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感謝北京榮將軍
袁世凱這個剛剛得到晉升的候補侍郎，資歷還非常淺，現在搖身一變，反而成了肩負保衛皇帝重任的總督。一時間流言四起，說袁世凱和康有為是同謀，而且當時查抄康有為的南海會館時，查獲了很多袁世凱和康有為的密信。康有為的黨徒多被株連，唯獨袁世凱沒有被朝廷處罰，大家都說這是因為袁世凱握有兵權，不敢治他的罪是以防他暴亂。所以讓他護理總督是為了羈絆他，待以後慢慢撤銷他的兵權，遣散他的軍隊，再治其罪。袁世凱好像沒有聽到這些流言一樣，但是這些流言傳到軍隊中，士兵聽到軍隊將要被解散，一時間人心惶惶。袁世凱令執法營務處下令懸賞，凡是捉拿到散布謠言惑亂軍心的，賞五百兩；知情不報的，與散布流言者同罪，並馬上將這些流言稟告給了榮祿。榮祿認為朝廷風波未平，此時應該安定軍心，並將此事奏報給了西太後，西太後說：“皇上之前重用叛黨康有為的計謀，曾下詔親臨天津檢閱軍隊，現在應收回成命，該軍為此操演得非常辛勞，就賞他們一些銀兩，安定一下軍心吧。”清廷于是下詔：
前經降旨，擇于九月初五日，朕恭奉……皇太後慈輿，啟鑾先赴南苑，再往天津，以次閱操。第本年節令較早，現在天氣漸寒，朕侍奉慈躬，允宜璇宮頤養，以衛興居。所有巡幸天津之處，著即停止。惟念國家講求武備，本期親臨校閱，鼓舞戎行。近畿各軍，業已次第預備，該官兵等平日操演，不憚勤勞，朕心良深軫念。……侍郎袁世凱所部新建陸軍，著賞銀四千兩……以示體恤。該侍郎等仍當督率將士，隨時認真訓練，總期紀律嚴明，緩急足恃。毋負朝廷整軍經武之至意。欽此。
袁世凱接到聖旨後，馬上寫了感謝皇恩的折子，將軍餉發給了將士，以安軍心。其感謝皇恩的奏折是這樣寫的：
竊臣于光緒二十四年八月十四日，欽奉上諭雲雲……跪聆之下，欽感莫名，當即恭設香案，率領將士望闕叩頭謝恩。伏念臣猥以樗材，忝司蘭�椬A枕戈矢志，愧無尺寸之微勞，負弩前驅，恭待鑾輿之巡閱。茲復欽承玉詔，崇獲璇闈，聿隆孝養之心，暫緩大搜之典。九重端拱，彌殷瞻天仰聖之思；萬眾銘恩，遠過挾擴投膠之樂。皇仁共沐，列校騰歡。臣惟有益勵戎行，精求武備，督率將士，隨時認真訓練，務期兵皆可用，餉不虛糜，以仰答高厚鴻慈于萬一。
袁世凱護理總督的時間雖然不長，但是凡事都極為認真，每件事情都做了長久的打算，當時福靖兵輪在海洋中遭遇到風暴，袁世凱就為那些遇難的船員申請了撫恤，遇難船員的家屬都十分稱讚袁世凱的恩德。雖然北京人心惶惶，但是天津倒還平靜，等到裕祿到任後，袁世凱仍舊回到小站去訓練新兵。其實此時的袁世凱，也處于一個非常危險的境地，現將其交接職務時候的奏折部分摘錄于下：
……竊查新任督臣裕祿，于八月二十日行抵天津，接印任事。臣即于是日交卸。伏查臣所部新建陸軍，現駐小站一帶，拱衛畿疆，是臣專責，巡緝操防，在在均關重要。臣擬即馳回防所，督飭將領，暨臣營武備各員司教習，認真訓練課導，精益求精，以期儲備將材，悉成勁旅。搜卒補乘，敢忘綢繆未雨之謀；秣馬厲兵，冀收袍澤同仇之效。
當時清朝人談論到袁世凱時，還是認為他和康有為是同謀，朝廷雖然暫時不追究，但最終還是要處置他。這年十月，袁世凱忽然接到聖旨要他入京拜見皇帝。當袁世凱到京城的時候，人們都認為袁世凱恐怕不能生還了，袁世凱的手下及軍隊中的士兵也都惶恐不安。袁世凱在十月二十三日抵達京都，二十四日被召見，二十五日接到禦旨：
候補侍郎袁世凱，著在西苑門內騎馬，並乘坐船只拖床。欽此。
袁世凱被召見後仍然安全地回到了營中，議論的人們就說這肯定是榮祿力保袁世凱，否則袁世凱是逃不掉這次災禍的。
光緒二十五年（ 1899 ）春，榮祿上書說：“新建的陸軍經袁世凱的訓練已達三年，成效卓著，請予以獎勵。”朝廷下發了獎勵的聖旨：
榮祿奏新建陸軍訓練三年，著有成效，請將出力員弁擇優保獎一折。新建陸軍經候補侍郎袁世凱悉心擘畫，按照泰西操法，訓練精勤，現在已歷三年，確有成效。該侍郎勤明果毅，辦事認真，深堪嘉尚。袁世凱著交部從優議敘，所有該軍得力員弁，著榮祿傳知該侍郎，準其擇優酌保。
