1月

2003年1月4日  孫中山紀念館與中國海峽兩岸文化交流協會在臺北共同舉辦“三通與兩岸關係”座談會，與會者呼籲臺灣當局及早就“三通”相關問題進行規劃。

2003年1月10日  臺灣省選舉産生了出席第十屆全國人民代表大會的13名代表。

2003年1月13日  國民黨主席連戰發表紀念蔣經國逝世15週年專文，暗批李登輝媚日、誣衊先賢，並強調國民黨才是真正落實“本土精神”的政黨。

2003年1月14日  臺“立法院”通過“民事訴訟法”修正條文,共計564條，其中有關“包二奶”的條款備受關注。

2003年1月19日  臺灣“立法院”副院長江丙坤帶領的“國會”代表東南亞訪問團，因泰國外交部拒發簽證，被迫取消了曼谷之行。

2003年1月20日  臺灣“西藏交流基金會”在臺北成立，該組織將成為臺灣方面除官方途徑之外，對西藏事務所謂的“第二軌道”。

2003年1月21日  “總統府發佈”新聞稿，主要內容為：“總統府”秘書長陳師孟自2月1日起改聘為“總統府”資政，所留“總統府”秘書長一職由“國安會”秘書長丘義仁接任；“國安會”秘書長由“國防部”副部長康寧祥接任；“國防部”副部長由“國安會”諮議委員林中斌接任。

2003年1月23日  蔣經國的兒媳蔣方智怡女士書面揭露李登輝當年入閣的真相。

2003年1月26日  兩岸包機（臺商包機返鄉）首航班機淩晨4時在臺北起飛，下午3點41分順利返臺。

2月

2003年2月7日  臺灣行政主管部門決定，成立“反超限戰策劃與指揮小組”，旨在“全面提升對大陸的政策整合機制”。

2003年2月10日  臺北地方法院笫三次開庭審理劉泰英遭檢方申請羈押案，並在晚上裁定將前國民黨“投管會”主委劉泰英羈押。

2003年2月14日  國親兩黨主席連戰與宋楚瑜在“連宋會”後召開記者會，以“共同聲明”和“備忘錄”方式宣佈，國親兩黨決定推動合作形成政黨聯盟；明年“大選”宋楚瑜尊重連戰組成搭配並由兩黨循黨內程式完成提名事宜；兩黨並將協商組成聯合執政團隊。

