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吳長慶帶著軍隊去駐扎海防，袁世凱就成了駐朝鮮的這1500人的首領。袁世凱于是大力施展手段，對內結好于李鴻章，以求達到升遷的目的；對外則唆使朝鮮人分黨，使事大黨和獨立黨兩派劃分界限，互相傾軋。獨立派的首領是金玉均、樸永孝等人，事大派的首領是閔泳翊（ 按：閔氏的侄兒 ）。袁世凱和閔泳翊訂立了很多秘密的交易，閔泳翊便給袁世凱通風報信，凡是韓王的一舉一動，無一遺漏。而朝鮮朝野才智傑出之人，均因受到清政府的壓制而憤恨不已，朝鮮的人民也是備受清兵的淩辱，只有昏聵的韓王，依然猶豫不決。總之，朝鮮除去閔氏家族外，沒有不願意脫離清朝而獨立的。清朝和法國的戰爭爆發後，法國的海軍攻佔了福州、臺灣，清朝的形勢岌岌可危，朝鮮想脫離清朝控制的趨勢也愈加明顯。袁世凱雖然通過施展詭計和陰謀，也只能刺探到韓王的秘密，哪里能阻止朝鮮人民的意願呢？袁世凱眼看事情將要敗露，于是密報李鴻章，現將其稟告的內容附錄于下：
朝鮮君臣為日人播弄，執迷不悟。每向王前煽動，王亦深被其惑，欲離中國而獨立。探其本原，由法人釁起，料中國兵力難分，不惟不能加兵朝鮮，更不能起釁俄人，欲乘此時機，接引強鄰，稱雄自主，不受制中國，亦不俯首他邦。此等意見，舉國之有權勢者，半皆如是，獨閔泳翊等，意見稍歧。似此情形，竊慮三數月後，形跡必彰。朝鮮屏藩中國，實為門戶關鍵，他族逼處，殊堪殷憂。該國王日事嬉遊，不親朝政，復見異思遷，朝令夕改，近來受人愚弄，似已深信不移。如不設法杜其鶩外之心，後患實非淺顯。卑職謬膺重任，日思維係，不避艱險，竭力圖維，初猶譬喻可悟。自中法兵端開後，人心漸歧，舉動漸異，雖百計誘導，似格格難入。卑職日夕焦思，寢興俱廢，大局所關，不敢壅于憲聽。近聞臺、福兩處告警，訛言四起，恐韓人不久必有鬼蜮之謀，益難設想；外署雖與日本不睦，而王之左右鹹用其謀，不知伊于胡底也。
李鴻章得到袁世凱的稟報後，即刻轉告清政府。明治十七年，也就是光緒十年（ 1884 ）的冬天，朝鮮京城開設了郵便局，準備借此機會大擺筵席進行慶祝。獨立派的首領金玉均、樸永孝等，與自己的同黨預定，準備趁機發動起義，並私下告知了日本的竹添公使。這天祝賀宴會剛剛開始，金玉均和樸永孝的黨羽就聚眾起義，殺死了事大派的首領，六大臣也同時被殺，朝鮮的京城一片大亂。韓王害怕起義波及自己，便向我日本國的竹添公使尋求庇護。日本公使應韓王的請求，率領保護使館的兩個中隊入王宮進行守衛。袁世凱聽到這個消息後，馬上率兵襲擊王宮，因為日本公使先到王宮，所以袁世凱給日本公使寫了一封信。大意是說，他是應韓國民眾的請求來保衛王宮的，約日本公使當面商量保護的方略。這封信剛送至王宮，日本公使還沒來得及拆開信，袁世凱的軍隊就已經打響了第一槍。當時朝鮮的士兵守著宮門，日本的軍隊駐扎在王宮的內院，清兵入門時先是擊斃了朝鮮士兵幾十人，然後又與日軍展開了交戰。清軍人數眾多，敵眾我寡，日本公使的處境非常危險。幸運的是朝鮮士兵曾攜帶一具轟雷入宮，日軍知道清兵多是貪財之人，于是把計時器係在轟雷機上。袁軍的士兵果然來搶這個東西，正好觸動了機關，炸傷了多人，炸毀了數間房屋，袁軍這才不敢繼續前進。日本公使因此得以偷偷跑了出去。韓王被袁世凱押至清營，清軍對朝鮮王宮大肆蹂躪，漢城大亂。在朝鮮居住的日本商人遇害者達到40多人。竹添公使逃到仁川，把情況報告給了政府，金玉均和樸永孝等人僅僅被免除一死。甲申之變，金玉均和樸永孝等人不過是為了鏟除昏聵頑固誤國的大臣，讓朝鮮實現獨立自強，一片忠心全是為國家謀生存。但袁世凱擅入王宮，大肆殺戮，難道不是制造了一場巨大的變亂嗎？這就是袁世凱在朝鮮京城處理甲申變亂的大概情況。袁世凱做出如此暴行的原因是大有深意的。當袁世凱把韓王押至軍營的時候，已經給李鴻章發了電報，他的用意實在令人可驚可畏，現將其報告給李鴻章的電文列舉于下：
