據臺灣媒體報道，宇昌案解密，綠營全面反擊，臺媒從兩份極機密文件及一份英文文件，整理出“宇昌六疑點”，並對照綠營回應，以“六問六答”方式呈現，協助讀者快速了解宇昌案。
宇昌疑點1：蔡英文事前知否？
藍營昨天火力集中的焦點，是蔡英文到底在宇昌案扮演何種角色？“立委”林益世指出，綠營指蔡英文事前未涉入、且不能料到卸下“行政院副院長”時間點，但第二份極機密文件卻直指蔡英文至少在2007年3月22日，即已知悉TaiMed（臺懋蛋白、宇昌生技前身）。
“經建會主委”劉憶如也指稱，同年三月31日推動TaiMed成立説明會資料中，蔡英文以“行政院副院長”身份列名主要負責人；隨後，同年7月官方文書即見“臺懋”。
劉憶如説，同年8月31日蔡英文兩封要求“國發基金”撥款信函，先要求撥款臺懋、後要求撥至改名後的宇昌，藍營認為，相關文件指陳歷歷，蔡英文有必要説明她與TaiMed、臺懋、宇昌的關係。
對於國民黨指控募資説明會的文件寫明生技公司將由蔡英文主導運作，何美玥表示，“完全沒有，我以我的人格做保證！”2007年3月30日，她邀請企業界進行説明會，3月31日公開募資説明會，除了請專業人士進行説明之外，併發給投資意願調查表，當時的説明會文件，內容沒有提到蔡英文和蔡家的事，“請指控者把文件拿出來”。
民進黨委任律師連元龍反問，投資説明會時，蔡英文的家人有向當局表達要投資嗎？當局都有相關資料，請一併公佈；國民黨執政時也有投資宇昌，“國發基金”也有評估報告，請把民進黨和國民黨執政時的相關報告對外一併公佈，不要切割淩遲蔡英文。
但林益世深夜出示臺懋于2007年3月31日在臺北市舉行的投資説明會資料顯示，蔡英文確實與“中研院長”翁啟惠、洛克斐勒大學教授何大一和中研院院士陳良博，並列公司“主要負責人”。
資料顯示，蔡英文的名字出現在簡報第二頁及第六頁，職稱是“行政院副院長”（二○○六至2007）和政大教授，在四人順位中排名第二，次於翁啟惠。
宇昌疑點2：第二份機密公文為何只呈蔡？
藍營質疑，為何2007年2月9日何美玥舍主管“國發基金”的“經建會主委”、而以“政務委員”身份上了第一份極機密公文給正副“院長”蘇貞昌、蔡英文？當時文末註明的是“敬呈‘副院長’、‘院長’，職何美玥謹簽”。3月21日的第二份公文仍以極機密上簽，卻只是在文末“敬呈副院長”，而沒有呈“院長”批閱？
何美玥表示，第一份簽呈攸關計劃決行問題，因此必須要“院長”授權、核定；第二份簽呈只是將談判過程告知“行政院”，並無決定問題，因此只要呈報至“副院長”即可。
陳其邁説，“行政院”在通過決定前，會將公文敬致“院長”、“副院長”，進行核示，因此第一份公文會有兩人簽名，從公文最後標明“擬同意由翁院長代表進行協商事宜，敬請核示”，便能得知這是需經過“院長”同意才能行使授權的公文。
他指出，第一份文件主旨標明“請鑒核”，代表這是請求核示準或不準的公文，但第二份公文主旨為“請鑒查”，代表這只是告知談判過程的進度報告，沒有核示問題，所以無需上呈至“院長”，這是一般的公文流程。
宇昌疑點3：為何極機密要專簽？
對於宇昌案為何要以“極機密”兩度上簽？藍營高度質疑是少數人刻意繞過“國發基金”的正常審議程式，及跳過正常公文的簽核程式、規避監督。“立委”林滄敏昨天表示，從極機密公文內容來看，根本就沒有機密，全案就像鉭震案、華揚史威靈案一般，“會發生，都是有人一手包天”。
陳其邁説，宇昌在當時協商時完全保密，這是屬於“工作保密”，非“機密保護法”，熟悉行政工作都知道，工作後即可解密；國民黨是政治操作，對外混淆視聽，“行政院”本來就可解密，無不可告人之處，執政黨故弄玄虛，丟出公文流程問題，進行選舉操作。
“行政院前法規會主委”陳美伶説，生技領域是劃歸“經濟部”管轄，與“行政院副院長”職權無關，就算列為極機密，就宇昌案而言，不是機密只是一般公務機密，係指公務員承辦業務，當政策未確定前或者案子只給某些首長看時會列為密等，等到事情確定，只要經過程式核定後就可以公開，根本沒有所謂依據“機密保護法”解密或登出的問題。
