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袁世凱在專制體制之下能夠得到皇上如此的恩寵，可以說是非常罕見的。一個執筆事君的大臣能夠得到這麼多的權利，就如在山陰道上走路，應接不暇。而袁世凱所擔任的職務之多，是可以想象的。試列舉袁世凱的責任如下：
——直隸總督兼北洋大臣
——兼管長蘆鹽政
——督辦關內外鐵路
——參預政務大臣
——督辦商務大臣並會議各國商約
——督辦蘆漢鐵路公司事宜
——督練八旗新兵
——督修正陽門工程
——督辦電政大臣
——會訂商律大臣
——會辦練兵大臣
以上十一種沒有一個不是責任重大的差事，鐵路、商務、練兵、電政都需要各自的專業知識，參政務、訂商律不僅需要專門的知識，還需要非常清楚中外的基本情況和社會習慣。以上種種事務，如果一個人能夠全部勝任，不但袁世凱沒有這樣的才識和膽略，古今中外也沒有這樣的人。
袁世凱自從受到多重恩惠，被頻頻委以各種職務之後，就知道自己沒有能力做到全部兼顧，于是上疏請求辭去所兼的職務。疏呈上之後，聖諭說：
袁世凱奏，差務太繁，請酌開去各項兼差一折，前因庶務殷繁，以該督向來辦事認真，特加倚任。先後派充商務、鐵路、電政大臣，並會訂商約、商律各事宜，及督修正陽門工程。茲據奏稱，兼差太繁，力難兼顧，自屬實情，除商約尚須續議，鐵路時有交涉事件，均關重要，著毋庸開去。電政甫歸官辦，一切正資整頓，仍著該督督辦。至商務、商律，現已設立商部，即著責成該部詳議妥定。正陽門工程，著陳璧就近督修，俾該督于應辦各事，專心經理，以示體恤。將此傳諭知之。欽此。
袁世凱在接到聖諭之後，又上疏請辭：
竊臣雲雲……仰蒙宸訓周詳，嘉矜備至，跪聆之下，感悚萬分。查商約、鐵路、電政三項差使，既未蒙允開去，臣不敢以此煩瀆宸聰，但臣近日體察情形，會辦練兵一差，事宜繁重，更有非臣所能兼顧者，反復審計，深虞隕越，不得不瀝陳于聖明之前。
伏維臣才庸識暗，資淺望輕，粗讀父書，未諳韜略，渥蒙殊遇，謬領兼圻，顧分循渥，已難勝任。徒以遭時多故，受恩至深，明知弗克負荷，不敢意存規避，特過多功少，夙夜慚惶。乃者朝廷念時局之艱危，圖自強之至計，特于京師設立練兵處，隨時考查督練，以期各直省軍制操法，悉歸一律。仰見皇太後、皇上懲毖多難，銳意振興，國勢安危，在此一舉。薄海欽仰，罔不振奮。而臣猥以駑下，奉命授為會辦大臣，罔不殫竭血誠，勉思報稱于萬一。第思責任重大，才力實有所不勝，頭緒紛繁，智慮不能遍及，事屬創舉，為向來所未有，則物情易駭，勢處兩難，欲認真整頓，則窒礙多端。疆臣本為統轄營伍之人，而練兵處實有糾查軍政之責，以統轄與糾查而並諸一身，則又未免易啟嫌疑。縱使悉泯偏私，一秉大公而任怨任勞，亦豈能盡如人意。毀譽之來，固不必計，措理之難，詎弗自知。況臣以北洋衝要，常居天津，既不能分身駐京，又不能專心經理。而茲事體大不容漠視，使因循以貽誤，臣何以對朝廷；使粉飾以塞責，臣何以對清夜？臣非不知現在時勢，為危急存亡之秋，整頓練兵，為固圉保邦之計，及今為之已嫌補牢之晚，受恩如臣，曷容卸責而不為。特無如稱職甚難，求效匪易，糜軀原不足惜，復何以自安？即謂聖明在上，格外優容，而捫心內省，詎敢欺飾。臣並非矜辭讓之小節，博謙退之美名，實因力薄材輕，責艱任巨，恐絲深毫無補，轉令叢脞滋多，與其僨誤于將來，曷若陳明于此日。合無吁懇天恩俞允，將臣會辦練兵大臣一差開去，俾臣之事權稍輕，免臣之愆尤日集。是朝廷之保全臣者愈大，而臣之勉報朝廷者亦愈不敢寬，感戴慈施，永永無極。
