“兩馬”航線航程約一個半小時,春運期間,執行每天三進三齣航班。具體安排如下:“金龍輪”每天9時15分從馬尾開航,14時20分從馬祖開航;“安麒輪”每天9時30分從馬尾開航,13時30分從馬祖開航;“閩珠一號”每天14時30分從馬尾開航,10時從馬祖開航。如農曆初一等時間變更航班,福州外辦將另行通知。
2001年初開通的“兩馬”航線為許多臺胞來大陸尋根謁祖、探親訪友、旅遊觀光等創造了便利。2007年,“兩馬”航線人員往來共計5.3萬人次,同比增長15%。