過系統評審。
同日，“政戰局長”吳達澎上將在“立法院”表示，面對中共的三戰（“法律戰、心理戰、輿論戰”），“政戰局”區分三個階段反制，以建構相關理論基礎、執行反“三戰”作為。
同日，“國防部後備司令部參謀長”李銘藤中將在“立法院”座談會中表示，後備司令部未來將在全臺設立10間“步槍射擊模擬教室”。
17日，臺灣軍方人士透露，針對大陸持續發展海軍軍力建設，臺軍已制訂了代號為“追風”的5年計劃，在5年內批量生産130枚“雄風Ⅲ”型超音速反艦導彈。
20日，陳水扁公佈“國家安全報告”，內容包括前言、臺灣的新安全環境、“國家安全的內外在威脅”、“國家安全策略”及結語五大章，共155頁。報告稱，臺灣將提升“國防預算”至GDP的3%，並將繼續推動“精進案”，至2008年前將裁軍10萬。
23日，臺灣媒體報道，美國國防部與相關“部會”今起將在華府負責軍事戰略研究的國防大學，邀集相關單位針對臺灣海峽發生緊急事態進行聯合兵棋推演，臺灣“國防部”高層證實，臺軍已獲邀派人參加，這是臺軍第一次赴美參與聯合兵推。
同日，臺灣向美採購的“基隆”號和“蘇澳”號兩艘“紀德級”艦組成的臺海軍第261戰隊成軍，首任戰隊長由臺灣原任“海軍官校教育長”、“海軍少將”汪能安接任。
25日-29日，臺灣軍方代表在華府與美國國防部官員舉行會議，討論向美國購買60架F-16C/DBlock52戰機。
26日，政治作戰學校在三軍官兵活動中心舉行“反三戰新書發表會”，由政戰學校校長歐復興中將主持。“反三戰”套書共有3本，分別為《中共對臺心理戰》（由政戰學校敵情係馬振坤副教授所撰）、《中共對臺輿論戰》（由淡江大學國際事務與戰略研究所王昆義教授執筆）、《中共對臺法律戰》（由“中國科技大學”國際貿易係何秀珍博士所著）。
31日，有消息報道，臺灣軍方日前正在秘密研究水雷戰，甚至期望潛至大陸沿海港口實施佈雷作戰，以圖阻止解放軍獲得“制海權”，實現臺軍所謂“海上阻絕戰略”。
同日，臺軍方透露，最近進駐桃園空軍基地一批美制F16戰機，這批Ｆ16挂載了最新的AIM120中程空空導彈。
六月
1日，“國防部”聯合後勤司令部慶祝創制60週年。
同日，“金門防衛指揮部政戰主任”原任“主任”鄭瑞堅少將調任“國防大學政戰主任”，遺缺由“國防部總政戰局文教處長”陳世團少將接任。
2日，臺灣媒體報道，多位臺空軍飛行員私下披露説，臺軍的“小牛B型”導彈早已陳舊不堪，射程竟然由原先的最短18公里“縮水”到只有9公里，甚至連一些普通的滑翔式航空炸彈都不如。
6日，臺灣軍方透露，為了進一步強化臺軍“反斬首”戰力，臺軍將把目前部署在金門的第584裝甲旅調回本島，加入負責臺島北部地區防務的第6軍團作戰序列。
9日，“國防部副部長”柯承亨表示，因應戰爭型態的改變，在戰鬥支援與勤務支援中，女性官士兵比率將隨之調增。
10日，據臺媒報道，近日“總政戰局長”胡鎮埔與媒體茶敘時指出，面對大陸的心理戰、輿論戰、法律戰“三戰”的“軟打擊”，未來政戰組織調整將強化作戰區的心戰部隊與能源，深化專業能力，原本在“精實案”裁撤的心戰部隊，將在這波組織調整中重新恢復。
15日，2006年“萬安29號”防空演習于該日起，將陸續在北、中、南、東及金門、馬祖、澎湖地區舉行。
16日，陸軍官校創校82週年校慶。
