1月
1日，臺當局開放港澳居民可以直接在網路上申請入臺證，只要是在港澳出生的居民，均可以上網申辦有效期為三個月的入臺證，申辦費用為200元新台幣。可以出入臺灣2次，每次14天。
2日，國臺辦發言人就2005年臺商春節包機發表談話，提出“共同參與、多點開放、直接對飛、雙向載客”四項處理原則。3日，民航總局臺港澳事務辦公室主任浦照洲也呼籲“使真正意義上的春節直航包機能夠飛起來”。
15日，在臺灣方面由“交通部民航局長”張國政等人以“顧問”名義加入的情況下，兩岸航空業界在澳門就2005年兩岸春節包機事宜達成共識。由兩岸各六家航空公司依國際慣例飛行，分別在臺北、高雄、北京、上海及廣州等五機場起降，總計往返各24班次。
29日，根據兩岸達成的春節期間臺商包機協議，兩岸民航飛機首次完成分隔56年來的首次對飛。第一班是上午7時46分自北京飛臺北的中國國際航空公司包機，而首班合法降落臺灣的大陸民航客機則是由廣州飛臺北的南方航空公司包機。至2月20日春節包機順利執行完畢。
2月
15日下午到16日上午，臺灣檢調部門先後大規模搜查了臺灣半導體産業龍頭企業聯華電子公司及其副董事長宣明智住所等處。大陸著名的臺資半導體企業和艦科技公司董事長徐建華在即將返回大陸工作之際，遭到拘提與偵訊，最後被勒令以1000萬元新台幣鉅款交保，限制出境。臺司法機關指責聯電高層以技術等協助和艦公司成立與發展，是觸犯了所謂“圖利罪”。17日，聯電集團董事長曹興誠在島內各大報紙刊登廣告，承擔其中的決策責任。此一被島內外媒體稱為“聯電和艦案”的風暴，直到該年底仍處在所謂的“偵辦”中。
18日，臺“陸委會副主委”邱太三稱，當局的“兩岸貨運便捷化政策”不排除從原先“單向、間接、有限度”調整為“多向、多點、不中停”。
25日，國臺辦在新聞發佈會上表示，歡迎臺灣農業界的朋友來大陸發展，願意為臺灣農民提供創業空間，也願意就進一步加強兩岸農業合作和擴大臺灣農産品在大陸銷售問題與臺灣有關方面及人士進行溝通，達成共識。
3月
4日，中共中央總書記、國家主席、中央軍委主席胡錦濤在看望出席全國政協十屆三次會議的委員時，發表重要講話，提出新形勢下發展兩岸關係的四點意見：堅持一個中國原則決不動搖；爭取和平統一的努力決不放棄；貫徹寄希望於臺灣人民的方針決不改變；反對“臺獨”分裂活動決不妥協。“只要是對臺灣同胞有利的事情，只要是對促進兩岸交流有利的事情，只要是對維護臺海地區和平有利的事情，只要是對祖國和平統一有利的事情，我們都會盡最大努力去做，並且一定努力做好。這是我們對廣大臺灣同胞的莊嚴承諾。”
14日，十屆全國人大三次會議以2896票贊成、0票反對、2票棄權通過《反分裂國家法》，強調“鼓勵和推動兩岸經濟交流與合作，直接通郵通航通商，密切兩岸經濟關係，互利互惠”，以維護臺灣海峽地區和平穩定，發展兩岸關係。
14日，溫家寶總理在記者招待會上表示，要儘快將海峽兩岸的客運包機由“節日化”轉向常態化；要採取措施，解決臺灣特別是臺灣中南部地區農産品到大陸的銷售問題；要儘快恢復和解決大陸漁工到臺灣勞務合作的問題。並指出，“我們還準備出臺一系列有利於臺灣同胞的優惠政策和方便措施”。
16日，臺“經濟部”修正“在大陸地區從事投資或技術合作服務業經營項目”，將證券業由“禁止大陸投資類”改列“一般類”，正式開放島內證券商赴大陸地區進行業務投資、設立子公司或分公司。
25日，與島內“獨派”關係深厚的奇美實業創辦人許文龍發表公開信，稱“兩岸同屬一個中國”，承認“臺灣的經濟發展離不開大陸，搞‘臺獨’只會把臺灣引向戰爭，把人民拖向災難”。
