在新一輪政府機構改革中，醫保基金管理權歸屬迷霧重重。據估算，截至2012年末，人社部管理的醫保資金規模近1.2萬億元，衛計委管理的新農合資金接近3000億元，兩者相差懸殊。一時間，人社部接管新農合被認為鐵板釘釘。但衛計委方面並不甘心。多位重量級人物或上書高層或是直接表態，鼓吹由衛計委系統“一手托兩家”（即既管醫療機構又管醫保基金），總計1.5萬億元的醫保資金管理權歸屬仍待確定。
醫保基金是公眾的治病錢和救命錢，建立收支明晰、管理完善的醫保基金，需要有一個專業而獨立的監管機構。現如今，城鄉醫保基金卻分屬兩個部門管理，多一套行政系統就會多一套行政開支，這不僅是毫無必要的機構職能重疊，更是無謂增加成本的嚴重資源浪費。“整合城鄉基本醫療保險管理職能”因此勢在必行。現在的問題是，誰整合誰？因為涉及部門既得利益，於是在公眾看來非常簡單的事情，也變得異常複雜起來。
按照財務制度設計常識，如果負責管錢的和負責用錢的是同一家，發生財務風險的概率必然大大增加。因此，衛計委提出的“一手托兩家”，既管醫療機構又管醫保基金，其實是有矛盾的。誰都知道，衛生部門監管公立醫院，基本上是老子與兒子的關係；如果再由衛生部門負責與公立醫院“談判”醫保基金支付，怎麼可能做到客觀公正？現在的新農合基金所遭遇 的“一堆亂賬，沒法清理”批評，根源正在於衛生部門的“一手托兩家”。
醫保是保險型的制度安排，不是公款福利性制度安排，衛生部門和公立醫院的利益鏈條不切斷，很難贏得公眾信任。與之相比，人社部門主管醫保基金，顯得要相對獨立一些。但是同吃財政飯，真正能獨立到哪去亦很難説，否則醫院虛挂病床套取基金也不會那麼氾濫。説白了，人社部門管理的城鎮醫保也沒能展現出“看得見”的高效公正。比如設立醫保定點，主要考慮的是醫保機構的管理方便，而不是醫保患者的就醫方便和醫療機構的競爭公平。
醫保機構代表患者的利益，去與醫療機構討價還價，以比弱勢患者更強的話語權，限制醫院的大處方大檢查，遏制藥物價格和檢查價格的虛高——這是我們所期待的畫面，也是真正獨立的醫保機構，所理應具有的負責任的專業素養。可惜，無論是人社系統還是衛計委系統，它們所分管的醫保基金都沒能展現出這種秉性。因此，我們不得不擔憂：部門爭搶管理醫保基金背後，除了部門利益的直接角逐之外，可曾還有以患者利益為本？
社科院專家朱恒鵬指出，兩大系統其實都管不好，因為這是一個公立醫院壟斷的格局。醫保付費方式要發揮作用就要有選擇權，你幹不好我明年不用你，而現在的公立醫院，什麼樣的付費方式都管不住它。是的，管辦不分、醫療體制不理順，所有醫保付費方式都不能發揮有效作用。人社系統也好，衛計委系統也罷，爭管醫保基金不能只衝著部門利益，更應該努力實現患者利益的最大化，努力解決一些根本性的問題。