疏呈上之後，聖諭說：
袁世凱奏請開去會辦練兵差使一折，現在時事艱難，練兵為當務之急。前有旨派慶親王奕劻總理練兵事宜，以袁世凱近在北洋，派令會辦。原以該督于兵事夙所講求，特加委任，惟當任怨任勞，挽回積習，認真整頓，毋稍推諉。所有練兵一切事宜，著隨時會商慶親王妥籌辦理，以副朝廷整飭戎行之至意。所請開去會辦練兵差使之處，著毋庸議。欽此。
清政府把種種權利都給了袁世凱，不過是讓袁世凱從總體上進行掌控，如果讓袁世凱事事都認真對待就太難了。這里將袁世凱在此時所執行的政策，簡略地舉幾個例子：
袁世凱所兼的差事雖然很多，但終究直隸總督是他的專職，而袁世凱所做的事情也是以地方事務為主。從袁世凱所提出的政策來看，首推裁減書吏和差役，規定工資最為重要。當時清朝的書吏和差役，一個縣有數百人到千余人，甚至兩千人之多，他們還有一個名字叫“白役”。稱他們為“白役”，是因為他們沒有工資。這就導致了書吏靠舞弄文字和法律來維持生計，差役靠敲詐勒索來謀生，這樣的積習由來已久，弄得民不聊生。袁世凱敏銳地發現了這個弊端，首先在天津縣實行了徵收訴訟費的做法，並給書吏和差役規定了工資。當時清朝的文化非常薄弱，社會上不知道司法、立法、行政是何物。當初張之洞也知道有此弊端，曾上疏給政府，準備裁減書吏，雇傭讀書安分的人來從事書寫、抄寫的工作，雇傭士兵來擔任差役。最終因為籌不到錢，也就成了空談。而袁世凱竟能敢作敢為，公開徵收訴訟費，並把收到的錢用來給書吏和差役發工資。他的這個做法隱含了文明社會裁判所的意味。這個制度實行伊始，流言四起。人們說以前官吏索賄，還知道避諱，今天當堂要錢，成何體統？社會各界都紛紛議論，隨即有禦史上折子彈劾袁世凱。當時清政府對袁世凱非常信任，區區彈劾不可能參倒袁世凱，這些彈劾袁世凱的奏章都被皇上扣下了。袁世凱既然下定決心實行，就沒有過多地考慮其他，但是他特別安排人對實行情況進行暗訪，敢有重蹈覆轍的人，一定嚴厲從重處罰。時間久了，老百姓不再受書吏和差役的騷擾，民間也就變得安靜，人們對這一政策的態度又變成了異口同聲的稱讚。等到辦出了成效，袁世凱又上疏向皇上稟明，並請求把這一做法在政務處備案。疏雲：
奏為天津縣額定書役人等名數，並酌收民間訟費，以濟工食。……臣查書役人等，害民蠹政，積弊最深，而州縣事繁，不能不需人差遣。大縣人少且不敷用，例定役食為數極薄，勢難責其枵腹從公。今若概令收取訟費，以資養贍，又慮繁苛滋擾，熟籌審顧，行之甚難。惟天津承大亂之後，百度經營有同草創，如趁交還地面之始，革去宿弊，書役人等力加裁並，其萬不可減者逐細挑選，酌定各數，其應役食外量給工食，舉各項陋規差費，一律禁革，不準需索分文，違者處以極刑，嚴飭遵辦。茲據署天津縣章燾稟稱：縣署家丁、書吏、差役之眾，甲于通省，歷任以來所用不下三千余人。該令奉飭認真整頓，首先裁用門丁，其司事家人照舊額減半，僅用五十余名。書吏則詳加考驗，分別去留，共用百名。差役之積習過深者，悉數選募，壯勇六十名，迸役四十名，此外不許另用散役一人。勇役均改穿號衣，懸挂腰牌，俾民間易于識別，應需用工食銀兩，酌收訟費，按月開支。訟費畫分三等，上戶限交制錢十吊，中戶八吊，下戶六吊，令理曲者當堂交納，貧戶酌量免繳，和息案交錢十六吊。遇有控追欠債，統按追出之數酌提一成，作為公費，並將限定數目，懸示曉諭，俾眾周知，以免額外需索。民間樂于去弊，且有定額，莫不甘心輸納，交口稱便。自上年八月試辦起，以迄今日，官無廢事，役無貪索，民無擾累，業已著有成效。……