同日，臺“陸軍司令”胡鎮埔表示，臺陸軍將加速向“特戰化”與“聯戰化”作轉型發展。
17日，臺空軍737聯隊所屬Ｆ-５Ｆ（編號5381）戰機，在嘉義機場北方不遠處失事，機上正駕駛周傑偉中校死亡、副駕駛夏文裕中尉受重傷。
20日，美國最新一期《國防新聞》週刊（Defense News）指出，臺灣正在發展的中程彈道導彈，射程2000公里，可達北京，而生産計劃是30枚。
26日，臺軍在三軍軍官俱樂部舉行2006年下半年將官晉任暨授階典禮。共計有邱國正少將等13人晉任中將，王天宇上校等45人晉任少將，2007年7月1日生效。
26日-30日，臺軍在“漢光22號”演習實兵驗證階段初期實施“精神戰力教育”。
28日，臺灣“海巡署”派出3艘新型二代巡防艇舉行外海實彈射擊，並首度採用20機炮。
29日，“國防大學”舉辦“2005年國防部委託研究成果發表會”。
30日，島內媒體報道，一位網名為“外省幫副座”屈姓陸軍儀隊士兵，在網路發言“真想拿手上的槍往陳水扁的腦門子插下去”。
七月
2日，以驗證後備部隊編成和戰力為目標的“同心18號”演習正式登場。
5日，據一期美國《國防新聞》週刊報道，美臺年度最高層級軍事安全會議“蒙特雷會談”上周結束，由於臺灣的軍購案延宕使得會議烏雲籠罩，美臺關係也冷卻下滑。
7日，“國防部軍事新聞通訊社”成立60週年。
10日，配合“漢光22號”演習聯合作戰戰力操演及年度重炮保養射擊訓練，臺陸軍第十軍團炮兵部隊實施代號“崑崙操演”的例行性演習。
12日，陸軍第八軍團四三炮兵指揮部，在屏東縣車城鄉小尖山實施“天雷操演”實彈射擊。
12日-13日，“國防部”連續兩天，舉辦臺灣首次資訊防護動員演練。
13日，據臺媒報道，臺灣軍方已決定明年起編列購買66架F-16C/D戰機預算。
15日，路透社報道，美國國防部同意讓臺灣分兩階段購買8艘柴油潛艇。
17日，陳水扁在接見參加“臺日論壇”2006年臺北會議日方代表團時聲稱，大陸針對臺灣部署的導彈，除了高達784枚的戰術導彈外，還有36枚“東海十號”巡航導彈。
20日，“漢光22號”演習實兵操演在宜蘭濱海登場。據報道，演習失誤頻傳，如2枚托式導彈竟然落在距離陳水扁面前不到200公尺的海面上，還有一枚發射地點距離陳水扁不到500公尺的麻雀導彈，發射後四處亂竄。
24日，島內媒體報道，被前“國防部長”湯曜明凍結的百架運兵直升機採購案，將取代攻擊直升機採購案，成為陸軍建軍的最優先項目。
26日，島內媒體透露，美國決定放寬臺灣軍事幹部赴美接受特戰訓練的額度。
31日，島內媒體報道，臺灣自行研發的“雄風三型”超音速反艦導彈，已裝在導彈巡防艦“成功”艦上進行系統相容性測試。
八月
2日，陳良沛少將接任陸軍官校校長、王國強少將接任航特部指揮官。
同日，島內媒體披露，陳水扁今年5月的“迷航外交”期間，為了獲得利比亞批准過境，答應向利比亞出售步槍、機槍和軍事通訊、戰車車內通話系統。
3日，申伯之中將接任臺海軍副司令。
7日，島內媒體透露，臺陸軍司令部已決定將谷關特訓中心“訓練營”與後備司令部“後備特戰營”等兩個訓練與後備單位納入正式特戰部隊編制，新編成的特戰營將以臺灣原住民官兵為主兵力。
9日，“國防部後備司令部”設立北、中、南三地區後備部隊訓練中心，中部地區後備部隊訓練中心在成功嶺營區舉行編成授旗典禮。