十八日晚，逆黨金玉均、樸永孝等藉日本兵力戕殺大臣六人，漢城大亂，臣民紛紛來營稟報。據稱日使竹添帶兵入宮，國王吉兇莫測，乞求援救。卑職聞報，即派兵前往，並先致函日使，略雲：應韓臣民之請，派兵保護王宮，勸其將兵隊退出，以靖人心，勿受亂黨之愚，激成大變，候其復答。
自辰至未，該使竟置不理，復飭營弁持名片往詢，日兵竟開槍擊斃我弁兵各一名。我兵甫入宮門，日兵即放排槍迎擊，持戰一時之久。幸我將士奮不顧身，拼命攻擊，傷亡共十四人。日兵不支，由便門逃出，我軍遂入宮搜拿余黨，不料日人狠毒，預伏地雷，兵丁誤觸雷線，炸斃兩人，毀殿屋九間。于宮側廟內尋得韓王，惟乞救護，詢問六大臣何罪被殺，推以不知，皆日使與金、樸諸人所為。王不敢居住宮內，乞為設法安置，遂議到營暫住。卑職一面派員訪拿亂黨，保護宮殿，彈壓地方；一面嚴申軍令，有敢擅動臣民一草一木者殺無赦。黨首金玉均等聞已隨日使逃竄，余黨潛伏，人心惶惶。查此次變亂之原因，係竹添與金、樸等謀使韓王叛我以自立，因此六大臣平素皆恭順于我，遂先殺之以決王意。
竊思數十年來，我國家糜餉勞師保全藩屬，仁至義盡。該國王昏庸暗懦，暮楚朝秦，若不急早圖之後患何堪設想。第思日本既能廢琉球，我又何不可廢朝鮮改為行省，許各國往來通商，各國必不與我為難。所與我爭者日、俄耳。俄不過欲在太平洋得一不凍海口，可虛與餌之。我之海陸軍尚可與日本抗衡，日茍與我起釁，尚左券可操。卑職居此日久，密邇東瀛，彼國雖褊小，上下一心，其圖謀並吞高麗形跡已彰，若復數年羽毛豐滿，則難圖矣。且此次之變，日本擅自帶兵入韓宮，戕殺大臣，其荒謬無禮亦公法所不容。時哉不可失，惟憲臺裁之。
李鴻章收到袁世凱的電報後頗為高興，于是和總理衙門秘密會商。當時清朝發電報周轉過程比較多，電報在周轉過程中內容被透露了出來，被日本在東京的新聞記者用重金購得，並在報紙上給予了揭露。日本于是召開臨時內閣會議研究此事，為可能發生的一切做好了準備。清政府因此派吳大澂和續燕甫二人為欽差查辦大臣，帶著兩艘戰艦駛往朝鮮，想將朝鮮改為行省。不料，日本政府已派井上馨為全權大使，帶兵1000余人直搗朝鮮京城，與朝鮮政府談判，徵收賠款。事情平息之後，吳、續二人才到達朝鮮，見日本已與朝鮮達成了協議，又打探到日本還有幾千名士兵準備渡海到朝鮮，加之看到報紙上報導的都是袁世凱和李鴻章的來往書信，知道改行省的事情已經泄露。清政府于是秘密授意吳、續二人，讓他們表面上假裝查辦變亂發生的原因，以此來結束這場戰局。日本政府認為清政府改行省的舉動雖然停止了，但是袁世凱長時間駐扎在朝鮮仍是一大隱患，于是，派伊藤博文為全權大使，西鄉從道為副使趕赴清廷，希望清朝和日本兩國都撤出駐軍，並請清朝查辦擅殺日本人民的士兵，以此來維持東亞和平的局面。