清朝官場的陋習是，小官明著給大官送禮。此外，還有另外一種賄賂叫做陋規。就是每逢端午節、中秋節、年節及孔子誕辰、老師的生日之時，根據自己所擔任職務的富庶程度，給大官送禮，大家相互學習，形成了風氣，並成為了一種制度。袁世凱認為這種風氣不除，吏治就不能有起色，但事實上道臺知府等官員的俸祿非常少，很難供給生活所需，全仰仗著州縣的這種陋規來掙錢。袁世凱于是給官員們增加俸祿，將陋規廢除。章程討論確定之後，袁世凱又上疏將此事報告皇上。疏雲：
奏為整頓吏治，現將道府廳州所有各項陋規，一律酌改公費，以端仕習而維政體，恭折仰祈聖鑒事。竊維國家設官，大小相維，非第以辨等威，亦所有以示防檢，故民受制于官，而官之小者，又遞受制于長官。長官不能正已以率屬，斯下僚益務媚上而剝民，求其弊絕風清，必不可得。傳曰：官之失德，寵賂章也。近世仕習日壞，吏治日偷，其賄賂潛通者，或當懾于公益怵于人言，而不能公然婪索，其有明目張膽昌言不諱，與之而儼為成例，取之而不覺其非者，則莫如收受陋規一事。
查直隸道府，並四路廳六直隸州，均有表率僚吏，考核屬員之責，然惟直隸州尚有糧賦平余，其道府廳除廉俸外別無進款，祿入既甚微薄，而辦公用度，又甚浩繁，乃不得不取給于屬吏。于是訂為規則，到任有費，節壽有費，查災查保甲有費，甚或車馬薪水，莫不有費。此等風氣大抵各省皆然。非僅直隸有之，雖相沿已久，不同暮夜苞苴，但平時既受陋規，即遇事不無瞻顧。設一旦見有不肖之屬吏，為上司者欲破除情面，據實糾參，或往往為其下所挾持，不克徑行其志。吏治之弊，所由來也。當此修明內政之時，必以整頓官方為當務之急。然平情而論，又必須先有養人之廉，而後可以止人之貪。使舉所有陋規，掃蕩而廓清之，而不籌給辦公之費，則一切應用之款均無所出，勢難責其治理地方。現以國帑空虛，誠不能另增公費，莫如姑就舊有之陋規，作化私為公之一法。
臣通飭道府廳州各將每年應得屬員規費，據實開報，和盤托出，即按其向來所得之多寡明定等差，酌給公費。擬定大順廣道月支銀一千兩，清河道月支銀九百兩，通永道月支銀七百兩，天津道月支銀六百兩，口北道月支銀五百兩，霸昌道月支銀三百五十兩。保定、永平、河間各府，均月支銀六百兩，天津、正定、順德、大名、廣平、宣化各府，均月支銀五百兩。東路廳月支銀二百五十兩，南路廳月支銀一百三十兩，北路廳月支銀一百一十兩，西路廳月支銀一百兩。趙州、冀州、深州均月支銀一百兩，遵化州、易州、定州均月支銀五十兩。其各州縣仍將向來應出節壽等項，一律徑解司庫，不加耗費，另款存儲。道府廳州應支公費，按月赴司庫請領，不準折扣，閏月不計。司庫統計出入，如有不敷，另籌彌補。自此定章以後，道府廳州不準與所屬州縣有分毫私相授受之事，倘敢巧立名目，藉端斂派，及不肖州縣設計饋獻，嘗試逢迎，均準隨時據實稟揭，查實後按臟私例嚴參治罪。其別經發覺者，與受同科。如此一轉移間，化曖昧為光明，廉吏既不病難為，墨吏更無所藉手。長官不必有額外之需索，自可潔己以正人；下僚不敢作非分之鑽營，相與奉公而勤職。庶幾大法小廉，而吏治可期蒸蒸日上。臣為端仕習而維政體起見，除咨順天府府尹外，理合恭折具陳。