15日，每年9月至12月臺軍都進行“軍紀重點教育”，今年度臺軍“軍紀重點教育”主題為“妥善理財規劃、慎防誘惑詐騙”、“深化反毒教育、根除毒品危害”、“尊重性別多元、消除性別歧視”以及“落實安全教育、消弭危險駕駛”。
17日，美臺商會（US-TaiwanBusinessCouncil）宣佈，美國將恢復派國防部副次長出席美臺國防工業會議。
20日，臺“國防部”表示，臺軍將在4年內斥資4.86億新台幣，採購106套美制“巴雷特”M82A1狙擊步槍。
22日，據TVBS報道，北部某個設在軍營內的郵局，工作人員證實有臺軍官兵集體匯錢支援“倒扁”。
23日，針對島內媒體報導“有臺軍官兵捐款倒扁”，“國防部”軍事發言人室重申，臺軍依據“中華民國憲法”及“國防法”，貫徹“軍隊國家化”、堅守“行政中立”。
同日，“行政院”批准了“國防部”提交的關於下一年需要3235億新台幣軍費支出的草案，支出數目比本年度增長了710億，漲幅達到28.1%。
24日，“政治作戰學校校長”歐復興透露，“政治作戰學校”于9月整併為“國防大學政戰學院”，規劃中的“政戰學院”將抽調部分骨幹，甚至聘請外國退役軍人和解放軍研究專家，成立“中共解放軍研究所”，專門針對大陸提出的“三戰”理論加以研究分析。
28日，臺東空軍志航基地發生F-5F戰鬥機以機腹著陸方式迫降的事故，但未造成人員傷亡。
29日，臺“國防部”公佈2006年版“國防報告書”，首次公開將在臺軍“參謀本部”下設立的“導彈指揮部”，建立“特種導彈”作戰力量。
同日，美國“國防新聞”週刊報導，臺灣已在7月份正式向美國提出意向書，有意購買66架F-16C/D型戰機，不過布希政府各部門正在討論是否同意這項採購案。
30日，日本“共同社”報道：臺“陸軍司令”胡鎮埔日前以觀光名義訪問日本，並在8月24日觀摩了日本陸上自衛隊在東富士演習場進行的“富士綜合火力演習”實彈軍演。
九月
5日，島內媒體透露，2007年美國將出售2艘“奧斯普瑞斯級”掃雷艦給臺灣。
6日，臺陸軍三九化兵群在屏東地區舉行2006年度核安演習。
7日，漢翔公司代理總經理徐延年聲稱，漢翔公司已完成歷時5年的“強漢計劃”，成功實現AT-3教練機結構與性能的提升。
8日，島內媒體報道，為因應9月9日的“倒扁靜坐”，“憲兵司令”盧臺生從7日起親自坐鎮“總統府”指揮調度，防範“倒扁”活動失控。大臺北地區總共有10個“憲兵營”，大約6000名“憲兵”也已全面停休，全天候待命。
12日，為了推動士官制度，臺陸軍司令部專門設置總士官長一職。
11日，“國防部副部長”柯承亨稱美國方面將以“工業合作計劃”取代現行的單向式軍事採購。
18日，美國《國防新聞》週刊嚴厲批評民進黨當局的軍購過程充滿貪腐。
同日，臺灣檢調單位偵辦臺電公司變電所工程弊案，意外查出臺“陸軍司令部”計劃處副處長葉俊顯，涉嫌在承辦臺軍“捍馬”吉普車吊車附挂系統採購標案時，接受廠商賄賂。
28日，臺灣媒體近日報道，臺軍將於2007年部署“低層反戰術彈道導彈系統”(ATBM)。
十月
2日，“國防部長”李傑在“立法院”透露，臺灣空軍計劃編列160余億新台幣向美國採購66架F16C/D型戰機。
