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袁世凱接到詔書後，即刻上疏請辭，並私下里請慶王替他設法說情，但是朝廷卻不允許。袁世凱這次請辭是真心的，為什麼這麼說呢？從表面上看，從總督到軍機處是屬于越級提拔了，且轉瞬之間就可被拜為中堂，位極人臣。但是袁世凱不願意入軍機處的原因有三點：第一，袁世凱自知自己文化有限，軍機處要經常擬旨，所以自己不能勝任；第二，袁世凱自己任北洋大臣一職時離皇帝很近，權力不比軍機處小，而且他經營多年的新政此時已初具端倪，自己不忍放棄；第三，軍機處地位雖然很高，但是俸祿很低，袁世凱任北洋大臣一職時間很久，但是卻沒有什麼財產，反倒有些欠款。因為以上的種種原因，所以袁世凱的請辭就顯得更加迫切。
清廷之所以調袁世凱入軍機處，一方面是因為眾人對袁世凱這個人議論紛紛，朝廷也無法得知他究竟是何居心，只有將他調入軍機處，才能對他形成鉗制之勢。另一方面是因為安徽有徐錫麟的叛亂，雲南有河口之亂，革命的風潮日益猛烈，只有實行立憲才能制止住叛亂的萌發。立憲是袁世凱所倡導的，將他調入軍機處並任一要職，再加上一個老成持重的張之洞來協助他，袁世凱想要專權也不可能的。這就是清廷要調袁世凱入軍機處的主要原因。
袁世凱堅決請辭卻一直沒有得到獲準，慶親王不但不為他挽回，反而極力勸袁世凱同意到軍機處任職，對于袁世凱的種種困難，只有讓袁世凱自己想設法克服了。比如袁世凱說自己知識有限不能勝任，慶親王就說這些事情可以請書記這些人輔助他。關于北洋大臣一職，則力保他的門人楊士驤接替。並約定用長蘆鹽政，以及直督應有的限度，彌補當時袁世凱在任時的虧空（ 有人說這些話是楊士驤捏造的，袁世凱當時不但沒有分文虧空，而是交接給楊士驤時，北洋的實存公款有一千多萬元 ）。但是楊士驤逢人就這麼說。
袁世凱在軍機處擔任了要職，楊士驤雖然做事反復無常，但也不太敢違背原則。只是北洋的一切新政，在光緒三十二三年期間，已經是只有退化而無進步了。楊士驤接手後，又遍置私人，此時北洋內部的腐敗已經到了不可言狀的地步。哎，繼任者不肖，北洋後來的發展確實不是袁世凱最初所能料到的。
袁世凱入了軍機處後，多依賴書記阮忠樞和張一�𡆀滮H為左右手。一般的事就依靠阮忠樞，新政就依靠張一�𧚔C所以若想了解袁世凱在軍機大臣時代的事實，就不能不先說一說阮忠樞和張一�𡆀滮H的大致情況。
袁世凱在小站練兵的時候，阮忠樞就是他的書記。這個人雖然沒有大的才華但是品德還不錯，少年時代就是一個頗為熱心腸的人。自從他為袁世凱介紹給康有為之後，自己就一直感到愧疚。他跟著袁世凱從山東到直隸、再到軍機處，還沒有什麼可被人指責的劣跡。到了後來他鴉片煙癮很大，所以除了給袁世凱寫寫公文之外，也沒有時間涉及其他的事情了。我認為阮忠樞仍不失一個讀書人的本色。
