福建具有獨特的對臺優勢，“深化兩岸經濟合作”是福建自貿試驗區的特殊戰略定位。福建檢驗檢疫部門在對臺檢驗檢疫工作中先行先試，推出一系列創新舉措促進閩臺人員往來和貿易便利化，取得了明顯成效。

　　“快”通關

　　福建檢驗檢疫部門提速增效，加快兩岸貨物通關速度。為提升臺灣食品通關速度，對臺灣輸大陸食品農産品試行“源頭管理、口岸驗放”；發佈臺灣地區輸大陸食品優良供應商評定與管理辦法，對認定的臺灣優良供應商輸大陸食品實施口岸快速驗放。對平潭、大嶝對臺小額商品交易市場銷售的臺灣預包裝食品、化粧品實施標簽“快審快核”模式，審核內容由30余項簡化為3項，審核時限由7個工作日縮短為1個工作日。

　　為實現臺灣水果“朝發夕至”，福建檢驗檢疫部門對臺灣水果實施“一門式查驗+一站式放行”，現場檢驗檢疫合格並抽樣後即可放行。2015年，福建全省口岸進口臺灣水果39180噸、5869萬美元，同比增長94.94%和120.44%，2016年1~5月，福建進口臺灣水果27070噸、4429萬美元，同比增長23%和43.94%。簡化臺灣水産品輸大陸手續。對臺灣自捕魚免附臺灣地區官方檢疫證書和衛生證書，實施企業承諾+監控檢測+不合格召回等管理方式，促進兩岸水産品貿易發展。2015年，福建全省口岸進口臺灣水産品123600噸、12087.8萬美元，同比增長10.52%和29.80%，2016年1~5月進口26580噸，2630.7萬美元，同比增長65.79%和55.45%。

　　“促”經貿

　　福建檢驗檢疫部門創新服務，推進兩岸經貿合作發展。為服務跨境電商和兩岸快件業務發展，對海峽兩岸海運快件實施快速施檢、實時驗放，促進實現雙向運營；對臺灣通過國際快遞或郵寄方式入境的個人自用物品免予檢驗。支援海峽兩岸（福州、平潭）電子商務經濟合作實驗區建設，抓住質檢總局給予福州、平潭等10個城市一年新政過渡期的機遇，基於風險評估的基礎，繼續實施便利通關。推動廈門跨境電商公共管理平臺正式上線運作，實現檢驗檢疫與海關同步同屏全數查驗，構建“電子申報+電子審單+同屏比對+即查即放”四位一體監管模式，合格商品6秒內即可通檢。

　　福建檢驗檢疫部門推動在平潭建設集動植物檢疫、隔離、處理、研發功能于一體的隔離檢驗中心，支援臺灣帶土種苗、花卉進口，促進福建及周邊省份與臺灣農業交流合作。打造臺灣水産品轉机存儲中心，大力扶持冷鏈建設，幫扶企業獲得肉類和水産品指定存儲庫資格，吸引臺商將廈門作為遠洋自捕魚獲存儲、轉机中心。服務涉臺會展活動，對海峽論壇兩岸特色廟會、臺交會、海峽兩岸文博會等臺灣參展物品實施“港館分線、港館聯動”模式，港口一線及現場快速檢疫為主，展館實施集中查驗監管和以風險監測為主的品質安全管理，簡化事前審批，加強事中事後監管，確保展會活動的順利舉辦。

　　“創”模式

　　為便捷兩岸人員往來，福建檢驗檢疫部門創新查驗模式，簡化兩岸“小三通”客輪檢疫管理。符合相關要求的船舶憑《船舶免予衛生控制措施證書/控制措施證書》即可申請電訊檢疫，不需申辦交通工具衛生證書，電訊檢疫率從0提高到90%，通關提速50%以上。2015年，廈金“小三通”航線出入境旅客162.78萬人次、同比增長30.73%；今年前5月，檢疫出入境旅客68.3萬人次、同比增長5.33%。創新兩岸直航航空器檢疫模式。

　　福建檢驗檢疫部門根據風險等級實施分類管理，結合兩岸直航航空器申報資訊，確定航空器檢疫方式、衛生監督內容和頻次，並實施動態管理和724小時通關運營，促進提升空港效率。推動臺車入閩檢疫查驗常態化。採取提前申報、人車共檢、專用通道、聯合查驗等四舉措，車輛通關時間縮短為原來的1/3，促進兩岸往來更加便利。

　　“搭”平臺

　　福建檢驗檢疫部門暢通渠道，建立兩岸互聯互通平臺。為推動兩岸數據互換標準互認，通過地方電子口岸平臺與臺灣關貿網建立傳輸通道，實現兩岸直航船舶旅客名單、艙單、通關物流、電子原産地證等資訊互換。在平潭建設了兩岸檢驗檢疫數據交換中心，推進兩岸開展檢驗檢疫電子證書數據交換核查、標準、檢驗檢測結果和認證結果互認。建成兩岸電子證書交換與核查系統，2015年12月起，在正常對臺業務中實現由臺灣關貿網上傳證書，檢驗檢疫部門進行核查，在紙質檢驗檢疫證書入境前，受理報檢，提高通關效率和證書防偽有效性。

　　福建檢驗檢疫部門加強兩岸疫情疫病資訊互通，與金門建立口岸突發公共衛生事件與傳染病聯防聯控聯絡機制，加強與兩岸紅十字會等部門交流協作，互通疫情疫病資訊和防控措施。同時，借助兩岸港口資訊互聯平臺，簽立《閩臺海港衛生及疫情互通合作協議》，實現兩岸衛生標準共用和疫情資訊實時電子交換。為鞏固兩岸認證認可合作，制定臺灣地區輸大陸強制性認證産品檢測處理辦法，對未獲得CCC認證的小批量臺灣家電産品，採用“口岸檢測，合格放行”檢測處理方式進口，試點認可臺灣地區認證檢測結果，降低入境口岸抽檢率；制定進口消費品試行檢驗結果採信工作實施方案，對進口臺灣地區部分消費品試行第三方檢驗結果採信，以“合格假定”為産品品質安全監管原則，採信國內外檢驗機構的檢驗結果。