2009年，福州馬尾－馬祖的“兩馬”海上客運航線客流、船舶來往的增幅再創歷史新高，客流量逼近10萬人次，這也是福建沿海地區對臺“小三通”各條航線中客流增幅較大的航線。

　　據福州海關最新統計數據顯示，福州海關所屬的馬尾海關全年共監管“兩馬”航線進出境人員99243人次，其中進境人員47710人次，出境人員51533人次，分別比上年同期增長30．46％、28．81％、32．03％，這是“兩馬”直航2001年初開航以來全年進出人數最多的年份。

　　“兩馬”航線船舶往來比上年同期增長2．4％，馬尾海關共監管進出境船舶1452艘次。

　　據統計，截至2009年底，廈門－金門、馬尾－馬祖、泉州－金門等福建沿海對臺“小三通”各條海上客運航線客運總量突破500萬人次。