張一�箲o個人無所不為，最初袁世凱並不重用他，他只是督署的一個書寫員。在光緒三十一二年的時候，袁世凱因受到留學日本的學生的鼓吹，就開始有了提倡立憲的思想。張一�𪊽漣怬怚s張一鵬，也曾留學日本。張一鵬當時寫了一份條陳寄給了張一�𧚔A請他哥哥向袁世凱轉述，希望將來可以為自己謀得入仕為官的機會。張一�孨N將這份條陳據為己有，並用康有為、梁啟超的著述思想對條陳進行了潤色，以投袁世凱的喜好。張一�㜃菮R為新學家，當時的同事都很鄙視他。其實張一�𪊽滷瓥秦ㄛO東拼西湊來的，沒有什麼依據。袁世凱被張一�𥋘珒裗F，認為這是張一�𪊽漱葑o體會，所以有關新政的一切材料都由張一�𡆀蚗擠Z。之後，張一鵬也來到北洋，張一�孨N多次向他的弟弟請求幫助，所以這里就不得不略述一下張一鵬的劣跡。
張一鵬的學問優于張一�𧚔A但是張一鵬這個人卻是個實實在在的小人。從外表來看，好像是個端莊謹慎的人，而內心卻極其姦詐狠毒。他有種陰險的絕技，常使人陷于危險之中。有人說他在日本留學期間，印刷偽報紙，捏造罪名，陷害知府李丙吉一事，其手段之離奇，用心之狠毒，根本沒辦法用語言來表達。等到後來，李丙吉通過偵探知道了事情的底細，多次上告都沒有成功，原因就是因為張一�𠾶漭L所有上告的奏折都扣了下來，使得他的奏折根本沒辦法向上轉達。李丙吉無處喊冤，只有忍氣吞聲，只能跑到奉天，投靠了趙爾巽。趙爾巽憐憫他，就幫他在財政局謀了個差事。後來趙爾巽到北京去覲見，慶親王問趙爾巽怎麼不倣照北洋辦理新政，趙爾巽回答說：“我雖然不善于辦理新政，不過幸好東三省還沒有像北洋那麼暗無天日。”趙爾巽當時所指的就是這件事。
張一�𠂆𤥿i一鵬來北洋，本打算是將其引見給袁世凱當幕僚，但是因為擔心張一鵬的劣跡敗露，被袁世凱知道後會對自己不利，所以就中止了這個念頭。張一鵬為人唯利是圖，即使是張一�𠂆顑J他寫的文章，假如不給他相應的報酬，他也不肯做。張一鵬遇事喜歡招搖，兄弟二人朋比為姦，早已聲名狼藉。
張一�㘚o到袁世凱的重用後，就補了個天津同知。張一鵬在法部任主事。兄弟倆約定：張一�𡆀C年給張一鵬一千金的津貼，每當張一�鰟J到新政的問題時，就給張一鵬打電話，請他來天津幫忙。等到袁世凱突然被調入軍機處，楊士驤管理北洋的時候，楊士驤對張一�𧚔B張一鵬兄弟二人的種種劣跡可以說是了如指掌。張一�𪊽器D袁世凱的幕僚容不下自己，再加上同知這個官職極為清苦，沒有什麼油水，而且自己一旦離開袁世凱，也就無法狐假虎威了，于是他請求跟著袁世凱入京。
自袁世凱進入軍機處以來，兩宮對其仍然很眷顧，所以他和以前也沒有什麼大的不同。但頑固黨對袁世凱的誹謗卻更變本加厲，而袁世凱本人對政治的熱心也逐漸地退縮了。加上張一�𠹻ㄝ犮H模棱兩可之說蠱惑他，袁世凱此時的心意就是遇事多退讓，然後自己說服自己，並把他的書房命名為“退思”。袁世凱事事謙讓，見到的人多認為袁世凱的學術有了大進步。我卻不這麼認為，對于一個大臣而言，進思是為了盡忠，退思則是為了補過，這固然是一個賢德的人應該有的想法，但是這怎能是一個支撐清朝危局的大臣應該做的呢？所以此時袁世凱應該已經是在走下坡路了。
袁世凱在軍機處一年多，碌碌無為，只有關于北洋的事情他才十分注意。怎奈楊士驤本就是個風流名士，他平日里必不可少的功課只有一局圍棋、兩枝二簧、三杯燒酒、四圈馬韁。況且楊士驤內寵外寵俱全，日夜勞累，哪有須臾的空閒來料理新政呢？加上楊士驤心里並不認同新政，只是因為顧全自己的官位，不得不在表面上做一些掩飾。有人說袁世凱每聽到天津新政失敗的消息時，就感嘆再三，可惜自己英雄氣短。袁世凱于是開始實行模棱兩可的主義，即：先倡導了立憲的大問題，但之後也只能隨波逐流，虎頭蛇尾了。