清朝綠營中的防勇（ 維護地方治安的兵卒 ），一向都是有名無實，由于軍餉不足以養活自己，兵丁們很多只有靠包庇賭博和妓院來維持生計，有的甚至暗地里和盜賊相通，坐地分贓。這樣的士兵不但不能保衛地方，反而成了害民的蛀蟲。袁世凱也上疏把防勇撤銷了，把這些軍餉用來充當警察費。
清朝的人迷信佛教，庵觀寺院的財產都非常多，都被無用的僧人和道士佔據。袁世凱又上疏主張將廟宇改成學堂，用廟產充當學堂經費，並驅逐和尚與尼姑，招募學生，廣泛開展教育，把無用變為有用。
直隸省有些地方自義和拳拳匪動亂以後，人民貧困，土地貧瘠，社會凋敝不堪，此時正是百廢待興之際，所以籌款極為艱難。清朝一向沒有信用，自清政府發行的昭信股票有借無還之後，民間再也不敢放債給國家了。袁世凱認為沒有地方可以籌錢，只能倣照國外公債的形式發行公債。于是袁世凱制訂好了歸還的章程，上疏請求皇上為此特意下詔，取信于民。疏雲：
查外洋各國，遇有軍國要需，率皆臨時募債，不分本國外國，而踴躍輸將，常逾定額。固由國民急公效義使然。而最要關鍵，尤在上下相孚，絕不失信。中國歷來辦理公債，半由官吏不務遠圖，鮮克踐言，以致民聞公債，輒多觀望不前，即或勉集巨資，亦率視為報效，不敢希冀償還。只求取便一時，而于國民維係之機，相去甚遠。利國便民之政，轉為誤國病民之階。臣誠私心痛之。今欲開募債票，宜自公家嚴守信實，俾民間便利通行，方足以挽澆風而示天下。然示信之道，非可空言，又宜預籌的款，備償本息。無論何項，不得挪用，又準其交納本省庫款關稅各項，隨時皆可兌用。信如四時，令如流水，既易籌集，尤便推行。在國家無利源外溢之虞，在商民得子母流通之益，維持民心，恢張國力，皆在此舉。經臣詳酌中外章程，以取信便民為宗旨，就本省籌款，歲可得銀一百二十萬兩，計可貸公債銀四百八十萬兩。第一年按七厘付息，逐年遞加一厘，分六年還清，以所籌之的款，備付本息，有盈無絀。其期限數目章程，暨籌定款項，另繕清單恭呈禦覽。
抑臣更有請者，此事係屬創行，計在久遠，一或蹉跌，繼後為難。中國積習，往往始事者備極艱辛，而當新舊代易之交，輒鮮後先規隨之美。不以率由定章為難，即以推卸責任為事，號令不行，官民不信，斷由于此。此項公債票如蒙諭允試辦，擬請降旨作為永遠定案，並責成臣暨布政使、鹽運使，並繼任之督臣等，倘有違改定章，失信于民者，照誤國病民論，予以應得之罪，庶天下士庶知朝廷于公債一項，實力信行，斷無愆改，方足以俾助國用，收集利權。
疏呈上之後，皇帝聖諭說：
袁世凱奏，擬試辦直隸公債票一折，外洋各國遇有軍國要需，臨時募債，無不聞風踴躍。獨中國辦理公債，輒多觀望不前，良由官吏不能踐言，民信未孚所致。茲據該督奏稱，開募債票，以取信使用為宗旨，洵為扼要。所陳籌有的款，按年付息，分年還本，發給票據，準其交納本省庫款關稅各項，並隨處皆可兌用，擬具章程，尚屬周妥。著即準其試辦，仍責成直隸總督暨藩運兩司，無論現任接任各員，一體認真經理，實力信行。經此次奏準之後，作為永遠定案，斷無改易，倘該官吏違章失信，仍蹈前轍，或啟弊端，定行從嚴治罪，決不姑寬。欽此。
以上幾個例子是袁世凱政策中效果最顯著的，這幾種弊端，確實是清朝的切膚之痛，袁世凱能夠立即進行改正，這也是別人做不到的。