28日，由副主席江丙坤率國民黨大陸參觀訪問團赴大陸。這是國民黨自1949年以來，首次正式組團前往大陸。30日在與中共中央臺辦會談中，雙方就加強兩岸經貿等領域交流與合作取得了12項共識。
4月
5日，陳水扁邀集島內“府院黨”主管開會，提出所謂的“七點結論”，揚言要“秉持‘和解不退縮，堅定不對立’的原則”，對兩岸經貿政策“不能一味開放，而忽略了最根本最重要的‘有效管理’，‘國安’及行政部門應即檢討調整相關經貿政策”。隨即臺有關部門宣佈了全面凍結實施兩岸經貿開放政策。
10日，臺灣區電機電子工業同業公會組織的臺灣參展團經金門直航廈門參加第九屆“海峽兩岸機械電子商品交易會暨廈門對臺出口商品交易會”（簡稱“臺交會”）。這是臺灣第一個經金門直航大陸的經貿代表團。
13日，在國臺辦新聞發佈會上，發言人李維一指出，臺灣當局最近提出所謂“七點結論”，對兩岸經貿和文教交流予以限制，這種“開倒車”的做法違背臺灣同胞的切身利益，是沒有出路的。
13日，臺“行政院院會”通過“敏感科學技術保護法草案”。該法案原名“科技保護法”，是臺當局專門針對兩岸經貿交流所制定的限制法令，明定敏感科技範圍，並規定敏感技術未經許可而輸出者，將處7年以下有期徒刑，並科罰金由原訂的1000萬元，提高為3000萬元。
26日，國民黨主席連戰赴大陸進行“和平之旅”，強調此行主題是“對話和解”。29日下午中共中央總書記胡錦濤與連戰舉行正式會談，併發表“會談新聞公報”，提出兩黨將共同促進兩岸經濟全面交流，建立兩岸經濟合作機制，促進兩岸展開全面的經濟合作，建立密切的經貿合作關係，包括全面、直接、雙向“三通”；解決臺灣農産品在大陸的銷售問題；促進恢復兩岸協商後優先討論兩岸共同市場問題。
5月
3日，國臺辦主任陳雲林在上海代表大陸方面宣佈將推動送給臺灣包括一對熊貓、開放大陸居民赴臺旅遊及擴大開放臺灣水果進口等三項措施，被島內外輿論形容為是送給島內民眾的“三項大禮”。
5日，親民黨主席宋楚瑜赴大陸進行“搭橋之旅”。12日下午中共中央總書記胡錦濤與宋楚瑜舉行正式會談，併發表“會談公報”，強調兩岸應共同努力，加強兩岸經貿交流，促進建立穩定的兩岸經貿合作機制，包括積極推動兩岸通航；實現兩岸直接貿易和直接通匯；促進兩岸恢復協商後，就建立兩岸貿易便利和自由化（兩岸自由貿易區）等長期、穩定的相關機制問題進行磋商；大陸方面提供通關、檢驗、檢疫便利和部分零關稅等優惠待遇，以協助解決臺灣水果豐收季節之滯銷問題等。
20日，國家旅遊局就開放大陸居民赴臺灣旅遊舉行記者會，表達大陸願意根據臺灣的接待能力及有關條件，考慮開放赴臺觀光的大陸旅客數量，並提出開放的三項原則：此事為兩岸中國人的事；大陸將有計劃、有步驟、循序漸進地組織大陸居民赴臺旅遊；大陸旅遊業界將與臺灣旅遊業界及相關人士合作推動。
23日，大陸宣佈臺灣準入的水果品種擴大到18種。
6月
1日，大陸宣佈對15種臺灣水果實施進口零關稅，包括鳳梨、釋迦、木瓜、楊桃、芒果、芭樂、蓮霧、檳榔、柚、棗、椰子、枇杷、梅、桃和柿子。
1日，福建公安廳實施直航口岸電腦網路簽證，開放臺胞證1年多次簽。臺商和金馬澎等地民眾，只要持有五年期臺胞證者，本人有1年進出5次以上的記錄，就可以辦理1年多次簽證，在1年的有效期內自由進出大陸直航口岸。