袁世凱任軍機大臣的主要事務就是確定立憲實施的年限問題。關于立憲的年限，袁世凱本來主張迅速實行，當年在北洋的時候他就曾和別人說過：“實事求是地講，三年的時間，還有什麼事情預備不好呢！”所以力主三年立憲，是袁世凱早就有的想法。等他進入軍機處後，朝廷命令他解決立憲時間的問題。袁世凱就和張一�剨蚅部A讓張一�丨擠Z，籌劃立憲的預備事項。張一�𠹻S和張一鵬商議。張一鵬當時想迎合某尚書的心意，該尚書說人民程度太低，立憲的時期少于十年是不行的，他斥責袁世凱為急躁冒進，又說欲速則不達。張一鵬順著該尚書的意思說：袁世凱本就不知道立憲為何物，一切都依賴張一�𧚔A張一�𠹻S依賴著他，這件事必定能使袁世凱聽從尚書您的。于是張一鵬就替張一�丨壑F一份稿子。後來諸位大臣商議此事時，袁世凱和該尚書的意見相同，于是就稟告給了皇上，也就有了十年預備立憲的詔書。北京的報紙就對此事發表了評論，評論的主筆者叫汪康年。評論說袁世凱前後判若兩人，並暗中諷刺張一�𥋘M張一鵬兄弟倆人陰險狡詐。張一�𠹻_是唆使袁世凱下令禁止《 京報 》的出版。當時北京知道這件事情的人都說袁世凱是皇上的顧問，張一�𡠺O袁世凱的顧問，張一鵬又是張一�𪊽瘍U問，所以很多人都稱張一鵬是第三級顧問官。立憲這等大事竟敗壞在一兩個小人手里，不得不為袁世凱嘆息。
清光緒三十四年（ 1908 ）正月初一接到廷諭：
袁世凱著加恩賞西苑門內乘坐二人肩輿。欽此。
這年七月，清光緒帝患虧損症，病情日益加劇，到十月時病情變得極為嚴重，西太後也患了痢疾。于是西太後就下詔召集群臣商議繼承人的問題。袁世凱之流一句話都不說，西太後十分著急，再三追問。袁世凱回答說要等慶親王回京，大臣商議後再上奏。西太後十分惱怒，就下令擬旨，命把醇親王的兒子（ 就是宣統皇帝 ）留在宮中。
十月二十二日，光緒帝駕崩。西太後下懿旨，命令宣統皇帝即皇帝位，醇親王為監國攝政王。宣統皇帝是同治帝的繼任者，兼祧光緒帝。當時北京城內謠言四起，宮闈秘史在這里就不詳細敘述了。在光緒帝駕崩兩天後，也就是在十月二十四日西太後晏駕。兩宮先後升天，宣統帝繼位，登基禮在十一月十六日舉行。下詔說：
朕入承大統，登極禮成矣，敬謹恭上皇太後徽號，巨典昭垂，允宜覃搎恩澤，軍機大臣……袁世凱著賞加太子太保銜，賞用紫韁。欽此。
當時清朝朝野上下一致認為西太後升天之後，袁世凱肯定會有災禍降臨。有一天，袁世凱退朝稍晚了些，就有人傳聞袁世凱已經被杖斃，和袁世凱有關係的人都聚集到袁府探問，北洋公所門前車馬絡繹不絕。沒過多久，袁世凱回來了，大家這才各自散去，當時真的是草木皆兵。
十二月十一日，袁世凱果然接到了被免官的詔書，詔書說：
軍機大臣外務部尚書袁世凱，夙承先朝屢加擢用，朕禦極後復予懋賞。正以其才可用，俾效馳驅，不意袁世凱現患足疾，步履維艱，難勝職任。袁世凱著即開缺，回籍養謼，以示體恤。欽此。
第七節 無官一身輕