對於“極機密”公文是否可不適用“機密保護法”？“法務部廉政署署長”周志榮説“不可能”，自2003年制訂起，核列為“極機密”的公文就由該法規範，沒有例外。
他説，儘管“行政院”的“文書處理手冊”，將公文份為“一般機密”和“機密”，但即使是“一般機密”，只要是列為“極機密”，就必須回歸“機密保護法”的適用。
宇昌疑點4：公文為何不見“國發基金”角色？
關於“國發基金”投資宇昌案，國民黨“立委”認為程式上的疑點太多。首先，2008年2月9日何美玥第一次上專簽之前，從來就沒有聽聞有類似專案計劃送審，“立委”吳清池質疑之前就已有些作為，只是“看不到”。
藍營“立委”另質疑，何美玥兩份極機密公文，都不是以主管“國發基金”的“經建會主委”名義，或是“國發基金”召集人呈簽，完全不見“國發基金”的角色。
此外，“立委”林益世也質疑，從呈簽機密文件到核可、投資款項撥下來後，也理當有“經建會”或“國發基金”委員會的專業審核意見，因此要求“經建會”提供資料。
何美玥説，2007年4月17日已向“國發基金”管理委員會提出報告，獲得同意備查，這個案子已經過當時的“行政院長”蘇貞昌在同年2月15日核定，程式上仍要讓“國發基金”管理委員會了解。
民進黨委任律師連元龍反問，請當局部門公佈，這起投資案有無在2007年4月17日前向“國發基金”管理委員會報告？有無決議資料？他呼籲，當局應一併公佈當時的資料，“不要不公佈資料，又説人家行政程式有瑕疵”。
“經建會前主委”胡勝正説，“政務委員”層級高於“經建會主委”，當然用“政務委員”身份上簽“比較好”。胡勝正回憶，他在2007年1月31日接任“金管會主委”，何美玥並沒有立即接任遺缺，中間還由當時的“經建會副主委”張景森暫代了兩、三周的“主委”；後來何美玥出任“經建會主委”，也不必然要馬上接任“國發基金”召集人，因為“國發基金”不是天天有公文，所以可能會出現空窗期。
宇昌疑點5：談判條件不合 為何還要出資？
藍營“立委”指出，第一份極機密公文裏有須在臺灣大量生産等條件，但後來翁啟惠卻自承“不適合”，當天何美玥即簽呈“行政院長”張俊雄核定可以不在臺灣量産；第二份極機密公文也指出，代表“行政院”談判的翁啟惠，于談判時並不順利，因此何美玥簽呈，指翁啟惠正與何大一等研商如何提出我方之對案。
藍營“立委”質疑，既然當初有些設定的投資條件並無法成就，或是因情勢變化而無法達成，為何卻仍一再投資？
陳其邁説，當時的條件是指“臨床實驗階段”並不會在臺灣生産，因為不符合經濟成本，等到完成臨床實驗，就會考慮在臺灣設廠生産。
“臺懋蛋白科技”為何改名為“宇昌生技”？何美玥回應：當初有兩家公司，一為“臺懋生技創投”，另一家為“臺懋蛋白科技”。為避免混淆，才將“臺懋蛋白科技”改名為“宇昌生技”。
劉憶如説，2007年8月31日蔡英文兩度來函，要求“國發基金”撥款，第一封署名是“臺懋蛋白科技股份有限公司籌備處”，第二封改為“宇昌生技股份有限公司籌備處”，但申請撥款的銀行帳戶沒有改變。
宇昌疑點6：為何駁高育仁案？
前“立委”高育仁以同樣藥物申請了兩年，仍遭駁回。“立委”林益世即質疑，機密公文顯示“蔡英文準給蔡英文”，為什麼卻不準早已申請兩年的高育仁案？
“立委”洪秀柱詢問“經建會主委”劉憶如，高育仁是否以同樣的藥、申請了兩年？兩案是否一模一樣？是否駁回高育仁同時另一家進場？劉憶如均肯定答覆，並指當年是“國發基金”主動，希望有人能夠將此正在研發的愛滋新藥産制引進臺灣；高育仁約在2005、2006年參與，““國發基金”希望他成為主要投資者”，未料卻在2007年3月23日被駁回。
何美玥表示，高育仁當時是希望當局投資製造蛋白質藥的工廠，要當局投資約17億元新台幣，這個案子在審議委員會就未通過，是不同的案子，“宇昌是研究開發新藥，高育仁是生産工廠的案子”。
民進黨“立委”蔡煌瑯指出，與高育仁合作的Tanox公司在2007年8月將新藥讓售給Genentech公司，才有後來何大一與Genentech合作的宇昌案；他相信高育仁對此情況心知肚明，國民黨不要栽贓，進行政治鬥爭。