明治十八年，也就是光緒十一年（ 1885 ），日本的全權大使與李鴻章、吳大澂在天津會面並進行談判。李鴻章和吳大澂認為日本的竹添公使不應帶兵進入王宮，擅殺朝鮮大臣。日本兩個全權大使說：“袁世凱不應先開槍，不應縱兵濫殺我國的商民。”李鴻章和吳大澂非常袒護袁世凱，日清雙方互相辯論，誰也不屈服，談判即將破裂。等到（ 按：四月 ）十八日，清朝忽然變換了計策，答應日本的要求，雙方締結了撤兵的條約。這就是所謂的《 天津條約 》。條約內注明日清雙方撤出駐朝的軍隊，將來朝鮮若有重大事件，日清兩國或一國若要派兵應先互相照會。條約締結之後，從表面上看，日清兩國關係已經融洽，但實際上並不是這樣。因為清政府原是想用袁世凱的計謀來佔領朝鮮，現在不僅不能遂願，反倒受到了日本的牽制。而對于日本來說，清政府有謀取朝鮮的想法，加重了日本唇亡齒寒的憂慮，所以日本國的君臣上下，自此更加提防清朝。日清兩國在交往上的種種抵觸情緒，再加上朝鮮藩屬的問題未能解決，兩國以後的厭惡感也因此而產生。
總而言之，袁世凱當日的陰謀實在是令人可驚可畏！假使清政府和李鴻章能果斷機敏，出師朝鮮，那麼就會令日軍措手不及。即使日軍當時奮勇作戰，以當時日本海陸軍的力量，鹿死誰手還是個未知數。袁世凱確實是有彪悍的外交手腕！假使當時清政府勝利，日軍失敗，那麼我們日本一定會全力恢復，意圖東山再起，而清政府則會因戰勝而驕傲自滿，兵備日益松弛，清朝之後遭遇的失敗，估計比甲午戰爭更為慘重。假設當時清政府失敗，日本勝利，那麼只不過是將甲午戰爭往前移了十一年而已，酣睡的清朝也可以早一點醒來。
《 天津條約 》簽訂後，日清兩國的兵力在當年的七八月間陸續撤離，袁世凱也隨軍營回到了清朝。袁世凱在收拾行裝準備撤離期間，和朝鮮的事大派，如金允植、金炳始等人都結為莫逆之交。以袁世凱的精明和狡猾，知道清朝當時的大局，若想在國內立功實為困難，所以想立功還是要到國外，所以雖然袁世凱回到了清朝，但是心還是留在了朝鮮。袁世凱回國後，一方面和李鴻章的親信交好，讓他們經常在李鴻章面前提及自己的聰明才智，另一方面將朝鮮的事情向李鴻章陳述，今摘錄其中幾條重要的資料于下：
一、韓王昏聵糊涂，最易受人煽惑，又復見異思遷，我國家不派明正大員駐彼監督，久必為日俄所愚，叛我獨立。
二、韓之臣民多數皆主獨立自主，欲脫我范圍，今駐兵全撤，獨立派之范圍必日見膨脹。
三、我國家現派駐韓之陳樹棠，其名為辦理商務委員，東西各國皆有特派公使。以委員對于代表國家之公使，名分相去甚遠，遇有外交進退皆難，且久為各國公使所鄙。雖上國對于屬邦，不能同于各國簡派駐使，亦當酌派位分稍尊之員，增其權限。且我國家在朝鮮應辦之事，實不止于商務，今僅定名為商務委員，是自縮其權力，可否倣照元朝故事，派大臣監國。
四、大院君智謀才略實勝其子數倍，頗為其國人所尊敬，且深明大義。光緒八年不得已而擄歸，茲宜曉以大義，赦其回歸，使其父子同心協力，于其國計頗有裨益。
李鴻章頗為賞識袁世凱以上意見，加上李鴻章手下的親信又經常說起袁世凱的才略，李鴻章于是將袁世凱的陳述加上自己的意見稟告給了清政府。清政府主政之人沒有加以辨別，遂囑咐李鴻章自行解決。李鴻章認為清政府既然不反對，于是就將袁兩次在朝鮮的功績、袁世凱的條陳以及大院君赦免回國對清朝有益等想法都上報了朝廷。朝廷賞賜袁世凱以知府用並加三品銜，所有關于赦免放回李腂應的一切事宜，讓李鴻章與總理衙門妥善商議。李鴻章得到清廷的旨意後，與總理衙門會商，決定派遣袁世凱為護送員，赦免大院君回國並向袁世凱密授機宜。袁世凱告訴大院君：“你今天之所以能回國，都是因為我在李中堂面前力保，你可千萬不要辜負了中堂的恩惠和我的心意啊。”袁世凱還要求大院君發誓，回國後，應讓韓王永遠臣服清朝，並給朝鮮施加了種種約束條件。
