在闖過連任確認關之後，伯南克在即將於２月１日開始的新任期之內至少面臨三方面艱巨挑戰。
首先是退出政策的實施。美聯儲在應對金融危機的過程中發揮了至關重要的作用，而今在金融市場逐漸恢復穩定、經濟開始走向復蘇之際，伯南克所面臨的最大挑戰正是如何對自己以前政策的反向操作，即退出政策。美聯儲為應對危機採取的政策工具大部分將於今年２月底或３月底到期，尤其值得關注的是何時提息以及１．２５萬億美元的房地産抵押貸款支援債券收購計劃是否會延期。目前美國經濟復蘇勢頭依然脆弱，市場尤其是房地産市場對美聯儲深度依賴，退出政策的實施處於兩難。退出過早，會打擊經濟復蘇，可能造成第二次衰退；退出過晚，則可能引發未來危機。
其次是金融監管改革。金融危機發生以來，加強金融監管成為普遍呼聲。奧巴馬日前提出加強金融監管改革新規，限制大銀行的規模和交易活動。這一思路與伯南克救助金融體系的措施有很大差異。此外，作為美國主要的金融監管者之一，美聯儲自身也已成為被改革的一部分。在尚未完成的金融監管改革立法進程中，美聯儲的角色是爭議的一大焦點。參議院銀行委員會主席克裏斯托弗 多德提議取消美聯儲監管銀行的職責，使其專注于貨幣政策。伯南克對此堅決反對，並多次強調美聯儲在金融監管中的專業技能及金融監管與貨幣政策不可分割的關係。
再次是保持美聯儲的獨立性。作為中央銀行，美聯儲的獨立性向來被奉為其核心價值。但在當前的美國經濟和政治形勢下，美聯儲的獨立性正受到前所未有的挑戰。《紐約時報》２８日一篇評論把伯南克比作政治足球，《華爾街日報》此前的一篇評論則把伯南克比作美國兩黨鬥爭的“拳擊沙袋”。美國國會去年１１月通過一項法案，要求對美聯儲進行審計。
在就業形勢依然嚴峻的背景下，如何推動美國經濟走上可持續復蘇之路，伯南克面臨的挑戰才剛剛開始。