13日，臺“行政院長”謝長廷在海基會舉辦的“2005年大陸臺商協會端午節座談聯誼活動”晚宴上稱，當局將分別委託臺北市航空運輸同業公會協商兩岸貨運包機事宜、由“外貿協會”負責商談農産品輸銷大陸、以及另組談判團隊協調大陸人士來臺觀光。
14日，勞動和社會保障部公佈“臺灣香港澳門居民在內地就業管理規定”，自10月1日起，放寬臺港澳民眾取得大陸就業證的條件，並開放無就業經驗者，可申請進入大陸就業市場。“就業證”申請手續也由年檢制改為備案制，許可權下放到地（市）級勞動保障部門。同時，由臺灣母公司派遣到大陸1年內工作滿3個月以上的臺灣幹部，必須申請就業證，並按照“社會保險費徵繳暫行條例”，參加養老退休、失業和基本醫療等社會保險。
15日，公安部出入境管理局副局長李長友在國臺辦新聞發佈會上表示，自7月起正式實施入出境、居留手續二合一的簡化措施。對於在大陸居留一年以上的臺灣民眾，如果獲簽1至5年的有效居留簽注，將可憑該簽注在大陸居留和入出境，不必再加辦入出境簽注。而一年內需多次往返大陸的臺灣民眾，辦理入出境簽注後，就不須再辦居留簽注。
24日，臺“經濟部投審會”對外稱，臺灣地區投資人投資第三地區公司而對其經營具有支配影響力的情形下，如該第三地區公司對大陸有投資行為，則此投資案件仍屬以間接方式在大陸從事投資，須事先向該機關申報或申請許可。而所謂“具支配影響力”的認定標準有：持股達5%以上或為該第三地區公司最高持股者、對第三地區公司投資金額達20萬美元以上、擔任第三地區公司董監事或總經理等。
7月
5日，第一屆“海峽兩岸資訊産業技術標準論壇”在北京召開，會中兩岸代表達成三點共識：臺灣“華聚基金會”與大陸中國資訊標準化協會、電子工業標準化協會，作為未來兩岸溝通的總窗口，共同建立技術交流的平臺；雙方同意就無線通信、記憶卡等四大領域制定共同標準；未來雙方將選擇其他科技領域，進一步推動共同標準，並在適當時機在臺灣舉行科技論壇。
26日，陳水扁就兩岸經貿交流議題稱，臺灣“若做不好‘有效管理’，寧願不再繼續開放西進”。
28日，臺“金管會銀行局”表示，大陸專業人士及商務人士如在臺停留期間6個月以上，可選擇一家島內銀行開設新台幣存款賬戶，並限在該行申辦信用卡。而核給的信用卡總額度，以申請人在臺平均月所得為限，附卡則限于隨著來臺的配偶，持卡人信用卡不得附加預借現金及迴圈信用功能。
30日，第一個在大陸長期展銷臺灣水果的窗口——臺灣水果展銷專櫃在北京成立。
8月
1日，大陸正式實施15種臺灣水果進口零關稅措施。島內相關業者認為，此舉可讓臺灣水果的成本降低三成左右。
24日，國臺辦交流局局長戴肖峰與教育部、財政部、國家發改委有關負責人共同宣佈，2005年秋季開始，正式實施在大陸讀書檯灣學生與大陸學生同等收費政策。同時設立臺灣學生獎（助）學金，總額每年700萬元人民幣。對招收臺灣學生的大陸普通高校和科研院所給予專項補助，標準為每名臺生每年8000元人民幣。
24日，臺“國際貿易局”邀請島內相關機關及産業公會進行審查會，通過開放手機等25項大陸物品進口。
30日，臺海基會臺商服務中心正式成立，開始運作，提供大陸臺商經營、法律、財務、生活、子女教育等專業投資經營諮詢與服務。
9月
3日，大陸民航局在臺當局拒不對等開放的情況下，批准臺灣的中華、長榮、立榮、華信等4家航空公司飛機飛越大陸領空。這4家臺灣公司由臺往返歐洲和東南亞航班，都可飛越大陸領空，由於航程縮短，每年共可節省燃油成本達2.8億新台幣。5日淩晨，臺“中華航空公司”飛歐洲的貨運班機率先飛越大陸領空，成為首架開放飛越大陸領空的臺灣民航機。