同日，《中國時報》報道，臺灣軍方經“漢光演習”電腦兵棋推演後認為，目前臺軍在臺灣西部的軍用機場，于臺海戰爭爆發後48小時內，就可能全數遭解放軍以導彈和巡弋導彈摧毀。在美軍建議下，臺空軍已計劃在戰時將半數戰機東移至花蓮和臺東兩個東部基地，從2007年開始並將花費近10億元新台幣將東部機場跑道從目前3條擴增到6條，以為戰時美日介入為贏得時間。
3日，臺媒體報道，為應因施明德領導的“倒扁”民眾在10月10日發動“天下圍攻”行動，臺軍方已秘密調派憲兵進駐臺北市保護陳水扁。
5日，陸軍司令部通資處在通信電子資訊學校舉辦“通資電戰法”研討會。
6日，陳水扁視察軍隊時，“憲兵”們不但高喊陳水扁是“大帥哥”，還説“你是我的巧克力”。
10日，臺灣媒體報道，臺軍IDF(“自製防禦戰機”的縮寫)“經國”號戰機發展出最新機型，9日上午在臺中清泉崗基地秘密試飛，目前在密集測試，最快2007年1月就會裝備臺軍。新戰機名稱也已經確定，不再叫“經國”號，改名叫“翔升”號。
14日，臺海軍軍官官校舉行建校59週年校慶。
16日，《聯合報》報道，臺“國防部”正建立“戰略部隊”，並在某一接近大陸的外島增建導彈陣地，往後按年度逐次增添部署“戰略武器”，作為直接攻擊大陸的發射臺。
同日，臺灣媒體透露，不管臺“國防部”推動的“翔升計劃”成不成功，臺空軍都已準備將“經國號”戰機移防東臺灣，逐步取代已服役超過33年的F5戰機。
18日，臺軍F16戰機首度挂載AIM-120中程導彈進行演習。
22日，最新一期美國《外交政策》雙月刊文章點名指出，臺灣是可能發展核武器的5個地區之一。
23日，臺軍八軍團以及屏東空軍基地一些軍官遭色誘而泄漏軍事機密，共有700多份戰車作戰檔案外流。
同日，臺軍方偵辦陸軍八軍團軍官涉嫌“泄漏防務機密案”，發現連屬“極機密”的反登陸作戰計劃也流入詐騙集團手中。
25日，臺灣向美國購買的另外兩艘“紀德級”導彈驅逐艦——“左營”、“馬公”抵臺。自此， 以“基隆、蘇澳、左營、馬公”四個海軍港口命名的“基德級”艦，均已加入臺海軍261戰隊戰鬥序列。
同日，新竹縣湖口的陸軍部隊北區聯合測考中心105靶場，一名士兵誤踩一枚未爆彈，造成爆炸意外，共造成6名士兵受傷。
26日，臺灣軍方爆出特大性醜聞，10多名美男軍官兼職當男妓。
同日，臺軍新竹湖口陸軍裝甲旅發生爆炸意外，有多名軍人被40榴彈槍炸傷。
同日，美國“在臺協會臺北辦事處處長”楊蘇棣召開記者會，要求臺灣在秋天前必須通過“軍購案”。
30日，“國防部長”李傑聲稱，由於“三項軍購”遲遲不能通過，預訂於11月舉行的臺美“軍備交流會議”已經被美方叫停，美方稱要看“三項軍購”是否通過才能決定是否恢復美臺軍事交流。另外，臺灣當局要購買66架F16C/D型戰機的“鳳隼項目”也陷入僵局。
同日，臺“立院國防委員會”審議“國防部”主管預算。
十一月
1日，歐復興中將接任“政戰局副局長”。歐復興，政戰學校1970年班、陸院1980年班畢業，歷任陸軍一一七師主任、“總政戰部軍紀監察處處長”、“金防部主任”、“中科院主任”、“聯勤司令部主任”、“政戰學校校長”等職。
2日，臺媒報道，臺空軍的RF16第12隊僅用40分鐘就可將大陸沿海軍事部署進行偵照。
8日，“三項軍購案”第63次在“立法院”遭到封殺。
