海軍總司令部成立於1945年，當時的海軍是美國一手扶植起來的。美國不僅將第二次世界大戰期間被淘汰下來或行將退役的軍艦“贈送”給國民黨南京當局，而且還為蔣軍訓練海軍官兵。國民黨政權去臺後，海軍總司令部隨之遷往臺灣。其主要任務是負責組建和訓練海軍。並通過其下轄之各司令部和各軍區來統禦指揮海軍。
海軍總司令部置總司令一人，副總司令二人，參謀長一人。並設政治作戰部，置主任一人，副主任一人。海軍總司令部下設總司令辦公室、總值班室、侍從官室、監察室、督察室、聯絡室、人事署、情報署、作戰署、補給署、公共署、計劃署、後勤署、主計署、通信署、總務處、勤務處、運輸處、工程處、軍械處、軍法處、福利處、服務處、軍眷管理處、臺北勤務處、作戰計劃委員會、法規委員會、經濟委員會、服務委員會、福利委員會。政治作戰部下設政一處（人事）、政二處（宣教）、政三處（黨務）、政四處（保防）、政五處（康樂）、政六處、幹部管理處、聯絡室、海光藝工隊。海軍總司令部所指揮的部隊有艦隊司令部（左營）、陸戰隊司令部（左營）、兩棲部隊司令部（左營）、後勤司令部、第一軍區（高雄）、第二軍區（澎湖）、第三軍區（基隆）等。
歷任海軍總司令部總司令
陳 誠：1945年9月—1947年3月
（陳誠係在國民黨政權統治大陸時期任職）
桂永清：1947年3月—1952年4月
馬紀壯：1952年4月—1954年7月
梁序昭：1954年7月—1959年2月
黎玉璽：1959年2月—1965年1月
劉廣凱：1965年2月—1965年8月
馮啟聰：1965年9月—1970年6月
宋長志：1970年6月—1976年7月
鄒 堅：1976年7月—1983年5月
劉和謙：1983年5月—1988年5月
葉昌桐：1988年5月—1992年5月
莊銘耀：1992年5月—1994年4月
顧崇廉：1994年4月—1997年4月
伍世文：1997年4月—1999年1月
李 傑：1999年1月—2002年
苗永慶：2002年
（來源：華夏經緯）
編輯：秋日