這時的北洋新政已經非常可觀，袁世凱把新政的情況向朝廷做了稟報，兩宮都非常高興，下詔表揚袁世凱事情辦得好，下令各省一律倣照執行。于是各省紛紛派官員來直隸考察、派學生來直隸學習。而北洋新政也被各省嘖嘖稱道。至于清朝警察制度的實行、陸軍的改良、科學的輸入這些都應該立袁世凱為第一等功勞。因為這三方面是袁世凱功業最顯著的地方，以後的章節將進行詳細介紹，這里不再贅述。
北洋政治上的頑固陋習被驅除後，袁世凱考慮應該大興科學，凡具有科學知識的，都應該獎勵，並加以重用。學生都聞風興起。明白時局的人都知道，空洞的文字對社會沒有什麼用，放棄科舉入學堂，並出國留學的人，也越來越發達。而我日本國的教育家也很熱心，認為清朝來的留學生，很多年齡已經很大，如果再循序漸進，就會時不我待了。于是特別設立了法律、政治速成科，選擇科學的精華，教給清朝的學生。袁世凱也極力提倡，之後北京進入士館的人，以及各省的候補道臺、知府，更有清朝的貴族如殿撰夏同龢，尊貴的如蒙古親王，都來我日本國學習，最多的時候有四萬人之多。于是清朝的文化有迅速興起的跡象。
當時留學我日本國的人，多數都鼓吹清朝立憲，袁世凱也讚成這種說法。而孫中山領導的黨派，又鼓吹種族革命，勢頭正勁。清政府為此感到憂慮。袁世凱入京面見兩宮，兩宮向袁世凱詢問抑制革命風潮的辦法。袁世凱向兩宮陳述了各國憲政的好處，說現在這種情況下，不實行憲政是不能免除革命風潮的。因此才有了當時的五大臣考察各國憲政的聖命。等到五位大臣回國，皇族中最開通的鎮國公載澤，上疏稱立憲政體利國利民，只是對官不利。其余四個大臣也都認為應該立憲。然而頑固派拼命反對，兩宮也被眾人的議論迷惑，于是又召袁世凱進京商議。袁世凱力排眾議，主張立憲，說不立憲不能實現國家的強盛。兩宮這才下定決心。
光緒三十二年（ 1906 ）七月十三日，光緒帝頒布預備立憲的詔書。第二天，又命令袁世凱等人開會商定改革官制。詔曰：
昨已有旨宣布立憲之預備，飭令先行厘定官制。事關重要，必當酌古準今，上稽本朝法度之精，旁參列邦規制之善，折衷至當，纖細無遺，庶幾推行盡利。著派載澤、世續、那桐、榮慶、載振、奎俊、鐵良、張百熙、戴鴻慈、葛寶華、徐世昌、陸潤庠、壽耆、袁世凱公同編纂。該大臣等務當共矢公忠，屏除成見，悉心妥訂。並著端方、張之洞、升允、錫良、周馥、岑春嬧選派司道各員來京，隨同參議。並著派慶親王奕劻、孫家鼐、瞿鴻禨總司核定，候旨遵行，以昭鄭重。欽此。
預備立憲的詔書頒布之後，頑固黨人更加信口雌黃。梁鼎芬和其他臺諫（ 官名 ）一道上奏彈劾袁世凱。有人說袁世凱圖謀不軌，有人說袁世凱功高蓋主，有人說袁世凱掌握了天下兵權。相傳，彈劾袁世凱的奏疏多達數十份。兩宮將這些奏疏都扣下，並特意讓慶王去示意袁世凱上疏辭去所兼的差事，以平息這些謠言。袁世凱將官制定下來之後，立即回到天津，上疏辭去了八項兼職。疏呈上後，聖諭雲：
該督辦事均尚妥協，現定改訂官制，各專責成，著照所請，開去各項兼差。欽此。
在這之前，去年的十二月二十三日，袁世凱曾上疏懇請辭去兼職，但是朝廷下詔挽留了他。現抄錄當時的聖旨如下，作為考證。旨雲：
袁世凱奏請開去兼差一折，現在時事艱難，正資整頓。該督公忠夙著，任事實心，仍著統籌兼顧，妥為經理，以副委任，毋庸固辭。欽此。
