就在南海爭端持續升溫之際，馬英九26日提出“南海和平倡議”。大陸外交部發言人回應説，已注意到臺灣方面的有關“倡議”，“兩岸中國人有義務共同維護國家領土主權和海洋權益，維護南海地區和平穩定”。
據臺灣“中央社”報道，馬英九26日上午出席活動時提出“南海和平倡議”，發出五大呼籲，包括各方應避免任何升高緊張情勢的單邊措施;擱置主權爭議，建立南海區域資源開發合作機制，全面規劃、分區開發南海資源等，“使南海與東海一樣，均成為和平與合作之海”。馬英九同時強調，“無論就歷史、地理及國際法而言，南沙群島、西沙群島、中沙群島、東沙群島及其週遭海域是屬中華民國固有領土及海域，中華民國享有國際法上的權利，不容置疑。此一堅定立場，從未改變”。他説，臺灣持續在南沙群島最大自然島太平島駐有人員，就是“行使主權的明證”。
《自由時報》26日稱，“南海和平倡議”是馬英九繼臺海、東海之後所提出的第三個區域和平主張。臺“總統府”稱，馬英九上任後積極推動兩岸和解，成功將臺灣海峽從世界三大火藥庫之一轉變為“和平與繁榮之海”，其後又針對東海釣魚島爭議，于2012年8月提出“東海和平倡議”，後來成功與日本簽署漁業協定，幾次具體的和平實踐“充分證明馬英九的和平主張絕非‘徒托空言’”。民進黨秘書長吳釗燮26日稱，臺灣對於南海爭端不能置身事外，但馬提的“東海和平倡議”，使日本疑惑臺灣是否要與大陸聯合對付日本;若此事無法澄清，“南海和平倡議”同樣無法落實。民進黨主席蔡英文則稱，民進黨不會放棄太平島的主權。
南京大學中國南海研究協同創新中心執行主任朱鋒26日在接受《環球時報》採訪時説，馬英九提“南海和平倡議”主要有兩個目的：首先，最近傳出蔡英文赴美訪問時可能發出信號，未來一旦執政將放棄“南海主權”，也就是“南海斷續線”，這對國民黨當局衝擊很大;二是目前在南海問題上，臺灣面臨美國壓力，因而表達一些妥協意味，提出反對單方面行動，“總的來看，馬英九的這個倡議一部分是説給美國聽的，一部分是説給民進黨聽的”。他直言，馬英九在南海問題上的位置很尷尬，畢竟“南海斷續線”是當年國民政府劃的，並稱之為“法統”之一，但同時臺灣在安全上又得依靠美國，因此“南海和平倡議”玩的其實是“模糊戰略”。
中國人民大學教授時殷弘對臺媒表示，主張和平處理問題毫無疑問是對的，但“倡議”中的論點與大陸立場頗有差距。如避免採取升高緊張的單邊措施，時殷弘認為“這恐怕是暗示中國大陸的擴島行動”。至於馬英九提出“擱置主權爭議”，時殷弘説，擱置主權與中國大陸在南海問題的立場無法調和，因為大陸堅持島礁主權是中國的。
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