1949年以來，臺灣的軍事戰略進行了三次大的調整，大致經歷了"攻勢作戰"、"攻守一體"和"守勢防衛"三個時期。陳水扁上臺後其戰略思想又作了調整。
"攻勢作戰"時期（1949-1969年）。國民黨當局退踞臺灣初期，為防範中國人民解放軍解放臺灣，積極謀求美國的軍事保護。美國出於圍堵新中國的需要，派兵協防臺灣。1954年，美臺簽訂了軍事同盟條約，即美臺《共同防禦條約》。1955年，美國會又通過了《臺灣決議案》，授權總統在必要時可動用武力保衛臺灣和澎湖。美臺協防的目標達成後，臺灣當局遂在軍事上提出了"確保臺澎金馬，伺機反攻大陸"的戰略方針，並在軍事上積極進行各種準備。多次派遣小股部隊和特務入竄大陸東南沿海，為其"反攻大陸"創造條件。在這一時期，臺灣當局基本奉行"依美求存、伺機反攻"的"攻勢作戰"戰略。這在60年代初期表現得十分明顯。後由於中國人民解放軍採取了有效的防範措施，使得其"反攻複國"的圖謀未能得逞。
"攻守一體"時期（1969-1979年）。1971年臺灣當局的代表被驅逐出聯合國，中國政府恢復了在聯合國的合法地位。1972年美國總統尼克松訪華，中美關係開始解凍。在這種情況下，臺灣當局雖未放棄"反攻大陸"的幻想，但也意識到依賴美軍防衛臺灣和武力"反攻大陸"已不切實際。為適應形勢的變化，謀求長期生存，臺灣軍事戰略出現了兩個明顯的變化：一是戰略思想由"以攻為主"轉向"以防為主"，二是戰略立足點由"依美協防"轉向"獨立防禦"。在此時期，臺灣軍隊雖未徹底放棄"反攻"念頭，但其建軍備戰的重點已經轉到加強防禦作戰準備方面。70年代後期，臺灣軍隊在臺灣海峽地區的軍事活動也發生了相應的變化，逐步停止了對大陸的武裝襲擾和飛機入陸偵察活動。
"守勢防衛"時期（1979年至20世紀末）。1979年1月中美建交，美臺《共同防禦條約》被廢止。與此同時，全國人大常委會發表《告臺灣同胞書》，鄭重宣佈了和平統一的大政方針。隨著這一形勢的變化，臺灣當局雖口頭上仍表示奉行"攻守一體"的軍事戰略，但實際上已被迫實行"守勢防衛"戰略。
1991年5月1日中止"動員戡亂時期"，表示臺灣不再試圖以武力收復大陸。這項舉動的軍事意義並不大，但是確定了臺灣大陸政策的基本轉變，配合和平共存和通過談判達到新的政治目標。臺灣"國防"政策中的戰略構想是從"攻守一體"轉向"守勢防衛"，提出了"防衛固守、有效嚇阻"的軍事戰略，也就是不再對大陸採取挑釁或先發制人的軍事行動。其基本立足點是企圖通過建立一支強大的"嚇阻力量"，懾止兩岸戰爭的爆發，達到"不戰而勝"、維持兩岸分裂局面的目標。這一戰略思想是為李登輝的分裂路線服務的。1999年，臺灣當局又將"防衛固守、有效嚇阻"戰略調整為"有效嚇阻、防衛固守"。
陳水扁上臺後，臺灣的戰略思想又作了新的調整。2000年6月16日陳水扁在主持臺"陸軍官校"校慶典禮上提出了"決戰境外"的作戰指導思想，強調要將"守勢防禦"調整為"攻勢防禦"，"積極籌建源頭打擊力量"，"建構癱瘓敵人發動戰爭的能力"，"優先強化海空軍力"，"發展深入敵境的精確打擊能力"，"將防衛縱深前推至敵人領土上"等等。臺軍方稱，"決戰境外"是指決戰要在"作戰地境之外"，"選擇臺海有利的海空域"，"以空海戰力為優先的三軍聯合作戰"，"積極爭取戰略主動權，避免將戰爭帶入本土，以達成拒敵彼岸、擊敵海上、毀敵水陸、殲敵灘頭"的用兵目標，也就是"積極防禦、守勢決戰"，實現"嚇阻"與"固守"的戰略構想。據此，臺灣當局在2002年7月21日公佈的"國防報告書"中，首次將臺軍長期堅持的軍事戰略由"制空、制海、反登陸"調整為"制空、制海、地面防衛"。
自2003年初開始，臺"國防部"正積極推動"軍事事務革新"，其內容包括：防衛戰略、戰略指導、兵力結構、組織調整，預計至2011年使臺軍全面轉型為"聯合部隊"編組形態，未來的軍事戰略將調整為"資電先導、遏制超限、聯合製空制海、地面防衛"。同時，將陸軍導彈指揮部擴編成"導彈司令部"，採取攻勢作戰，主張"阻敵彼岸、滯敵攻勢"。而且首次提出"防衛國土"的戰略構想。
為了全面落實"制空、制海、地面防衛"的軍事戰略構想，未來三軍的整建目標：陸軍將以指揮管理自動化、作戰主體化、裝備機械化為主要整建目標，籌建以直升機與裝甲車為組合的陸空一體化戰力。海軍以指揮管理自動化、反潛立體化、武器導彈化為整建目標，將籌建新一代作戰艦艇、近海巡防艦、大型導彈快艇，籌建潛艦、潛射武器，充實空中反潛及掃佈雷兵力，加強岸置火力部署。空軍則以指揮管理自動化、防空系統化、打擊精確化為主要整建目標，建立遠距離偵搜能力，爭取地對地導彈早期預警及反制能力，建立防空精準接戰作為，以戰管複式自動化指管系統為中樞，整合偵察機、預警機、電戰機、高性能戰機及地面防空武器系統等兵力；空軍也將建立戰術空軍形態，遂行制空任務，配合友軍實施反封鎖、地面防衛作戰。為控制制空權，臺將重建"擎天計劃"，研製開發戰術彈道導彈。