2003年2月24日  臺“外交部”稱，外蒙古駐臺代表處已經開始運作並可以發簽證。

2003年2月28日  臺“新聞局”下令臺灣地區有線電視業者自3月1日中午12時起全面禁播中央電視臺第四套節目(CCTV－4)。

3月

2003年 3月 1日 阿里山小火車發生意外，17人死亡，173人受傷。

2003年3月14日  臺“衛生署”證實臺灣有兩人感染非典型肺炎。

2003年3月16日  針對歐洲議會邀請陳水扁做非正式訪問一事，比利時外交部長路易斯麥可宣佈，他將拒絕發給陳水扁進入比利時的入境簽證。

2003年3月17日  “新瑞都弊案”調查出現重要進展，檢調部門在提訊劉泰英時，劉泰英供出李登輝“秘密帳戶”。

2003年3月20日  歷時九年的金門縣第一屆正副議長選舉賄選案經臺灣“最高法院”裁定，包括時任議長王水彰在內的十名議員被判有罪。

2003年3月22日  38個臺灣社團在臺北舉行反戰大遊行，抗議美國對伊拉克動武的霸權行為。

2003年3月24日  臺“外交部”公佈説帖，呼籲各國支援臺灣以“觀察員身份”加入世界衛生組織。

2003年3月27日  因應伊戰，經中國民航總局批准，華航CI-065台北——阿姆斯特丹的班機首次飛越祖國大陸領空到歐洲。

2003年3月30日  國民黨、親民黨分別提名黨主席連戰、宋楚瑜為2004年“總統”大選候選人。

2003年3月31日  臺灣“行政院陸委會”主委蔡英文表示，為避免“SARS”疫情擴散，馬祖即日起暫停與大陸客貨船隻往來，金門“小三通”暫不停止。

4月

2003年4月7日  高雄市議長賄選案偵結，高雄地檢署對議長朱安雄等人，依行賄罪及受賄罪等罪嫌提起公訴。

2003年4月16日  臺灣“行政院”宣佈修改委託民間基金會研究媒體的做法，取消研究項目中評鑒新聞的部分。

2003年4月17日  國民黨主席連戰證實，國親兩黨將以“連宋配”的形式參加2004年“總統”大選。

2003年4月20日  臺灣“海峽兩岸和平統一促進會”舉行成立5週年紀念大會。

2003年4月24日  臺"行政院"下令暫停大陸疫情集中地區專業人士赴臺。

2003年4月26日  臺灣“陸委會”主委蔡英文宣佈，為了防止SARS境外移入病例，即日起香港居民來臺落地簽證措施暫停一個月。

2003年4月28日  臺灣海基會董事長辜振甫發表“恢復協商，走向雙贏”的書面談話，紀念“辜汪會談” 10週年。

2003年4月29日  針對臺灣地區的SARS疫情，美國疾病管制局(CDC)將臺灣列入“臨時旅遊警戒區”。

5月

2003年5月8日  世衛組織(WHO)發言人表示，臺灣今年企圖入會成為世衛大會觀察員一事已遭大會執委會否決，未能排入正式大會議程。

2003年5月10日  世界衛生組織將臺北市從SARS疫情中度感染區，升級為高度感染區。

2003年5月12日  臺“行政院”成立全臺SARS防治指揮中心，該中心的主要任務是響應各界建議，加強整合疫情資訊與強化防疫重點工作。

2003年5月15日  臺灣當局表示，因SARS疫情的原因，將允許大陸配偶在臺停留期限在六月底前屆滿者，可再自動延長停留期限至2003年6月30日止。

2003年5月17日  臺灣當局宣佈，即日起暫停金門與福建之間的直航往來，暫停時間長短將視疫情決定。

2003年5月23日  臺“立法院”三讀通過總額為500億元（新台幣）的“中央當局SARS防治及紓困特別預算”。

2003年5月25日  臺灣當局指使海基會回函海協會，拒絕接受大陸各界捐贈防治“非典”的醫療物品。

2003年5月27日  臺灣當局表示，停發香港居民來臺“落地簽證”的措施將繼續延長1個月，同時，也維持暫不發證給大陸地區專業人士的措施。

2003年5月28日  臺灣當局通過所謂“廣電三法合併版”的相關規定，規定當局與政黨勢力全面退出廣播電視媒體。

2003年5月28日  臺灣當局通過對SARS防治及紓困的相關規定，隱匿病史者最高可罰處15萬元新台幣。

6月

2003年6月6日  臺“陸委會”宣稱，將自9日開始分兩階段逐步解除對大陸和港澳人士入臺的隔離措施。

2003年6月6日  “中華開發金融控股公司”董事長劉泰英交納6000 萬元（新台幣）保釋金之後獲釋出獄。

2003年6月9日  新黨創黨以來第一次黨主席直選開票，現任主席郁慕明以高達九成八的得票率當選新黨黨主席。

2003年6月24日  “中央社”報道，臺“內政部統計處”今年製作2002年結婚年報統計時，首度將大陸及港澳配偶視為“外籍”配偶看待，把大陸及港澳配偶單獨納入統計數字的追蹤管理。

7月

2003年7月1日  臺“國防部”宣佈，“義務兵”自2004年1月1日起，一律提前兩個月退伍。

2003年7月3日  美在臺協會24年來首次在臺舉辦慶祝美國國慶活動。

2003年7月6日  “紀念抗日暨臺灣光復活動聯盟”等民間團體在臺北市議會舉辦“七七抗戰66週年”紀念會。

2003年7月15日  臺當局“陸委會”宣佈，基於金馬地方民意、SARS疫情趨緩，決定自16日起全面恢復“小三通”。

2003年7月21日  臺灣“行政院長”遊錫堃表示，“行政院”已經組成推動“全民公投”專案小組，具體負責推動“全民公投”工作。

2003年7月23日  臺“行政院”通過“遊説法”草案，明文禁止大陸及港澳地區人民、法人或團體在臺進行遊説。

2003年7月28日  臺“陸委會”委員會議修正通過“大陸地區專業人士來臺從事專業活動邀請單位及應備具之申請文件表”，放寬了大陸産業科技人士赴臺政策。

8月

2003年8月10日  由臺灣九大社福、社運團體共同發起，訴求建立社會安全網、社會福利制度的“公平正義(泛紫)聯盟”正式成立。

2003年8月15日  臺“行政院長”遊錫堃公佈“兩岸直航影響評估報告”，報告強調臺當局將不會遵循“一個中國”原則。

2003年8月25日  臺灣基隆地方法院審理終結“浙江省漁工挾持臺灣漁船”一案，判決鄭敏勇等6人無罪，這是臺灣首件大陸勞務公司出資替大陸漁工打官司獲判無罪的案例。

2003年8月25日  臺灣“外交部”在最新公佈的“旅遊警戒區”名單中，首度將中國大陸列入“外國”旅遊預警分級表，香港及澳門則列為注意區。

2003年8月26日  主題為“伊拉克戰後美國、東亞與中東三邊情勢之演變與展望”的“第三屆臺美以（色列）三邊國防安全研討會”在臺北開幕。

2003年8月28日  臺“內政部”相關部門稱，從9月1日起將實施“三層面談機制”，由“境外”、“邊境線”、“境內”分頭對赴臺的大陸配偶採取“嚴密面談機制”。

2003年8月31日  臺“國防部長”湯曜明公佈新的裁軍政策時間表，計劃在以後10年內實施兩階段“精進案”，精簡員額85000人。

9月

2003年9月1日  封面加注英文“臺灣”字樣的新版臺灣“護照”開始發行。

2003年9月4日  臺灣各界群眾在臺北發起“反‘臺獨’、救臺灣”系列活動。

2003年9月6日  由激進“臺獨”分子所發起的“臺灣正名”遊行在臺北舉行。

2003年9月7日  由中華教授協會、中華戰略協會等團體發起的“民間保護‘中華民國’大聯盟九零七大遊行”在臺北舉行，數千民眾及蔣經國兒媳蔣方智怡、新黨主席郁慕明等都參與在其中。

