香港《大公報》今日發表評論員署名文章指出，雖然馬英九上任後進行了臺軍方的治理改革，但是臺軍仍然是重疾纏身，有“五大危機”尚不得治。
文章摘錄如下，
臺軍迄今仍然面臨“五大危機”：一、信仰危機，官兵不知為何而戰；二、貪腐弊案危機，軍中倫理道德蕩然無存；三、軍紀鬆弛渙散危機；四、將官多士兵少的危機；五、兵源危機，社會青年不願當兵。
據島內媒體報道，今年2月，一名臺灣空軍499聯隊的幻象戰機飛行官，吸食K他命毒品後，駕駛戰機升空執行任務。僥倖當時毒癮沒有發作，否則就讓臺灣最昂貴的幻象戰機成為“搖頭機”而機毀人亡，後果不堪設想。該飛行官坦承，因“壓力過大”、“精神空虛”而吸毒。這種冒著生命危險“上天”的做法，恐怕在世界飛行史上是罕見的。臺軍高層對此事極為震驚。此事雖是個案，但反映了臺軍官兵素質和臺軍建設的種種危機。
馬英九上臺後，在堅持“九二共識”基礎上，主張維持“不統、不獨、不武”臺海現狀，加強臺軍建設，提升戰力，以便在與大陸談判時佔據有利地位。因而馬英九採取各種方法和舉措，針對陳水扁執政時給臺軍留下的“以武謀獨”的“後遺症”──種種危機，進行解危除困。但臺軍迄今仍然面臨“五大危機”：
一、臺軍面臨信仰危機，官兵不知為誰而戰，為何而戰。
在國民黨“兩蔣”時期，臺軍堅持“一個中國”原則，在臺軍中進行反“臺獨”教育。然而，陳水扁上臺後，正式下令在臺軍中取消堅持多年的反“臺獨”教育，而代之以搞“臺獨”教育，妄圖把臺軍打造成名副其實的“臺獨”軍隊。千方百計對臺軍從思想上進行徹底改造，不斷在臺軍中進行“擁扁”、“擁政”、“愛臺”教育；不斷向官兵灌輸其“統一不是唯一選項”、“兩岸無九二共識”、“中共仍然是威脅臺灣安全的敵人”、“與大陸作戰是臺軍的主要任務”等分裂意識。特別是2007年，陳水扁明確提出，臺軍官兵要為“臺灣的生存與發展而戰、為臺灣的自由民主而戰、為臺灣的百姓福祉而戰”，並以此作為軍魂，對官兵進行“洗腦”、“涮心”。這使臺軍官兵在“統獨”問題上産生極大的思想混亂和迷失，産生了信仰危機。
馬英九上臺後，在堅持“九二共識”的基礎上，主張維持“不統、不獨、不武”臺海現狀，以此對臺軍官兵進行思想教育，加強軍隊建設。但迄今對陳水扁力主搞“臺獨”的思想理念並未清除，信仰危機仍然在臺軍官兵的頭腦中存在，為誰而戰，為何而戰的問題並未完全解決。