袁世凱因考核成績優異，交吏部核議，奏請給予獎勵後，朝廷在五月初九下旨：
工部右侍郎兼管錢法堂事務，著袁世凱補授。欽此。
當時光緒帝憂勞成疾，不親理朝政，所以，袁世凱的升遷都是西太後的旨意（ 這時，康有為在新加坡帶頭宣揚西太後將光緒帝囚禁在瀛臺，並且給他玻璃粉，等等 ）。袁世凱被補授工部右侍郎後就上奏折感謝皇恩：
奏為叩謝天恩，恭折仰祈慈鑒事。竊臣伏讀邸鈔……自天聞命，伏地增慚，當即恭設香案，望闕叩頭謝恩訖。伏念臣一介庸愚，毫無知識，昔奉使于海外，叨拜監司；繼典兵于畿南，謬陳臬事。愧乏涓埃之報，疊邀高厚之恩，超遷遠過乎尋常，班列遽躋諸卿貳，實形塵忝，時切冰兢。茲復渥荷溫綸，真除水部。職考工而六官幸附，稽圜法而九府兼司。自顧輇材，膺斯寵遇。鵜濡益憂其不稱，鰲戴彌覺其難勝。惟有趨叩宮門，跪聆慈訓，瞻天仰聖，稍紓依戀于九重，竭力殫心，冀答生成于萬一。所有微臣感激下忱，謹繕折具奏，叩謝天恩，伏乞皇太後聖鑒。
當時人們見到袁世凱上奏的謝恩奏折後都認為他目無皇上，但卻不知袁世凱另有還寫了一封感謝光緒帝的奏折，現將它也摘錄于下：
奏為叩謝天恩，恭折仰祈聖鑒事。……伏念臣中州下士，材識凡庸。浙水分巡，愧無墜露輕塵之報；畿疆陳臬，常蒢素餐赤芾之譏。未建寸功，謬膺內轉，一心兢業，五夜慚惶。茲復欽奉溫綸，祗承特簡。率百工而興作，忝職司空；合六府以交修，兼綜圜法。凡此寵榮之疊被，懼怍搗昧所能勝。臣惟有趨詣闕廷，叩求訓誨，仰聆天語，冀稍寬隕越之愆，俯勵冰心，當奮黽從公之志。所有微臣感激下忱，謹繕折具陳，叩謝天恩。伏乞皇上聖鑒。
西太後這次垂簾聽政，內事依靠李蓮英，外事依靠榮祿，而李蓮英、榮祿都和袁世凱有著密切的關係，所以袁世凱日益受到西太後的賞識，他的權力也日益膨脹。這年冬天，山東義和拳暴亂，山東巡撫毓賢被禦史彈劾，榮祿就說袁世凱辦事符合機宜，可以被大用，保薦他出任山東巡撫。聖旨如下：
毓賢著來京陛見，山東巡撫著袁世凱署理，即行來京請訓。欽此。
袁世凱從戊戌年的秋天至今，只不過剛滿一年，他就從臬司一直升到山東巡撫，可以說是升遷飛速，但是在袁世凱自己看來還不是很滿意。袁世凱認為自己操練新兵，煞費苦心，一旦將新兵移交給他人，勢必會發生變化，那麼自己多年的經營也就會化為烏有。西太後和榮祿也考慮到這一點，所以下令袁世凱來北京訓練軍隊。當時新建的陸軍並沒有派人訓練，所以就想和袁世凱當面商議人選。袁世凱被召見時，西太後問，新建陸軍歸誰統帥好呢？袁世凱將自己多年來如何操練將士、如何挑選武器裝備詳細說明了一番，還說：“這些都是清朝從來沒有過的事情，微臣訓練的新軍雖不敢稱為勁旅，但是所有的軍隊都可以和東西方各國相比。近來常有外國的軍官到微臣的軍隊中去看操練，他們也都嘖嘖稱讚。清朝舊日的統兵大員，都不認同微臣的訓練方法，關于統帥陸軍的人選，我實在不敢輕易擬定。微臣的部下中雖然有一兩個精通訓練士兵的人，但都還資歷淺薄，現在還難擔當重任。如果沒有找到合適的將領，即使是有用的士兵，也是不管用的。微臣的多年心血固然無足輕重，但國家數百萬的金錢，也更應該加以珍惜。”袁世凱回奏完西太後，就前去拜見榮祿。對榮祿說：“山東的土匪猖獗，又加上義和拳迷惑民眾，山東的形勢實在令人擔憂呀。山東的軍事防禦不堪一擊，都是些老弱病殘，如果朝廷能允許我將新建的陸軍帶往山東，既可以剿滅土匪，又可以隨時訓練，著實是一舉兩得的好辦法。否則我實在不忍舍去這多年訓練的軍隊，坐等著看它逐漸廢弛。我仍願操練士兵，這麼多年來我訓練新兵有一些感悟，我想這些對于新軍的壯大是非常有好處的，如果中堂大人能看到我寫的這部兵書，就能知道我所說的這些具體情況了。”榮祿就將這些轉奏給了西太後，西太後下旨允許袁世凱帶著軍隊前往山東赴任，以方便軍隊訓練。袁世凱既背負著開疆守土的重大責任，又控制了兵符，這是一身兼任兩職。