7日，祖國大陸由國臺辦主任陳雲林出面，與國家開發銀行行長陳元簽署“關於支援臺灣同胞投資企業發展開發性金融合作協議”，將由後者向臺商提供專案貸款，首期為時5年，額度為300億元人民幣，以解決大陸臺商在內地融資的困難，該項貸款將優先提供給從事基礎建設、高新技術産業的臺資企業。
15日，以“促進兩岸經濟交流與合作”為主題的第一屆兩岸民間菁英論壇在上海開幕，此是胡錦濤與宋楚瑜5月初會談的重要成果之一。論壇議題包括大陸發展戰略對臺商投資的影響；兩岸農業交流合作的問題等四項。親民黨主席宋楚瑜在會中就發展兩岸關係提出在“橋不可斷，勢不可弱，門不能關，心不能亂”前提下，“沒有遲疑與退卻的理由”的“新四不一沒有”。
19日，臺“經濟部投審會”稱，將對未經許可赴大陸地區從事投資案件，若屬禁止類者，“經查核屬實”，檢舉獎金由原訂100萬元提高到最高200萬元；若屬一般類案，檢舉獎金也從30萬元提高到最高60萬元。而未經許可從事一般類項目投資超過新台幣5000萬元者，罰金增加一倍；從事禁止類項目投資者，罰金亦加重一倍。
10月
3日，臺當局開放金門、馬祖金融機構試辦人民幣兌換業務。旅客或隨交通工具服務的人員，攜帶人民幣入出境的限額也由人民幣6000元調高為20000元。
25日，公安部出入境管理局正式授權上海市、江蘇省公安機關出入境管理部門，為臺灣居民補發、換發5年期臺胞證。在此前，5年期臺胞證僅能由港澳兩地被委託的辦證單位和福州、廈門公安局出入境管理處辦理。
28日，國家旅遊局長邵琪偉率大陸所有省、市、自治區旅遊局的主管計66人赴臺考察旅遊環境與設施10天，被島內視為是開放大陸民眾赴臺旅遊的前奏曲。邵琪偉由臺灣觀光協會具名邀請，以“中國旅遊協會會長”的身份赴臺。
11月
14日，島內知名家電企業聲寶集團前董事長陳盛沺在島內兩大報紙上刊登大幅廣告，就所屬的瑞智精密企業因投資大陸比例超過當局規定比例而遭臺司法機關搜索，造成鉅額經濟損失一事，強烈質疑臺當局所實施的對臺商投資大陸設限的規定是“惡法”，指出這是要“臺商裹著小腳與世界各地的競爭者賽跑，實在是臺商心中的最痛”。呼籲早日還臺商以公道。
18日，兩岸授權的民航組織敲定2006年春節包機相關事宜，國臺辦與臺“陸委會”同步發佈了“2006年春節包機方案”。23日，臺“交通部民航局”邀請島內6家航空公司就兩岸春節包機事宜進行協商，並初步達成共識。
30日，陳水扁在宜蘭縣為島內縣市長選舉站臺時稱，國民黨方面表示如果選舉結果民進黨大敗，國民黨大贏，民進黨會大幅調整、鬆綁兩岸政策，“這是不可能的事情”。他揚言，如果結果是民進黨選得不好，泛藍大贏，當局的兩岸政策只會更加緊縮，不會更加鬆綁，也不會更加開放。
12月
3日，島內舉行“三合一”地方選舉，民進黨遭到重大失敗。縣市長部分，國民黨籍候選人當選14席，民進黨僅獲得6席，另外親民黨、新黨、無黨籍各當選1席。嗣後，陳水扁即一再宣稱要對兩岸經貿交流進行“降溫”。
21日，國家開發銀行和國務院臺辦共同公佈《臺資企業國家開發銀行貸款暫行辦法》，據此將向大陸臺商提供300億元人民幣開發性貸款。貸款對象包括臺商在大陸註冊的合作經營企業、合資經營企業、獨資經營企業，含大型企業和中小企業，而經國務院批准的臺商投資區和經國務院有關部門批准的海峽兩岸農業合作試驗區、海峽兩岸科技工業園區基礎設施建設項目也都可申請貸款。貸款項目涉及農業、能源、交通、電子、原材料等領域；按期限分為中長期和短期，幣種含人民幣和外幣。