12日，據報道，臺“國防部”在桃園、新竹、臺中、臺南、高雄設立“五大紅色警戒區”，其他諸如澎湖、花蓮、嘉義、臺北市、基隆、蘇澳等地均被視為是比較次一級的黃色警戒區，以防“大陸派出美女來刺探機密情報”。
14日，臺空軍進行“經國號”戰機（IDF）升級計劃，改良完成的第一架 IDF C/D型戰機又稱為“翔升機”，已經完成試飛。
同日，“三項軍購案”第64次在“立法院”遭到封殺。
20日，島內媒體援引臺軍方消息來源透露，為因應建軍方向轉型為“特戰化”、“聯戰化”，臺陸軍現有裝甲旅將合併精簡，特戰旅則會大幅擴編。
21日，臺灣軍方再度傳出重大弊端，板橋地檢署查出有軍官集體經營軍中地下錢莊，並勾結人蛇集團引進外籍女子到臺灣賣淫。涉案軍官大多為臺軍政戰體系軍官。
23日，澎湖防衛指揮部所屬炮兵部隊舉行代號“聯信251號”年度實彈射擊演習。
24日，“三項軍購案”第65次在“立法院”遭到封殺。
同日，“國防部整合評估室主任”陳永康首度揭露，大陸將在2020年擁有第一支航母戰鬥群，臺軍必須建立強大的潛艇兵力，才有能力阻止大陸航母戰鬥群進入太平洋自東部包圍臺灣。
29，由於少校教官董華正2006年9月12日身穿軍服現身倒扁靜坐現場，揚言“如有戰爭，弟兄們必定槍口向內”，今天被臺灣“高等軍事法院”檢察署依“煽惑現役軍人暴動”罪嫌收押。
同日，據臺媒報道，臺軍方目前已經秘密完成代號為“青雲”的油氣彈試爆，臺“國防部”已經準備在下年度編列預算進行生産。
十二月
6日，英國《防務新聞》報道，BAE系統公司的新型32位數字飛控電腦最近在臺空軍本土防禦戰鬥機（IDF）C/D型戰機上進行了首次飛行。
同日，臺軍“憲兵司令部”舉辦“戰場抗壓心理訓練”示範觀摩，實戰模擬平時救災、戰場實況的情境。
7日，“履帶型裝甲車駕駛訓練倣真器”正式交機、啟用。
12日，臺海軍艦隊指揮部所屬的航指部一架編號6910的500MD反潛機，在執行例行“轉場訓練”任務時，因油料警示燈亮起而緊急迫降。
13日，臺海軍艦隊指揮部代號“聯興95之2”操演預演，在屏東枋山加祿堂海域舉行。
15日，英國《飛行國際》透露，F-CK-1A/B“經國”輕型多用途戰鬥機的改進工作取得新進展，F-CK-1A的改進型F-CK-1C的首架原型機已于10月底首飛成功。
同日，美聯社報道，由美總統布希提名接任“鷹派防長”拉姆斯菲爾德的羅伯特？蓋茨在向國會遞交的書面質詢材料中宣稱美國應該協防臺灣。
20日，東森新聞網披露，臺“國防部”編列5年總額約新台幣200億預算採購1200輛“中型戰術輪車”，第一批已正式在臺軍作戰部隊服役。
24日，臺媒報道，“標槍”導彈已成為臺軍的正式裝備。
26日，臺“國防部”軍事發言人室宣佈新一波將官晉陞名單，2007年1月1日生效。其中，晉陞“中將”的有：“國防部參事”林于豹、“陸軍空特指揮官”王國強、“陸軍六軍團副指揮官”朱玉書、“空軍司令部政戰部主任”劉介岑、“國防部軍備局副局長”陳立嘉5人；晉陞“少將”有：毛惠民、張自強、韓岡明、黃頌、張善東、瞿紹成、唐國麟、張冠群、許昌、高天忠、馬振昆、趙泰祺、陳長俊、梁中原、楊乃聲、黃昆宗、周皓瑜、王孟剛、黃元保、陳曉明、潘進隆、許國智、陳新發、何大定、周美伍、杜承謀、胡延年、丁忠武、王宿農、鍾廣華、徐建三、朱玉志、李盛昱、于大雄、朱漢權、許有義、王黎升、王少谷。
（來源：中國網）
編輯：齊曉靖
