據臺灣《旺報》報道，臺當局“財政部”1日公佈“兩岸海運及空運協議稅收互免辦法”，未來直航兩岸的海、空運業者將可在互惠原則下，享受相互免征營業稅及所得稅的優惠，以解決兩岸船舶運送業及民用航空運輸業所面臨之兩岸雙重課稅問題。
根據臺“財政部”的規劃，兩岸海運事業自2008年12月15日以後、兩岸空運事業于2009年6月25日以後，因從事兩岸海空運輸業務而取得的業務收入，均可在對岸適用免征營業稅及所得稅的規定，而在期間內已經繳納稅款者，則可自繳納稅款日起5年內辦理退稅。
此前，有關兩岸海空運業者互免營業稅及所得稅一事，兩岸早在2008年12月與2009年6月分別簽署協議，同意對各自的海、空運業者免征營業稅及所得，但當時臺灣的“臺灣地區與大陸地區人民關係條例”第29條之1尚未修正，使得相關簽署文件缺乏法源依據，直至2010年6月該項條文正式修正過後，“財政部”才決定在1日公佈“海峽兩岸海運協議及空運補充協議稅收互免辦法”，讓兩岸航運業者互享免稅得以真正落實。
此外，而在上述辦法公佈後，未來臺灣航運業者的所得將可望順利取得大陸完稅證明，降低業者營運成本，以減少租稅實務上的困擾。
