光緒帝得到康有為之後，就對他言聽計從，變法圖強，凡是有益于新政和讚成變法的人，光緒帝都越級對其進行了提拔（ 此後因這件事而殃及其身的人，有劉光第、康光仁等六人，只有袁世凱幸免 ）。當時，袁世凱是候補侍郎，並有專折奏事的權利，原旨如下：

　　上諭，現在練兵緊要，直隸按察使袁世凱，忠勇勤奮，校練認真，著開缺以侍郎候補，責成專辦練兵事務，所有應辦事宜，著隨時具奏。當此時局艱難，修明武備，實為第一要務。袁世凱惟當勉益加勉，切實講求訓練，俾成勁旅，用副朝廷整飭戎行之至意。欽此。

　　戊戌政變的主要人物是康有為，但他覺得那些一直附和他的人都得到了顯赫的官位和爵位，而自己僅僅是個軍機章京，康有為因此悶悶不樂。加上尚書許應轐、禦史文悌先後多次上書參劾康有為，康有為自知在朝廷被大家所不容，此時他在朝廷中的境況就好比“未必漢庭容賈誼，恐妨江夏殺禰衡”這句話所寫的一樣。此時康有為知道，如果只是這些大臣的力量並不足以破壞他的計謀，群臣的言論也不可能撼動光緒帝的思想，能挾制光緒帝的只有西太後一個人，所以他很擔心群臣會用蠱惑光緒帝的方法去蠱惑西太後，那樣，自己改革圖強的大事就完了。所以康有為想成就偉大的事業就必須鼓動光緒帝大義滅親，想成就偉大的事業就不得不依靠兵力，只有這樣才能成功，而統兵的將帥中只有袁世凱不是個普通人。康有為于是就有了拉攏袁世凱的想法。當時有三種說法，現分作甲乙丙三種說法于下：

　　（ 甲 ）說康有為自以變政為主動者，他人隨而附和之，均得顯榮爵位，實有不甘，以光緒帝幼弱可欺，窺竊神器，其思想為人所不及料。一面憑空結撰，密告光緒帝，謂由西太後內監處探來消息，後將害帝，另立某貝子為帝。一面假傳光緒帝密諭，召袁世凱，命其帶兵三千入都圍頤和園，殺西太後。袁問有皇帝詔書否？康答面奉口詔。袁曰我須面君，康阻之。袁知康偽傳聖意，陽許從容計議，陰急報知榮祿，遂破其謀。

　　（ 乙 ）說光緒帝密詔康有為入內，泣告以太後不久將行廢立，命康設法救護。康有為叩頭流血，對以臣當犧牲此身，保皇上萬全。帝又諭康宜自保，勿久居危地。于是康與帝密謀，藉往上海辦報為名，脫離虎口。帝遂授康以親筆詔書，其大意命其聯合疆臣及統兵大將，起義勤王。康得天子手詔，遂與袁世凱圖謀。袁主緩圖，約俟秋操兩宮巡幸天津，乘機舉事。康主急行，欲袁世凱即日帶兵起事。兩人雖同謀而意見各歧，袁為個人祿位計，恐康事敗累己，陰洩其謀，康事遂敗。

　　（ 丙 ）說謂康有為早蓄陰謀，嗾光緒帝下詔，于是年秋侍西太後至天津等處舉行大搜之典，乘機起事。兼以康所設之保皇會旨趣，有保光緒不保大清之語，為頑固黨與裁黜之官員藉口，密陳于太後，請復垂簾訓政。太後許之。李蓮英密告袁世凱。袁以曾入康黨，往來函牘甚多，恐為所累，遂往謁榮祿。密陳與康曾通往來，近見其種種妄謬，其人心地叵測，恐有不軌之謀。榮亦聞有種種傳說，深以為慮，袁言正觸其縈緒。榮遂囑袁入都，密偵康有為之舉動。康之為人，本無一定宗旨，時又鬱鬱不自得。袁以利害探之。康不知袁之來意，遂信口而談。謂皇上曾諭我與君密謀弒太後，去維新之阻力，事成，予不次之超遷。我因向未與君晤面，未敢造次相謀。今君果具此熱心，願先報知皇上。袁曰：“須得皇帝手詔，方為名正言順。”康曰：“事宜縝密，當囑弟廣仁見皇上圖之。”（ 時康廣仁在上書房教光緒帝英文 ）遷延三日，袁以不能久留北京，向康追問消息。康以既已許袁乞皇上手詔，無手詔似不能取信于袁，度謀諸皇上，勢不能得，只有偽造皇上手書付袁。袁得書，不赴寓所，直至火車站，搭車奔天津，密報榮祿，並呈偽手詔。康有為予袁手詔後，見袁行色匆匆，知事不妥，旋往訪袁，已無蹤跡，遂追至天津，遇袁途次。康呼之，袁乘肩輿，佯為未聞。康知袁必有詭秘之謀，即乘汽車至塘沽，搭汽船往上海。故康有為之行，康廣仁亦不知其去向。榮祿得袁之密報，遂持偽手詔直赴頤和園，見西太後。後得榮之密告並詔書，即起駕，直造光緒帝之寢宮。帝已臥，後就床前責之，曰：“爾與康有為幹得好事。我自熱河遭肅順等之叛，以迄于今，不知幾何艱難險阻，迨又撫養爾成人。方謂可以自立，撤簾歸政，我有何罪，爾與康有為謀殺我？”帝聞是語，如平空之降霹靂，碰頭泣對：“實不知情。”後遂擲手詔于帝前曰：“爾可自看。”帝百口莫辯，于是遂下詔拿康有為。而康已抵太平洋海中，惟獲康廣仁及劉光第等六人，刑于市。

　　以上三種說法，甲說見于《 民報 》，是廣東某個詆毀康有為的人的著作。康有為黨派的機關報對于這一說法不置可否，似乎默認了這種說法。乙說見于《 戊戌政變記 》，丙說見于當時香港和上海的報紙。雖然三種說法各有異同，但是這三種說法對于康有為的行動被袁世凱破壞這一觀點，是相同的。按照甲說，袁世凱是有功于皇室的；按照乙說，袁世凱是光緒帝和康有為的公敵；按照丙說，袁世凱的權詐之術加速了康有為的失敗。我對于以上三說都有些懷疑，但是在此不做具體解釋，到後面再做詳細論述。

　　戊戌政變發生在八月，康有為逃往外國，清廷只能株連了康有為的黨徒。西太後又垂簾聽政，召榮祿入政府，命令袁世凱暫時護理（ 清朝官制，官吏出缺，由次級官守護印信並處理事務 ）直隸總督兼北洋大臣的職務。