免官有詔書，當時袁世凱還在朝房（ 古代官吏上朝前休息的房子 ），對此他早有耳聞，但聽到的似乎並不僅僅是免官。內閣值日官捧著詔書告訴袁世凱說：皇上有旨。袁世凱頹然色變。還沒等念詔書，張之洞從朝房內走出來說：“皇上因為你腳有毛病，下令讓你回老家養病了。”袁世凱等內閣值日官讀完詔書後，連呼幾聲：“天恩高厚，天恩高厚。”袁世凱回到寓所後，張一�剨角W借故逃避。袁世凱的仆從見張一�剨k走，也都嚇得惶惶不可終日。有人說袁世凱免官詔書下了之後，袁世凱的寓所內一片風聲鶴唳，處處人心惶惶，不知道是不是要大禍臨頭了。
第二天早上，袁世凱謝恩完畢之後，立即乘快車趕到天津。有一個英國人海魯與袁世凱同車，曾寫過車中紀事。翻譯其中的幾句話如下：
……頭等車內僅三數人，予覓一近暖氣處坐定。旋來一人，衣素服，發毛鬢鬢，隨從甚多，坐處與余相對。見其仆輩置似新聞類一束于其旁，其人遂翻閱，兩點二十五分，車過豐臺，閱有四十分鐘，其人端坐未行動。旋有仆人又置似酒類一樽于幾上，車上之仆均事之甚謹。余察其人舉動，異于常人，以英語詢車中檢票人，知為清國軍機大臣袁世凱。四點三十分，車至老龍頭，袁下汽車，即乘一華麗馬車往西行去雲。
袁世凱到達天津，先去了德國飯店，吃完飯後去了楊士驤的衙門，住在衙署的後花園。袁世凱的家眷也乘當天晚一點的火車趕到天津，住在德國飯店。十三日袁世凱乘坐早上的火車回到北京，他的家眷也乘中午的火車回到北京。聽說袁世凱來天津，一是與楊士驤有秘事要商量，二是支取銀行存款，匯往河南。至于他的家眷來天津，實在是因為害怕才跟來的。袁世凱走了之後，楊士驤告誡他身邊的人，一定不可以把袁世凱住在衙署內的事說出去。豈知他的仆從經常逢人便講此事。
袁世凱回到北京之後，于十四日清晨攜帶全部家眷回到老家。聽說當時他不僅帶的隨從很少，就連送行的人也是寥寥無幾。袁世凱走了之後，北京城內謠言四起，有人說袁世凱將被抄沒家產，有人說袁世凱的災禍還不止這些，有人說袁世凱訓練的新兵將舉行暴動。袁世凱有很多兒子，但很多都是幼小無知，聽到這些謠言一個個都沒有主意，有的甚至逃跑藏了起來，其景象真是讓人感覺可憐。
袁世凱失敗之後，有人問張一�鼧礄优陘偵糬n逃。張一�𥭴﹛G“袁世凱的宅子里當時藏有快槍數百支，假設被查出來，這樣的大禍誰能承擔得起？我每個月的這點薪水，是我用心血和文字換來的，我與他沒有什麼私人感情，我為什麼要和他一起承受災禍呢？”有人問：“你知道袁世凱宅子中藏這麼多武器幹什麼用嗎？”張一�㜃^答：“誰能知道他的心思？”（ 也有人說這些話是聽張一鵬講的 ）人情冷暖，是人世間的常態，但像張一鵬兄弟這樣的，也是人間罕見。
以上所記的是袁世凱免官時候的一些事實，都是根據當時探訪得知的。其余事實，將在後面詳細論述。而清朝最有價值的時報在談論袁世凱之事時，與原來的主旨完全不同。這里選錄時報當時登載的兩則新聞如下，以作參考。
一、攝政王斥袁之意，于初十日前已決。慶邸知不可挽，故自初十日即請假不入內，至昨日始銷假。十一日召見，獨世、張兩軍機。王出所擬罷袁諭旨，令張視之。張大驚，為袁緩頰。王曰：“爾勿預此事，但視諭旨妥否，酌改可也。”諭旨原文本有指斥袁罪處，張為刪去之。
二、袁世凱開缺後，自知罪狀暴露，乃逃至天津。……後知攝政王寬大，張、那兩軍機同保其無事，即于是夜返京。向人猶稱被某侍禦參劾，虧空北洋宮款三百萬兩，故至天津調查賬目，以防後難。或又稱恐有暗殺之者，故深防之。其實彼畏罪逃匿之跡，章章不可掩也。故此次之許其歸田者，在袁實為莫大之寬典雲雲。