上面兩個聖旨相距只有數月，一個挽留，一個批準。一個說袁世凱以忠心著稱，辦事實心；一個說袁世凱辦事欠妥當，為什麼前後如此迥異呢？究其原因，雖然有頑固派詆毀的因素，但也是袁世凱咎由自取的。袁世凱這次辭兼職的疏中有發牢騷的話。既然提倡立憲就應該辭去所兼任的其他職務，這是唯一的辦法，但是在辭去兼任的其他職務時，語句中還充滿了牢騷，讓人懷疑他想攬權也無可厚非。並且袁世凱是首先倡導立憲的人，權限不分，怎麼能立憲呢？頑固派所有的借口，都是袁世凱所兼任的職務。袁世凱不學無術，從這里可以看出個大概。有人說這種奏疏都出自他的秘書之手。即使這樣，假使袁世凱身邊有可用之人，也不會落到今天這種地步。
袁世凱本身就具有堅韌的性格，雖然屢經挫折，頻遭誹謗，但他的宗旨始終沒有一點改變，自從辭去所兼任的職務後，就一心一意地經營地方的新政。首先創辦了審判廳，其次創立了自治會，這些都是由天津試辦為起點的。其他所有立憲應提前準備的事宜，都是由袁世凱不辭勞苦，不怕苦難，首先創辦起來的。但他身邊的人都不以為然。審判、自治都屬于地方事務，本應該委派給各地府縣，而淩福彭之流，根本不知道新政為何物，又怎麼能勝任呢。他們只不過是迫于袁世凱的命令，不得不設立一個名目，用來欺騙和遮蔽他人的耳目罷了。因此，袁世凱雖然雷厲風行，但還是躲不過手下的敷衍塞責。等到袁世凱一去位，他所創設的各種新政，就變得敗壞不堪，都是因為他用人不當，導致新政葬送在三五個小人之手。至于袁世凱安置的那些人才，只會花天酒地，受賄徇私，無惡不作，人們都說，今天大不如過去了。袁世凱豈知這些新政創辦之初只是徒有名目，卻缺少新政的精神，從而導致今日的百弊叢生，新政被敗壞的景象，讓人不敢想象。哎，袁世凱有辦事的熱心，但是沒有識人的能力，真為袁世凱感到惋惜，但又不得不說這也是他的過失。
袁世凱自從倡議立憲之後，兩宮對他的恩寵也大不如前。兩宮的心意並非痛恨他倡議立憲，而是由于眾人的煽動和蠱惑。眾人之所以能夠煽動和蠱惑兩宮，又都是基于袁世凱的胞弟袁世彤的胡作非為。要想知道袁世凱兄弟之間產生嫌隙的原因，就必須先說一下袁世彤的軼事。
袁世彤是袁世凱的弟弟，他倆是同母所生。袁世彤為人放蕩不羈，文章秀雅，經常鄙視袁世凱。袁世彤喜歡去妓院，他聽說上海是天下最繁榮的地區，就帶著錢到上海玩耍，他一夜能將上海的幾個妓院跑幾遍。時間久了，錢花完了，袁世彤就被一些無賴小人出賣了。當時上海有一個名妓叫胡寶玉，風姿綽約，為群芳之首，與袁世彤關係最為密切。一天，有位腰纏萬貫的貴公子覓玉尋香，而一些無賴小人借花獻佛，制造了一個風流騙局。他們唆使胡寶玉與貴公子假裝訂立三生之約，趁機問貴公子索要萬金來給胡寶玉贖身。貴公子也如願以償，準備買房金屋藏嬌之時，胡寶玉卻已不知所蹤。貴公子于是跑到英國官署指控袁世彤、胡寶玉以及這幫無賴。貴公子的家丁打探得知胡寶玉逃到了袁世彤的公寓，英國巡捕前往抓捕時，這些無賴逃得無影無蹤，只剩下袁世彤與胡寶玉正共赴溫柔鄉。巡捕也多情，他們將這對正在酣睡的鴛鴦雙雙扛了出去。這件事詳細地登載在當時的《 申報 》上，並注明袁世選（ 袁世彤當時叫袁世選，“袁世彤”是後改的名字 ）是袁世凱的胞弟。當時的上海道臺聶緝渏與袁世凱有故交，于是就命令審判員替袁世彤脫罪，只治胡寶玉的罪。袁世凱聽說後，把這件事告訴了他的母親，並深深地斥責了袁世彤，兄弟二人之間也因此產生嫌隙。等到袁世凱在小站訓練新兵的時候，袁世彤想謀個差事，袁世凱害怕別人議論，不方便在軍隊中為他安排位置。袁世凱的哥哥袁世廉當時在聶士成的全軍營務處，于是袁世凱把袁世彤推薦到了聶士成的部隊，希望袁世廉能夠就近對他進行教導。聶士成明白袁世凱的意思，于是就讓袁世彤與袁世廉一起協助辦理營務。
