作為一種信息流的互動平臺，阿里巴巴B2B網站在很長一段時間內還沒有涉及到物流和資金流的問題。關于物流的問題，在馬雲創辦阿里巴巴B2B電子商務之初，曾和8848網站的創始人王峻濤有過一番爭論。當時，王峻濤認為，電子商務離不開物流和資金流，結果，8848很快就被龐大的物流配送體係拖垮了。而阿里巴巴B2B網站之所以存活下來，就在于一開始就繞開了資金流和物流這兩個大難題，集中精力打造了一個信息流的平臺。直到2003年，當作為C2C的購物網站——淘寶網創建以後，馬雲覺得解決支付問題的時機已經到了。

　　在支付寶出現之前，在電子商務領域，只有一些比較大的B2C網站承諾送貨上門、貨到付款的交易方式。因為這種方式需要付出較高的成本和付出較大的風險，這對于淘寶網上的C2C小賣家來說，則不太現實。他們通常的做法是，要求買家先將錢打入賣家的銀行賬戶，然後通過傳真或者電話等方式告知賣家，賣家在確定銀行匯款單的真假之後才會將貨物發出——這種模式，是把風險全部轉移到了買家的頭上。

　　顯而易見，這種模式很快成為制約交易的瓶頸。淘寶賣家們很快發現，在他們的網站上，點擊瀏覽的人很多，甚至咨詢的人也不少，但是交易量一直上不去。後來這些賣家經過調查才發現，盡管很多買家表現出對貨物的強烈的興趣，但每每到了付錢的關頭，就猶豫了。買家的猶豫是可以理解的。網上交易的價值就在于快捷和方便，在鼠標滾動和輕點之間，就能夠享受到逛商店和購物的樂趣，不需要花費太多時間和精力就能“貨比三家”，就能享受到交易的便捷。但對交易安全的懷疑卻又極大地限制了買方對方便的需求。如果買家因為交易安全得不到保障而放棄了網上交易便捷的誘惑的話，那麼這個市場很難做大，賣家的利益也很難得到保證。可以說，如果解決買家對安全問題的質疑就決定了電子商務能否存活的問題。因而，首要的問題是要讓買家掌握交易的控制權，要讓他們感受到網上網下的購物是一樣的，在網上購物，他們同樣也有權仔細檢查所購買的貨物是不是和想象中的一樣，是不是存在質量問題，在他點頭之前的任何一秒鐘，他都有權利終止這場交易，只有讓他們感到錢財的安全，才能保證網上的交易進行下去。一旦這種全新的網上交易規則被樹立起來，交易量會增大，越來越多的人會加入到網上購物的大軍中來。從根本上來說，這樣做的結果，除了買家，賣家、網站乃至包括物流的電子商務環節的各方都是受益者。支付寶在這個時候推出就顯得意義非凡了。那麼，這套支付體係的模式將會是怎樣的呢？

　　馬雲指定的幾位技術人員很快在escow.com網站找到了一種可模倣的相對簡單的第三方擔保方式。這套係統的流程比現在的支付寶要復雜得多。它在資金和物流上都要進行監控和檢查。它更多是承擔了一個中轉站的作用：即把買家的錢和賣家的貨物都收到它那里，檢查無誤之後，再分別由它將貨物發送給買家，將錢轉給賣家。在這套係統的啟發下，經過與會員們的交流和探討，支付寶的模型最後確定下來：買家把錢匯到支付寶的虛擬賬戶中，由支付寶通知賣家錢已到賬，可以發貨。買家收到貨物檢查沒有問題之後，通知支付寶，確認已經收貨，可以付款。然後支付寶再將買家虛擬賬戶中的錢轉移到賣家的虛擬賬戶中，賣家可以通過銀行將錢取走。

　　這就是支付寶1.0版本的最基本的功能。在2003年10月，淘寶網正式開通3個月之後，支付寶成為淘寶網推薦的支付手段。

　　事實證明，支付寶的出現，馬雲是在正確的時間做了件正確的事。電子商務要得以存活和發展，必須要建立一個安全、有保障的電子商務環境，必須在買家和賣家之間建立誠信和信任。

　　馬雲急于進軍網絡支付還有一個原因，就是他一直盯著的老對家eBay，在2003年以15億美元的價格將PayPal收入囊中。貝寶（PayPal）作為一家在全世界都成功的公司和係統，在美國網上消費者中有1/3擁有PayPal賬戶，其交易金額超過10億美元。

　　問題的關鍵是，eBay已經進入了中國市場，接下來，PayPal進入中國市場也只是時間問題而已。因而，這對于馬雲來說，他必須在PayPal進入中國之前提前做一個類似的電子支付係統。

　　那麼，作為第三方支付平臺，如何實現與銀行係統對接呢？所謂“第三方支付”，是指在電子商務企業與銀行之間建立一個中立的支付平臺，為網上購物提供資金劃撥渠道和服務的企業。這實際上是代替銀行執行金融方面的業務，是一種類金融業務。而銀行從來就沒有開設過此類業務。

　　佔據天時地利與人和的優勢，阿里巴巴首先找的是中國工商銀行杭州分行下屬的西湖支行。這家銀行的效率很高，很快就同意了馬雲的最初設想。但最初支付寶的虛擬賬戶還無法與銀行的體係實現電腦對接，買家匯到支付寶虛擬賬戶的錢和賣家在支付寶虛擬賬戶上的錢都需要銀行用手工對賬的方式來進行操作，這無疑增大了銀行的工作量。最典型的一個例子是，支付寶當時才剛剛推出時，每天的交易已經達到了兩三萬筆，而銀行每個櫃員的日處理能力大概是兩百筆。也就是說，一天下來支付寶需要銀行處理的賬務大概是100到150個櫃員的工作量。這遠遠超出了杭州任何一個儲蓄所或者分理處的處理能力。這使中國工商銀行杭州分行不得不動用網點中的幾十個儲蓄所和分理處的人力來幫助處理支付寶的賬目。那段時間，銀行每天都會派專人到阿里巴巴的辦公地點取已經整理好的支付寶的對賬單，然後用專車送到各個網點上進行分工處理。

　　不過這種情況很快就得到了改善，隨著支付寶體係電腦與工商銀行電腦係統對接的工作的很快完成，從支付寶虛擬賬戶匯入、匯出到銀行網戶的工作就可以實現網上操作了。在支付寶係統里，整個過程的時間大約只要半天就可以完成。這一點是PayPal係統望塵莫及的，因為支付寶處理資金的流程遠比eBay要簡單得多。

　　為了滿足支付寶日益增加的交易量，馬雲很快打響了與各大銀行的攻堅戰。在2004年前後，各大銀行先後推出了自己的網銀係統，但苦于沒有應用業務，因此支付寶的切入算是恰到好處。不過隨後的談判卻遇到了諸多流程上的困難：新業務沒有制度可循，要報批，係統也要重新改造，而各家銀行對此的接受程度也不一樣。截至2009年12月，共有6家國有商業銀行、13家全國性股份制商業銀行、40多家區域性銀行與支付寶開展了合作。