兩岸企業家峰會最早是在2008年9月在南京成立，開始由南京市臺辦主辦，後來由國臺辦和江蘇省臺辦共同主辦。
為推動兩岸企業家搭建一個更好的對話交流、合作共贏的平臺，2012年，在南京舉辦的兩岸企業家紫金山峰會上，兩岸企業家共同倡議設立理事會，成立産業合作推進小組，從而深化加強兩岸的産業合作。
今年2月底，曾培炎理事長應蕭萬長理事長邀請，率領紫金山峰會代表團赴臺訪問，與臺灣政界高層、工商企業界領袖等各界人士進行廣泛交流，聽取建立兩岸企業家峰會長效機制建設的想法和建議。兩位理事長經過充分討論協商，達成了在兩岸分別註冊成立兩岸企業家峰會社團組織以及在南京和臺北分別成立秘書處、設立産業合作推進小組等一系列共識。
至此，兩岸企業家峰會籌組工作正式啟動。
