2009年9月16日，日本鳩山政權正式啟動。伴隨著鳩山的正式執政，儘管鳩山口口聲稱將“繼續維繫美日同盟”，但現實中的美日同盟卻是磕絆不斷，原本穩固的美日同盟頻頻出現“裂痕”。
從最初鳩山在《紐約時報》發表“追求更對等的美日關係”，到日本外相4日取消訪美，到鳩山5日宣稱“伊拉克戰爭是個錯誤、日本派自衛隊參加也是個錯誤”，再到美國政府將總統奧巴馬的訪日時間從12日推遲至13日，一系列事態都表明：雙方對彼此的不滿情緒開始蔓延，美日兩國為爭奪外交主動權而博弈，預示著美日同盟關係正式迎來“動蕩期”。
美日同盟的微妙變動背後，即是日本鳩山新政權外交“標新立異”的體現，也是日本謀求政治大國與軍事大國步伐的繼續。
美國總統奧巴馬首次訪問日本的日子從12日推遲至13日。日本媒體稱，雖説推遲訪日的理由是要出席胡德堡陸軍基地槍擊案的追悼儀式，但這也象徵著在駐日美軍整編問題上鬧矛盾的日美關係現狀。日本媒體認為，奧巴馬原來就計劃只在日本停留1天多，這一推遲使奧巴馬本就不長的訪日行程“短而又短”。從現實中的美日關係看，日本對美外交近日頻頻發出各種“不和諧音符”。
1 基地搬遷分歧大
在奧巴馬訪日之前，美日始終未能就美軍沖繩普天間基地搬遷問題取得一致。
按照美國與自民黨政府2006年達成的協議，美軍將在2014年前將8000名美士兵從沖繩基地轉移至美屬領土關島，沖繩島的美軍基地也將搬離鬧市區。但當地民眾要求美軍從沖繩島完全撤出。鳩山出任首相後表示，有意讓美軍基地徹底搬遷出沖繩島。
對此，美國國務院發言人凱利3日在新聞發佈會上警告稱，日本打算將美軍駐沖繩基地遷出沖繩島的做法違背雙邊協議，有損美日同盟關係。對此，鳩山採取了拖延和回避做法，並不急於表態。
對美國來説，沖繩基地的重要性不言而喻；而對鳩山來説，這考驗著他的外交決斷能力，也考驗著美日同盟關係的穩固與否。
2 關係定位有偏差
奧巴馬目前面臨的外交難題可謂“堆積如山”，包括穩定阿富汗、巴基斯坦局勢；撤回駐伊拉克部隊；伊朗、朝鮮核問題等。就連亞洲最親密的同盟——日本也成了“新的棘手問題”。
一直以來，美國都把日本看作其在亞太最穩定的同盟。對奧巴馬政府來説，更是迫切需要保持美日同盟的穩定，以幫美國繼續參與甚至是主導亞太事務。
但從日本角度來説，過去幾年一味“親美”的做法讓日本付出了很大代價：周邊國家對日本的不信任感一直未消除，美日同盟割裂了日本和其他國家的地區認同，阻礙了亞洲一體化的發展。
日本民主黨上臺後，鳩山提出了“脫美入亞”的構想，開始在美日同盟問題上頻頻發出讓美國擔憂的言論。在鳩山首次施政演講中，他特別強調日美關係需要更多的“平等性”。這無疑是在暗示幾十年以來美日關係的“不平等”。
如此一來，美國繼續“主導”日本的設想與日本爭取獨立外交的希望，使各自定位出現了偏差，使現實中的美日同盟頻現“裂痕”。
3 核密約調查現矛盾
與美軍基地搬遷問題同樣敏感的是美日之間的核密約調查問題。過去50年裏，前自民黨政府對於核武器懷有一種矛盾的感情，既想尋求美國的核庇護，也稱“極度核厭惡”。9月25日，日本外相岡田克也卻派遣了一個15人小組，開始調查美日簽署核密約一事，讓美國的戰略層大為震驚。
鳩山新政府執意調查的目的，是試圖弄清自民黨執政時期是否存在核密約。據日本媒體披露，美方以前經與日方協商，可派遣攜帶核武的飛機經過日本領空，派遣攜帶核武的艦艇停靠日本港口。很顯然，這違背了日本1967年提出的“無核”三原則（不擁有、不製造、不運進核武）。前自民黨政府一直否認存在密約。此次調查意在與自民黨的安全政策劃清界限，卻也重新翻開了讓美國難堪的歷史舊賬。
4 反恐盟友疏遠美國
“布希—小泉時代”是日美同盟關係的“蜜月期”。在一些日本人看來，最親美的小泉首相自“9 11”後將日美關係帶入“有史以來最好的時期”。但依賴美軍提供軍事保護的結果，是日本在軍事上事無大小都得聽從美國的指揮。鳩山上臺，宣告了前自民政府與美國軍事合作“蜜月期”的結束。
在對印度洋美軍供油問題上，日本決定明年1月日本海上自衛隊撤回軍艦，停止為美軍提供海上燃油補給保障。在伊拉克議題上，鳩山也發出了不和諧音符：11月4日，他在眾議院預算委員會上表示，伊戰是一場錯誤的戰爭，日本派遣自衛隊也是錯誤。伊戰爆發6年來，作為伊戰最堅定盟友的日本卻發出如此言論，著實讓美國深感不安。
