離開學園後，亞里士多德先是接受了先前的學友赫米阿斯的邀請訪問小亞細亞。赫米阿斯是小亞細亞沿岸的密細亞的統治者，亞里士多德離開學園後的第一站就是小亞細亞，在那里他娶了赫米阿斯的侄女為妻。但好景不長，不到一年，赫米阿斯在一次暴動中被殺害，亞里士多德不得不離開小亞細亞，和家人一起到了米提利尼。

　　公元前343年，亞里士多德由于聲名顯赫，被馬其頓國王腓力二世召喚回故鄉，成為當時年僅13歲的亞歷山大的老師。

　　在亞里士多德的影響下，亞歷山大對科學十分關心，對知識十分尊重，但成為偉大的哲學家不是他的志向，他的使命是成為帝王。

　　公元前338年，馬其頓國王腓力二世打敗了雅典，正當他雄心勃勃要統一整個世界時，卻于公元前336年被刺客刺殺。年僅20歲的亞歷山大繼位為王。從此這個亞里士多德精心培養的學生告別了書齋，告別了哲學，開始了馬背生活，他要去徵服世界。

　　公元前334年，亞歷山大率領馬其頓軍和希臘各邦的聯軍出徵波斯。古老的波斯帝國在年輕的亞歷山大的鐵騎下開始顫抖，這個擁兵10萬的帝國，不到10年的時間就被徵服了。一個空前龐大的亞歷山大帝國——其領土西起希臘，東到印度河，南到埃及，北抵中亞——建立起來了。

　　時局的動蕩並沒有影響亞里士多德對學術的研究，此時他返回了雅典。在這段時間里，雖然雅典被馬其頓在軍事和政治上控制了，但是反對勢力仍然存在。亞里士多德來到雅典，可能還肩負著說服雅典人服從馬其頓的政治使命，所以，許多人對他顯出敵意。不過，他得到了亞歷山大國王的支持，不斷地得到馬其頓各級官僚的大量金錢、物資和土地資助。

　　亞里士多德在雅典創辦了自己的學校——呂克昂學園，佔有阿波羅呂克昂神廟附近廣大的運動場和園林地區。在學園里，有當時第一流的圖書館和動植物園，學園里開展生物學的研究，時常解剖各種動物，亞歷山大就通令全國，凡是獵手和漁夫抓到稀奇古怪的動物，都要送到亞里士多德那里。

　　亞里士多德提出自己的教育理念，主張對青年學生必須進行“智育、德育、體育”三方面的教育，並且提出了劃分年級的學制。對于7歲到14歲的兒童，國家應該為他們辦小學，讓他們學習體操、語文、算術、圖畫和唱歌；對于14歲到21歲的青少年，國家應該為他們辦中學，教他們歷史、數學和哲學。體育是為了培養強健的體魄，德育是為了培養自尊心和勇敢豪放的性格。在青年們中學畢業之後，還要對其中的優秀分子繼續培養。他的這些主張都得到了亞歷山大國王的支持。

　　亞里士多德講課時有一個習慣，即邊講課，邊漫步于走廊和花園。正是因為如此，學園的哲學被稱為“逍遙的哲學”或者“漫步的哲學”。這個學派，也因此得名“逍遙學派”，這里的學術氛圍也被後人傳為佳話。

　　亞里士多德在教課之余，筆耕不輟，寫了大量的著作：《工具篇》、《邏輯學》、《物理學》、《政治學》、《修辭學》、《形而上學》、《詩學》，等等。值得一提的是，他的認識是有係統的，分門別類的，從基本知識出發加以分析推論或歸納，從而形成一個體係。希臘人之前的文化都是用超自然的力量來解釋自然界的種種神秘變化的，到處都是神的作用。到了亞里士多德這里，他用寬廣的胸懷和勇氣把科學組織成一個有條不紊的龐大機體。他是形式邏輯的創始人。 

　　公元前323年，亞歷山大國王病故。消息傳到雅典時，馬其頓沸騰了，反叛的狂潮襲來，雅典人開始攻擊亞里士多德，並判他“不敬神罪”。他將面臨著一場嚴酷的審判，風燭殘年的亞里士多德明智地選擇離開雅典，選擇自我流亡，他聲稱絕不給第二次扼殺哲學的犯罪機會。

　　第二年，即公元前322年，這位名垂後世的哲學家在淒涼的境遇中病逝了，終年63歲。這個憑著鐵騎和武力建立起來的亞歷山大帝國也開始四分五裂，成了幾個獨立的小王國。

　　亞里士多德集古代各種知識于一身，在他死後幾百年中，沒有一個人像他那樣對知識有過係統考察和全面掌握。他的著作是古代的百科全書。恩格斯稱他是“最博學的人”。