據臺灣《經濟日報》報道，“莫拉克”風災引發馬英九當局“政治土石流”，會否連帶影響兩岸經貿交流？“總統府發言人”王郁琦19日表示，包括兩岸簽署金融監理備忘錄(MOU)、經濟合作架構協議(ECFA)或年底的“江陳會”，目前為止沒有改變。
不過，黨政高層人士認為，“生變的可能性頗高”，特別是ECFA這部分，一直是民進黨抹黑、抨擊最力的項目，此時馬英九當局的防禦能力較弱，有可能無法按照先前預定的時程談判。
海陸兩會近期取消或暫緩活動，包括海基會上周致函海協會，取消本月底和9月初原訂登陸的司法交流團和文博團；“陸委會”暫緩8月要下鄉舉行的21場與地方精英座談兩岸經貿政策，和月底由“陸委會副主委”趙建民，率領島內媒體造訪“東盟三國”的“東盟加一”考察計劃。
“陸委會”暫緩8月的兩岸經貿政策倡導活動，9月、10月起，在中南部舉行的分批、分眾座談以及兩場總座談會，仍依原訂計劃進行，尚未變更，顯示“陸委會”後續仍將“加碼”推動ECFA。
王郁琦指出，目前“政府”全力以救災為第一任務，最近也都沒有討論這些議題，由於都沒有進一步的討論，應該假設是沒有改變。
“金管會”高層也表示，沒有任何關聯，該進行的都在進行，不會受到風災影響；若以專業角度來看，今年內簽訂的進度並未改變。
高層説，有關MOU的簽訂，該進行的都在進行中，不會因風災影響；如果是有困難的部分，也不會因風災問題就可解決。
海基會董事長江丙坤認為，協商項目兩岸主管部門還需要更多的時間溝通，“江陳會”可能要到12月才能舉行。然而，經過“莫拉克”風災後，年底能否舉行“江陳會”，尚在未定之天。
至於MOU目前的洽簽進度，官員表示，專業的問題都談得差不多了。據了解，“金管會”與大陸銀監會、證監會、保監會，近來密集針對MOU的技術性文字協商，金融專業層面的共識已相當高。
高層表示，MOU簽訂時間一定是在ECFA(兩岸經濟合作架構協議)之前，至於今年內一定會簽訂MOU的説法是否仍未改變？官員説，若從專業角度來看，以目前的進度，今年內簽訂沒有問題，至於非專業的東西，則不在“金管會”掌控範圍內。