後來，胡寶玉多方尋求幫助，也獲得釋放，聽說袁世彤在直隸，便尋了過來，並求天津候補知縣龔某代她通報消息，希望能夠和袁世彤重圓舊夢。袁世彤聽到消息後，立即趕了過來，龔某便將胡寶玉交給了他。據龔某給別人講：胡寶玉雖然剛剛經過牢獄之災，但是她並不怨恨袁世彤，兩人見面時只談兩人分開後的情況，感情超過以往。胡寶玉來此的目的，是因為感覺自己年紀已大，厭倦風塵，希望能和袁世彤相伴終生（ 當時有個做中介的人說：袁世彤與胡寶玉兩人交往多年，袁世彤不僅沒有再尋花問柳，而且還花了數千金保護胡寶玉，兩人感情之深，可見一斑 ）。袁世彤既然能與胡寶玉重逢，就不忍與她再分離。此事被袁世凱知道後，他隨即囑咐袁世廉替袁世彤把差事辭了，並以母親的命令把袁世彤叫到小站。袁世彤見到母親之後，把胡寶玉願意與他相伴終生的志向告訴了母親，並誇獎胡寶玉賢淑，求母親命令袁世凱給他數千金，成全他的好事。袁世凱聽說胡寶玉有夏姬之妖，且比袁世彤年長，堅決不同意，這也是出于對他弟弟的擔憂。袁世彤沒有達成他的心願，覺得無顏再見胡寶玉，于是寫信和胡寶玉告別，自己跑回了老家。胡寶玉收到袁世彤的信後，眷念故人，抑鬱成疾，不久就離開了人世。袁世彤聽到噩耗後，寫了一賦悼玉詩百韻來寄托自己的哀思。我當時曾聽人傳誦這些詩，可惜沒有留下稿子。
胡寶玉的死成了袁世彤的終生遺恨，他心中對袁世凱恨得咬牙切齒，決定終老林泉。等到袁世凱成為封疆大吏，袁世彤也沒有出來做事。當袁世凱任山東巡撫時，正值義和拳開始動亂，京津一帶謠傳袁世凱要把山東據為己有。袁世彤于是上書給河南巡撫景星，請他轉告榮祿，說他從來都不知道袁世凱的所作所為，如果袁世凱將來欺君枉法，請不要牽連到他。景星知道他們兄弟之間不和睦，便沒有向榮祿轉達。等到袁世彤聽說官員上奏折彈劾袁世凱時，他又重新上書給朝廷，並寫信給袁世凱，勸袁世凱轉行，這封信刊載在《 大公報 》上。頑固派將此作為口實，寫到了奏章中。清廷認為，袁世凱的胞弟竟然這麼說，也有所觸動，于是撤掉了袁世凱的兼職，但清廷仍存疑慮，又把袁世凱調回北京做了京官。節錄袁世彤給袁世凱的家書，以資考證。書雲：
兄弟不同德，自古有之。吾家數代忠良，數世清德，至兄則大失德矣。二十年來，兄所為之事，均與母命相背，朝中劾兄之折盈尺，皆痛言兄過。兄撫心自問，上何以對國家，下何以對先人？兄能忠君孝親，則為吾兄；不爾，則非吾兄也。弟避兄歸里于茲十載矣，前十年或通信，後十年片紙皆絕。今關乎國家之政，先祖之祀，不能不以大義相責也。兄顯達後，一人烹鼎，數人啜汁，然弟獨處僻壤，始終不敢問津。兄為總督，弟為匹夫，兄固不加愛，弟亦不敢妄邀。挑燈織履，次晨市之，雖然清苦，猶榮于依托老哥為人指責曰：此某弟也，某爪牙也。弟視大義如山岳，富貴如浮雲，惟謹守父母遺訓，甘老林下。辛醜春，弟曾上書于河南巡撫景公，祈轉稟榮相，以朝中無能制兄之人，恐將來尾大莫掉，莫若解其兵柄，調京供職。正所以保存功臣之後也。其言昭昭如在目前，今日之後，但願彼蒼有靈，先祖有功，兄能痛改前非，忠貞報國，則先祖幸甚，闔族幸甚。臨箋揮淚，書不盡言。
清光緒三十三年（ 1907 ）七月二十七日，廷諭：
外務部尚書著袁世凱補授。欽此。
同日又奉諭雲：
大學士張之洞，外務部尚書袁世凱，均著補授軍機大臣。欽此。