2003年9月11日  臺灣7000多名鐵路員工從臺灣各地匯集到臺北市凱達格蘭大道，舉行工會大會，抗議當局無能，致使島內大量鐵路列車停駛。

2003年9月15日  臺“立法院”無黨聯盟新任總召集人邱創良宣佈，“無盟”將先登記為政團，繼而再成立政黨，黨名為“無黨團結聯盟”。

2003年9月17日  第58屆聯合國大會總務委員會決定，不將甘比亞等極少數國家提出的所謂“臺灣在聯合國代表權問題”的提案列入本屆聯大議程，從而連續第11次挫敗臺灣當局分裂祖國的圖謀。

2003年9月21日  臺灣當局公佈新編訂的高中歷史課程大綱，其中明代中期以後的中國歷史全被列入世界史範圍。

2003年9月23日  臺灣“中華電信”工會發動“反民營化923立法院陳情”活動。

2003年9月23日  被菲律賓扣留一年多的臺灣漁船“滿吉財號”船長黃吉皇與一名大陸船員被無罪釋放，這也是首宗臺灣漁船被菲國扣押獲判無罪的案例。

2003年9月25日  涉嫌在2002年高雄市“議員”選舉期間向選民買票賄選、被臺檢方提起公訴的無黨籍高雄市“議會議長”朱安雄，被法院判處有期徒刑22個月。

10月

2003年10月7日  臺“國防部”宣稱，為配合地方觀光需求，軍方將解除大擔、二擔、東碇、北碇、獅嶼及猛虎嶼等六個離島的軍事管制，交由金門縣府全權接管，但軍方不會從金馬撤軍，並將提升前線武器裝備性能、強化監偵打擊火力。

2003年10月9日  臺當局對“兩岸人民關係條例”作出大幅修訂，重點包括：兩岸協商機製作重大調整，建立協商復委託機制；“直航”許可及管理辦法須在一年半內擬定；大陸配偶取得身份時間維持8年，但新增配額限制。

2003年10月25日  臺灣教授協會、臺灣戰略協會等民間團體在臺北舉行“慶祝臺灣光復、反對‘臺獨’制憲”大遊行。

2003年10月31日  陳水扁展開所謂“欣榮之旅”，赴巴拿馬參加巴獨立建國百年慶，期間將過境美國紐約和阿拉加斯加。

11月

2003年11月4日  國民黨主席連戰率團前往美國紐約，參加宋美齡女士的追思禮拜。

2003年11月7日  太平洋東部島國吉里巴斯宣佈與臺灣當局建立所謂“外交關係”。

2003年11月17日  臺北地檢署偵辦的“國安秘帳弊案”首波偵結，檢方起訴臺灣前“國安局少將會計長”徐炳強及前出納組長劉冠軍涉嫌貪污，分別求處15年、12年徒刑。

003年11月24日  民進黨“新憲小組”確定了“新憲”制定具體時程：2004年6月組成所謂“新憲推動委員會”，2008年月5正式實行“新憲”。

2003年11月27日  臺“立法院”三讀通過“公民投票法”，內容以國親兩黨提出的版本為主體，含有“統獨公投”內容的蔡同榮版本以及民進黨版有關“公投制憲”的條文皆被否決。

12月

2003年12月4日  部分臺灣民眾在臺北舉行示威活動，表達“反對防禦性公投”的強烈意願。

2003年12月7日  陳水扁在臺中正式宣稱，將在明年 “3.20大選”時同步舉行所謂“防衛性公投”， 而“公投”題目就是“二千三百萬台灣人民非常堅定要求中華人民共和國應該撤除瞄準對臺灣的飛彈，公開宣誓放棄對臺使用武力”。

2003年12月10日  民進黨中執會正式通過提名陳水扁為“2004年總統大選候選人”。

2003年12月11日  民進黨召開記者會，2004年大選民進黨“（陳水）扁呂（秀蓮）配”正式定案。

2003年12月11日  民進黨召開記者會，2004年大選民進黨“（陳水）扁呂（秀蓮）配”正式定案。

2003年12月20日  國民黨主席連戰首次使用“一邊一國”的用詞，稱“中華民國”和中華人民共和國都是主權獨立國家。

2003年12月25日  備受關注的高雄議長賄選案審結，最後被宣判的3名被告李榮宗、江振陸、簡金城分別被判處1年、2年6個月、2年10個月徒刑。

2003年12月30日  臺灣“行政院”表示，“試辦金門馬祖與大陸地區通航實施辦法”延展一年，2004年1月1日開始，2004年12月31日終止。