“歡迎日本以嚴肅、認真的態度向世界説明琉球問題。”針對安倍的表態，《人民日報》文章作者之一中國社科院中國邊疆史地研究中心研究員李國強説。他10日在接受《環球時報》記者採訪時表示，文章觸及琉球的目的一是論證釣魚島不屬於琉球，二是説明琉球在歷史上也不是日本的。這就駁斥了所謂釣魚島是日本固有領土的説法。日本政府反應過度，是因為它當然不希望別人觸及它侵略、吞併琉球的歷史，就像它在許多問題上否認歷史一樣，安倍現在連“侵略”一詞都要辯解。李國強説，琉球問題可以再議也可以不議，但不議不等於否認歷史，不議日本就必須改變在釣魚島問題上咄咄逼人的姿態。
沖繩與日本之間的微妙關係也是日本反應激烈的原因之一。據共同社報道，沖繩縣知事仲井真弘多10日在記者會上對中國媒體刊登論文質疑日本對沖繩的主權一事表示不快，稱“缺乏見識至極”。日本新聞網稱，仲井真弘多被認為是中國人的後裔，他表示在這一問題上百分之百贊成內閣官房長官菅義偉的意見。
但《沖繩時報》10日在報道中稱，雖然日本政府向中國進行了抗議，但是日本“用武力吞併沖繩強制合併”的歷史卻是事實。沖繩當地的反應也很複雜，考古學家安裏嗣淳給自己起了個中國名字“孫中路”，並將其印在自己的名片上。他説：“琉球的士族都有中國名字，是要保留曾經和中國、日本兩國和平相處的沖繩的歷史文化。”
《産經新聞》報道稱，沖繩的歸屬問題正在成為日中對立的新火種。《人民日報》刊登這樣的論文可能是意識到了沖繩出現了“琉球獨立”的主張。圍繞日美軍事基地搬遷問題，沖繩的部分居民中間出現了主張沖繩獨立的傾向。
日前赴沖繩採訪期間，《環球時報》記者就注意到，有沖繩當地人將沖繩以外地區的日本人稱為“本土人”，並認為“本土人”總是用犧牲沖繩保護自身利益，“本土的政府”常常無視沖繩人的意願，代替沖繩人做出某種決斷。日臺漁業協定的締結就是一個最好的例證。倡導琉球獨立的早稻田大學教授稻福惠子錶示，“因為島嶼防衛造成的軍事化，琉球有被錯誤的國家戰略當成犧牲品的危險性。要想從根本上解決基地問題，完全獨立才是最有效的方法。”
